Hola otra vez,

Estamos retomando los seminarios en el MACN, esta vez intentaremos seguir
la discusión en este foro, mandando un resumen luego del seminario. Así
que si quieren ir leyendo y mandando mails al grupo, bienvenidos.

El tema de este encuentro es el ILD test. Este test se utiliza mucho para
determinar si dos matrices de datos son "combinables". Un argumento usual
para este procedimiento es que distintos genes pueden tener distinta
historia. Una crítica desde el lado empírico es que 1ras y 3ras posiciones
(del mismo gen), pueden resultar incongruentes para este test.

Los trabajos recomendados se centran en detalles metodológicos. Están
posteados en el foro (http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/):

Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1994. Testing
significance of incongruence. Cladistics 10: 315–319.
Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1995. Cosntructing
a significance test for incongruence. Syst. Biol. 44: 570-572.
(Este está posteado. Farris y Kluge han sido muy enfáticos luego en
rechazar el uso del test para decidir si combinar o no. No me quedó claro
cuál sería el uso recomendado del test.)

Dolphin, K., R. Belshaw, C. D. L. Orme & D. L. J. Quicke. 2000. Noise and
incongruence: interpreting results of the incongruence length difference
test. Mol. Phyl. Evol. 17: 401-406.
(Comparan una matriz sin homoplasia con una copia de esa misma matriz en la
que algunos caracteres son reemplazados por datos al azar. Cuantos más
caracteres al azar, más incongruencia.)


Lee, M. S. Y. 2001. Uninformative Characters and Apparent Conflict Between
Molecules and Morphology. Mol. Biol. Evol. 18: 676-680.
(Parte de dos datasets congruentes según el ILD; a uno de ellos le agrega
muchos caracteres no informativos, con lo cual el ILD se hace
significativo. Encuentra el mismo efecto en datasets reales.)

Yoder , A.D., J.A. Irwin & B.A. Payseur. 2001. Failure of the ILD to
determine data combinability for slow loris phylogeny. Syst. Biol. 50:408–424.
(Evalúan al test según cómo se resuelve un grupo que consideran fuertemente
corroborado por otros datos. Encuentran que la congruencia aumenta cuanto
más le pifia a la filogenia que se toma como posta.)

y como complemento:

Zelwer, M. & V. Daubin. 2004. Detecting phylogenetic incongruence using
BIONJ: an improvement of the ILD test. Mol. Phyl. Evol. 33: 687 -693.
(Hacen simulaciones, y encuentran que un algoritmo con NJ anda mejor y más
rápido que el ILD)

Si alguien conoce algún trabajo donde se defienda al ILD de las críticas
publicadas, lo podemos postear también.

La fecha y hora tentativa para el seminario es el próximo martes, 12 de
abril, a las 17hs en el MACN, Av. Angel Gallardo 470 (preguntar por Cecilia
Kopuchian o a Martin Ramírez). Si pensás venir y el horario te viene mal:
ramirez@... o ckopuchian@....

Los esperamos!



Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494