Gracias Camilo por sugerir este trabajo:

Dowton, M. & A.D. Austin. 2002. Increased congruence does not necessarily
indicate increased phylogenetic accuracythe behavior of the incongruence
length difference test in mixed-model analyses. Syst. Biol. 51:1931.

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Martín

>Hola otra vez,
>
>Estamos retomando los seminarios en el MACN, esta vez intentaremos seguir
>la discusión en este foro, mandando un resumen luego del seminario. Así
>que si quieren ir leyendo y mandando mails al grupo, bienvenidos.
>
>El tema de este encuentro es el ILD test. Este test se utiliza mucho para
>determinar si dos matrices de datos son "combinables". Un argumento usual
>para este procedimiento es que distintos genes pueden tener distinta
>historia. Una crítica desde el lado empírico es que 1ras y 3ras posiciones
>(del mismo gen), pueden resultar incongruentes para este test.
>
>Los trabajos recomendados se centran en detalles metodológicos. Están
>posteados en el foro (http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/):
>
>Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1994. Testing
>significance of incongruence. Cladistics 10: 315­319.
>Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1995. Cosntructing
>a significance test for incongruence. Syst. Biol. 44: 570-572.
>(Este está posteado. Farris y Kluge han sido muy enfáticos luego en
>rechazar el uso del test para decidir si combinar o no. No me quedó claro
>cuál sería el uso recomendado del test.)
>
>Dolphin, K., R. Belshaw, C. D. L. Orme & D. L. J. Quicke. 2000. Noise and
>incongruence: interpreting results of the incongruence length difference
>test. Mol. Phyl. Evol. 17: 401-406.
>(Comparan una matriz sin homoplasia con una copia de esa misma matriz en la
>que algunos caracteres son reemplazados por datos al azar. Cuantos más
>caracteres al azar, más incongruencia.)
>
>
>Lee, M. S. Y. 2001. Uninformative Characters and Apparent Conflict Between
>Molecules and Morphology. Mol. Biol. Evol. 18: 676-680.
>(Parte de dos datasets congruentes según el ILD; a uno de ellos le agrega
>muchos caracteres no informativos, con lo cual el ILD se hace
>significativo. Encuentra el mismo efecto en datasets reales.)
>
>Yoder , A.D., J.A. Irwin & B.A. Payseur. 2001. Failure of the ILD to
>determine data combinability for slow loris phylogeny. Syst. Biol.
>50:408­424.
>(Evalúan al test según cómo se resuelve un grupo que consideran fuertemente
>corroborado por otros datos. Encuentran que la congruencia aumenta cuanto
>más le pifia a la filogenia que se toma como posta.)
>
>y como complemento:
>
>Zelwer, M. & V. Daubin. 2004. Detecting phylogenetic incongruence using
>BIONJ: an improvement of the ILD test. Mol. Phyl. Evol. 33: 687 -693.
>(Hacen simulaciones, y encuentran que un algoritmo con NJ anda mejor y más
>rápido que el ILD)
>
>Si alguien conoce algún trabajo donde se defienda al ILD de las críticas
>publicadas, lo podemos postear también.
>
>La fecha y hora tentativa para el seminario es el próximo martes, 12 de
>abril, a las 17hs en el MACN, Av. Angel Gallardo 470 (preguntar por Cecilia
>Kopuchian o a Martin Ramírez). Si pensás venir y el horario te viene mal:
>ramirez@... o ckopuchian@....
>
>Los esperamos!
>
>
>
>Martín J. Ramírez
>División Aracnología
>Museo Argentino de Ciencias Naturales
>Av. Angel Gallardo 470
>C1405DJR Buenos Aires
>Argentina
>tel +54 11 4982-8370 int. 168
>fax +54 11 4982-4494
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Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
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