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clado · Cladística
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sensitividad y pesos implícitos   Lista de mensajes  
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Re: [clado] sensitividad y pesos implícitos

Hola Gabriel

Yo estuve explorando el tema hace poco para mi proyecto de grado ;)...

Te recomiendo leer primero el paper de Pablo Goloboff del 97 de self weight ;) allí el propone hacer una matriz remuestreada (jackknife) y comparar los resultados con los de la matriz completa. En esa ocasión, Pablo uso el número total de nodos soportados en ambos conjuntos de datos.

Martín Ramírez uso ese método explícitamente para seleccionar la constante de concavidad, aunque el prefirió utilizar el numero de nodos comunes escalado por la resolución tanto del árbol (de consenso) para la matriz completa, y como apoyo secundario, por el árbol de la matriz remuestreada. El paper de Martín es un bulletin del AMNH del 2003 reo y lo puede bajar gratis de la red :)

De mis exploraciones, las medidas escaladas están afectadas por el nivel de resolución, pues se prefieren funciones que produzcan árboles con poca resolución. Pablo en el meeting de la Hennig del año pasado mostró que las medidas escaladas pueden preferir funciones de pesado al azar!

Yo también explore una modificación del ILD, pero estas producen diferencias muuuy pequeñas entre las funciones.

Hay una cosa que hay que tener en cuenta, es que si los resultados son muy variables entre diferentes funciones, es mejor tratar de ser conservativos y escoger los clados soportados en un rango de valores de concavidad (Esta idea me la sugirió Pablo cuando yo estaba trabajando en mi trabajo de grado).

Si quieres, yo te puedo mandar el ms que hice para mi proyecto de grado (aunque aun anda algo crudo :P), y en mi blog puse un post sobre el asunto hace un buen tiempo (http://cladistica.blogspot.com/2006/01/seleccin-de-funciones-en-cladstica.html), aunque es casi lo mismo que esta escrito aquí ;).... es relativamente sencillo hacer un script para TNT que te muestre el numero de nodos compartidos, yo tengo algunos en la pagina de mi lab... pero no están muy bien documentados XP...

Como vez, el tema me obsesiona, jajajaja, y bueno, espero te sirvan algunas ideas :) y si necesitas biblio me avisas ;)


J. Salvador Arias
Laboratorio de sistemática y biogeografía
Escuela de biología
Universidad Industrial de Santander
A. A. 678 Bucaramanga, Colombia

web-site: http://ciencias.uis.edu.co/labsist/salvador/salvador.htm
blog (personal): http://jsalarias.blogspot.com
blog (cladístico): http://cladistica.blogspot.com

Lun, 4 de Dic, 2006 9:49 pm

jsalarias
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Hola gente! Tengo una matriz con datos de morfología, muy poco robusta a los cambios de concavidad. Alguien tiene alguna idea de qué hacer para elegir con...
Gabriel H. Rua
elgabrielo2000
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4 de Dic, 2006
9:17 pm

Hola Gabriel Yo estuve explorando el tema hace poco para mi proyecto de grado ;)... Te recomiendo leer primero el paper de Pablo Goloboff del 97 de self weight...
J. Salvador Arias
jsalarias
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4 de Dic, 2006
9:54 pm

Hola Gabriel, yo también salto con este tipo de cosas... Hay que diferenciar dos cuestiones (como ya dijo un monton de gente). El apoyo (con cada condición...
Marcos Mirande
mcmirande
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5 de Dic, 2006
2:54 pm

Hola a todos! ayer estuve jugando con la nueva heramienta de los consensos podados en varios de mis muchos arboles... me fue muy util.!!! gracias Pablo por el...
Francisco prevosti
protocyon
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14 de Dic, 2006
9:51 pm

Hola gente! En primer lugar, gracias a Salvador, Marcos, Pablo y Martín por las sugerencias y comentarios. Concuerdo con algunas reservas con la idea de ser...
Gabriel H. Rua
elgabrielo2000
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15 de Dic, 2006
3:49 am

Hola Gabriel, antes que todo, espero que contestarte a través del foro no sea ilegal...pero como dijo el poeta: "Mucho de lo que está prohibido me hace...
Marcos Mirande
mcmirande
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15 de Dic, 2006
2:59 pm
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