Hola Gabriel, antes que todo, espero que contestarte a través del foro no sea ilegal...pero como dijo el poeta: "Mucho de lo que está prohibido me hace feliz"

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Lo que estás planteando es algo que me tuvo ocupado por unos meses: la pregunta "¿es más óptimo el mejor árbol con k3, o el mejor árbol con k, digamos 4?". Si tuviéramos (y ciertamente lo busqué) un criterio (de "metaoptimalidad" o algo así) que nos permita medir la optimalidad de árboles obtenidos bajo diferentes parámetros (en este caso concavidades), no existiría siquiera el problema; bastaría con elegir el mejor árbol con ese nuevo criterio... Pero en la situación actual (que probablemente sea definitiva al respecto) no queda otra que elegir un rango de árboles en que tengamos cierta confianza que se ubicaría el óptimo (o sea, el que refleje mejor la filogenia "real" del grupo), con la consecuente pérdida de resolución.
Lo que quiero resaltar es que este problema lo tenemos nosotros (y no los que usan ML o parsimonia con moléculas (aún con pesos iguales)), sólo porque somos unos jodidos (y pensamos en ese tipo de cosas). Si, por ejemplo, los que trabajan con ML presentaran consensos entre árboles obtenidos con diferentes modelos evolutivos, obtendrían quizás los mismos peines que encontramos nosotros cuando consensuamos óptimos bajo diferentes concavidades. Igual con los moleculares si presentaran consensos entre árboles obtenidos bajo diferentes alineamientos (además de los diferentes costos de transformaciones y apertura y extensión de gap, que la gente seria sí contempla). Pero ya se sabe, (y en eso coincido con Martín), que es dificil publicar en Syst Biol (que tiene índice de casi 10 puntos!!!, y eso es lo que importa) si presentamos un colapso total.
En cuanto a lo que decías sobre el consenso de mayorías, lo que decía Pablo del TNT está muy bueno. La posibilidad de podar los taxones que saltan está buena, aunque sea para detectar el origen de los colapsamientos y eventuales mocos con la codificación.

Bueno, saludos a todos desde Tucma.

Marcos.