clado : Mensaje: Re: [clado] sensitividad y pesos implícitos

hola hola,

como "humilde conservadora" me gustaría agregar un par de comentarios sobre los mensajes de Don Gabriel y Don Marcos (los dos últimos dos) y el tema de peso y cuanto ? y cómo? el donde me parece que lo tenemos claro. el cuando tambien.

1. tengo la fuerte sensación de que se está olvidando que: si los datos fueran concordantes me daría igual cualquier concavidad pues me daría el mismo árbol, más aún me daría el mismo árbol bajo peso 1 pa todos.

siguiendo con la idea y en respuesta de "razonabilidad" "el optimo falso" etc de Gabriel: creo que al optar por un rango de concavidades nos permite decir: esta resolución (árbol consenso) se mantuvo cuando modifiqué el K x veces. Y me parece que tiene que ver con lo del principio del punto 1.

2. y siguiendo con el "optimo falso" "metaoptimalidad" y por qué no? "el abuelo de los óptimos".

SI haces bien las tareas (la búsqueda de tus árboles) obtendrás el o los óptimos bajo las variables que especificaste (aditividades, costos, concavidad, etc) no puede por definición ser una solución optima errónea (?) no puede ser ni falso ni puede haber otro mejor o más óptimo. quizás deberíamos hablar de presentar el "árbol o hipótesis incólume" "árbol confianzudo" "árbol posta" a x variables pero no el ma mejor óptimo. Algo dijo de esto Marcos al final pero temo que se perdiera.

3. cuales son las concavidades posta? bue ya lo dijeron en varios mails anteriores. es una de las mil decisiones que tomás cuando haces un analisis: debe experimentarse como ya se hace con otras cuestiones de análisis de los datos: cuantos suboptimos necesito para el bremer? cuantas veces debe golpear la longitud minima? uso aditivos o no aditivos?. 20 o 22 taxones? 33 caracteres?

O la otra, como dijo Marcos (creo) en su mail, pasémonos al bando de los embutidos y compremos la maquina de hacer chorizos que parece que es un éxito rotundo.

bue eso es tuti,

saludoles,

Claudia

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Claudia Szumik
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Miguel Lillo 205 - CP 4000 - Tucuman
Tucuman - Argentina

----- Original Message -----

From: Marcos Mirande

To: clado@...

Sent: Friday, December 15, 2006 11:58 AM

Subject: Re: [clado] sensitividad y pesos implícitos

Hola Gabriel, antes que todo, espero que contestarte a través del foro no sea ilegal...pero como dijo el poeta: "Mucho de lo que está prohibido me hace feliz"

"Aviso de confidencialidade:
- Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), empresa pública federal regida pelo disposto na Lei Federal nº 5.851, de 7 de dezembro de 1972, é enviada exclusivamente a seu destinatário e pode conter informações confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilização desautorizada é ilegal e sujeita o infrator às penas da lei. Se você a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenviá-la ao emitente, esclarecendo o equívoco."

Lo que estás planteando es algo que me tuvo ocupado por unos meses: la pregunta "¿es más óptimo el mejor árbol con k3, o el mejor árbol con k, digamos 4?". Si tuviéramos (y ciertamente lo busqué) un criterio (de "metaoptimalidad" o algo así) que nos permita medir la optimalidad de árboles obtenidos bajo diferentes parámetros (en este caso concavidades), no existiría siquiera el problema; bastaría con elegir el mejor árbol con ese nuevo criterio... Pero en la situación actual (que probablemente sea definitiva al respecto) no queda otra que elegir un rango de árboles en que tengamos cierta confianza que se ubicaría el óptimo (o sea, el que refleje mejor la filogenia "real" del grupo), con la consecuente pérdida de resolución.
Lo que quiero resaltar es que este problema lo tenemos nosotros (y no los que usan ML o parsimonia con moléculas (aún con pesos iguales)), sólo porque somos unos jodidos (y pensamos en ese tipo de cosas). Si, por ejemplo, los que trabajan con ML presentaran consensos entre árboles obtenidos con diferentes modelos evolutivos, obtendrían quizás los mismos peines que encontramos nosotros cuando consensuamos óptimos bajo diferentes concavidades. Igual con los moleculares si presentaran consensos entre árboles obtenidos bajo diferentes alineamientos (además de los diferentes costos de transformaciones y apertura y extensión de gap, que la gente seria sí contempla). Pero ya se sabe, (y en eso coincido con Martín), que es dificil publicar en Syst Biol (que tiene índice de casi 10 puntos!!!, y eso es lo que importa) si presentamos un colapso total.
En cuanto a lo que decías sobre el consenso de mayorías, lo que decía Pablo del TNT está muy bueno. La posibilidad de podar los taxones que saltan está buena, aunque sea para detectar el origen de los colapsamientos y eventuales mocos con la codificación.

Bueno, saludos a todos desde Tucma.

Marcos.

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