Hola!
Los comentarios de misia Claudia merecer más comentarios
("metacomentarios", Marcos?):


> 1. tengo la fuerte sensación de que se está olvidando que: si los
>datos fueran concordantes me daría igual cualquier concavidad pues me
<daría el mismo árbol, más aún me daría el mismo árbol bajo peso 1 pa
>todos.

No lo olvidamos, Claudia, pero admito que tampoco lo recordamos
especialmente...

> siguiendo con la idea y en respuesta de "razonabilidad" "el optimo
>falso" etc de Gabriel: creo que al optar por un rango de concavidades
>nos permite decir: esta resolución (árbol consenso) se mantuvo cuando
>modifiqué el K x veces. Y me parece que tiene que ver con lo del
>principio del punto 1.

Lo que estás tratando de decir es que si con una concordancia perfecta
entre los caracteres obtenemos el mismo árbol bajo cualquier
concavidad, cuanto menos concordantes sean lo caracteres menor sería el
rango de concavidades que producen el mismo árbol? Entonces, la
amplitud del rango en el que los árboles no varían sería una medida de
la concordancia entre los caracteres. Es así la idea? Me parece una
buena idea para pensar..., no sé si la relación entre esas dos cosas es
así directa. En todo caso, es un asunto que valdría la pena explorar un
poco.
Si esto funciona, tal vez lo más adecuado sea hacer un análisis de
sensitividad para elegir el k óptimo, y después usar un rango para
arriba y para abajo, en vez de elegir intuitivamente un rango
cualquiera.

> 2. y siguiendo con el "optimo falso" "metaoptimalidad" y por qué
>no? "el abuelo de los óptimos".
> SI haces bien las tareas (la búsqueda de tus árboles) obtendrás el o
>los óptimos bajo las variables que especificaste (aditividades,
>costos, concavidad, etc) no puede por definición ser una solución
>optima errónea (?) no puede ser ni falso ni puede haber otro mejor o
>más óptimo. quizás deberíamos hablar de presentar el "árbol o
>hipótesis incólume" "árbol confianzudo" "árbol posta" a x variables
>pero no el ma mejor óptimo. Algo dijo de esto Marcos al final pero
>temo que se perdiera.

Está claro que, bajo un conjunto de circunstancias determinado, el
óptimo es el óptimo, no hay grados de optimalidad. Por definición, no
existe un óptimo más óptimo que otro, porque justamente 'óptimo'
significa "el mejor de todos". Tal vez no fui claro, pero mis dudas se
referían justamente a ese conjunto de circunstancias: si obtenemos una
solución "óptima" bajo un conjunto de circunstancias inadecuado, la
solución será metodológicamente óptima, pero errónea.
Por otra parte, cuando me referí a "óptimos falsos" (tal vez la
expresión no fue la más feliz) no hablaba de árboles sino de valores de
k, de cuál es el k óptimo para ese conjunto de datos. Si hago un
análisis de sensitividad y elijo el k o el rango de "kas" que maximiza
cierto criterio de optimalidad, y el criterio es erróneo (en el sentido
de que no es el mejor criterio para medir lo que quiero medir), mi
óptimo es lógicamente correcto, pero fayuto. Lo mismo si mi definición
de caracteres y estados no es adecuada, una cosa bastante frecuente y
bastante olvidada, porque todos los métodos asumen que los caracteres
son correctos por 'default'.

> 3. cuales son las concavidades posta? bue ya lo dijeron en varios
>mails anteriores. es una de las mil decisiones que tomás cuando haces
>un analisis: debe experimentarse como ya se hace con otras cuestiones
>de análisis de los datos: cuantos suboptimos necesito para el bremer?
>cuantas veces debe golpear la longitud minima? uso aditivos o no
>aditivos?. 20 o 22 taxones? 33 caracteres?

Sí, claro. El problema es que después de "experimentar" y jugar con
todas esas variables, y acumular un millón de árbolitos y olvidarte de
cuál es cuál... tenés que tomar una decisión para tratar de sacar
alguna conclusión y publicar algo. Y ahí terminás perdiendo por
cansancio (al menos a mí me pasa, por ahí otros son más tolerantes...),
y diciendo "ma sí" y eligiendo alguna cosa más o menos
arbitrariamente. ...que generalmente es la misma que hubiera salido de
la máquina de hacer chorizos, sólo que tres meses después... En el
mejor de los casos, si sos gente "seria" o que trata de serlo, incluis
algún comentario breve sobre las otras ciento cincuenta soluciones
posibles y el tiempo que pasaste experimentando, y lo dudosa que es la
calidad de tus chorizos...

Con respecto al “aviso de confidencialidad”, Marcos, te cuento que acá
tienen una manía de persecución que llega a límites patológicos. Se
sienten dueños de una información valiosísima que todo el mundo les
quiere robar. Es cierto que la EMBRAPA maneja información referida al
agronegocio que puede interesarle a ciertas empresas, y por ahí somos
nosotros, que siempre laburamos con cosas que no dan guita, los que
vivimos adentro de un zapallo. La cosa es que ahora, desde hace dos o
tres días, todos los mensajes salidos de una cuenta de email de acá,
salen con el “aviso de confidencialidad” incluido.

Saluti per tutti!
GHR


......................
Dr. Gabriel H. Rua
Embrapa/Cenargen - PBE
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C.P. 02372
Brasília, DF
CEP 70770-900
Brasil

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