Hola a todos.

Mariana,

en realidad, lo único que uno selecciona como "outgroup" (en las búsquedas) es la raíz del análisis (y el resto de los terminales (ingroup y outgroup) son considerados iguales por el programa). El hecho de que sea así es, en parte, lo que te permite poner a prueba que tu ingroup sea monofilético (si le asignás redondamente el título de "outgroup" a todos los terminales que, crees, están por fuera de tu grupo de estudio, y no le permitís al programa que los cambie de "categoría", siempre tu ingroup va a ser monofilético (algo tan atractivo como ilusorio)).
Ahora bien, esto, exactamente, es lo que hacés con la raíz del análisis; le decís al programa: "manteneme este bicho SIEMPRE en la base del árbol".  Quizás tu pregunta era: ¿como hacer para asignar una serie de "raíces"  alternativas, y que el programa vaya probando los diferentes enraizamientos?. Eso es muy sencillo, pero necesitarías hacer un macro para automatizarlo (la otra opción, como decías, es ir probando los diferentes enraizamientos uno por uno, y comparando las topologías de tu ingroup).

Bueno, espero haber ayudado.

Saludos a todos,

Marcos.