Hola Peterson y Martín,

Si la forma de codificar que propone Peterson implica que cada bicho sin
cola tiene un estado único de un carácter no-aditivo, Martín está en lo
cierto: cualquier estado de un carácter no-aditivo que ocurre en un solo
taxón puede ser reemplazado por una entrada faltante sin que varíen los
resultados.

El problema con considerar al carácter como no-aditivo es que si tenemos (en
ausencia de toda otra información) varios bichos con cola de distinto color
metidos dentro de un grupo más grande de bichos sin cola, los árboles que
separan a los bichos con colas de diferentes colores en distintos grupos (de
forma que la cola se "origina" varias veces) tendrán exactamente el mismo
score que los árboles donde los bichos que tienen cola forman un grupo
monofilético. Y eso es claramente algo que no queremos. Maddison había
considerado la posibilidad de usar caracteres no-aditivos y lo descarta
justamente por eso. No queda más vuelta que usar caracteres de sankoff
donde los costos sean tales que sea preferible agrupar los bichos con cola;
es decir

sin cola --> cola roja : 2 pasos
sin cola --> cola azul : 2 pasos

y todas las demás transformaciones de costo 1. Esto crea el problema de que
la ganancia de cola (2 pasos) puede ganarle a cualquier otro carácter común
(que cueste un solo paso), pero al menos sabemos que nos dará las
optimizaciones correctas para el carácter en cuestión. Y si tenemos muchas
alternativas (cola roja o azul o verde, con escamas o lisa o con carenas,
ancha o finita, con cresta o sin cresta) se nos multiplica rápidamente el
número de estados que tenemos que darle al caracter de sankoff y nos pasamos
del número de estados que los programas nos permiten analizar...

Jan De Laet está trabajando en esto (ha retomado sus investigaciones sobre
caracteres inaplicables) . No sé si la solución que tiene es totalmente
satisfactoria. De lo que estoy seguro es de que es muy difícil resolver el
problema totalmente con pequeños parches a los algoritmos convencionales.

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Pablo A. Goloboff
INSUE, CONICET, Instituto Miguel Lillo,
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