Hola, les comento lo que estoy haciendo y les pido que lo que crean apropiado me lo digan, dado que me estoy iniciando en esto de la filogenia por lo que son bienvenidas las sugerencias.
Yo trabajo en Virologia y como parte de mi tesis tengo que hacer un analisis filogenetico, el tema es que existen pocas secuencias completas de los genes que tengo que analizar y muchas seq parciales. En la bibliografia solo existen árboles y analisis realizados con el MEGA y alguno que otro con Likelihood.
Yo quiero hacer un analisis exaustivo con el TNT (manejo el programa), pero muchos de los resultados no coinciden con los observados en la bibliografia, otros coinciden cuando hago un pesado a priori (usando la matriz Sankov), el tema es que no se como aplicar matrices de pesos a priori para aminoácidos. el TNT tiene numeros y no que numero corresponde a cada aminoácido.
Bueno si alguien me tira tips sobre que analisis ir haciendo primero, son bienvenidos.
Saludos y mil gracias.
Samuel
--- El jue 15-ene-09, Marcos Mirande <mcmirande@...> escribió:
De: Marcos Mirande <mcmirande@...> Asunto: Re: [clado] sobre concavidades (otra vez!) Para: clado@... Fecha: jueves, 15 de enero de 2009, 2:19 pm
Hola Gabriel,
sí; tenés razón sobre la "razonabilidad"; el macro solo uniformiza las búsquedas entre diferentes matrices... pero el rango que usemos sigue siendo usuario-dependiente .
Me parece que la congruencia con análisis moleculares puede ser un justificativo para preferir el rango más alto de K (y esperar que a los arbitros le guste...). Por eso te decía lo de la visión taxonómica del asunto: yo también tiendo a "resolver" cosas, al menos provisoriamente, en lugar de lavarme las manos y no decir nada (que sería el caso de tu consenso estricto).
Bueno, no tengo mucho más para decir (desde el mail anterior, jaja, pero algo tenía que decir)
Gracias por los comentarios. Es cierto que podés asumir el rango de k producido por tu macro como "razonable", pero es sólo correr de lugar la discusión. Digo, cómo justificás que el rango de distorsiones producido por esos valores de k (50 a 90%) es razonable? Qué es lo que hace que una distorsión cercana al 90% sea "razonable" y no "excesiva"?
Con respecto a la otra cuestión, lo que ocurre en mi caso es que si presento un consenso de todo el rango casi no tengo resolución, pero lo que hay en realidad son dos conjuntos de árboles parecidos entre sí, con un cambio muy drástico más o menos por el medio del rango de concavidades. Los árboles encontrados con k bajos son mucho menos consistentes con un par de análisis publicados por ahí con datos moleculares (ITS y sitios de restricción del cpDNA), en particular porque incluyen adentro a dos géneros del outgroup (que sin duda quedan afuera en los análisis moleculares) . Así las cosas, suena más lógico tomar como "bueno" el segundo rango (el de k más altos), y comentar medio al paso lo que ocurre con el otro...
Qué embole no? es el viejo dilema entre decir cosas y equivocarse, o decir sólo las trivialidades de las que estemos seguros (elegir un valor de K vs. hacer un consenso entre todas las K).
Con respecto a las K de 6 a 15... en realidad, el rango "razonable" de K para tu matriz de datos en particular es lo que ya calcula el macro. Si usaras ese macro para una matriz más chica o limpia te haría búsquedas entre 1 y 10; o entre 25 y 300 si fuera más grande o sucia. Entonces en este punto vos ya tenés un rango de K más o menos "razonables", y el rango que al final elijas para la hipótesis final debería obtenerse por otro criterio.
Con respecto al dilema inicial, no tengo mucho que aportar. En mi caso particular yo (tenía un solo rango de mayor estabilidad) yo terminé presentando un consenso en ese rango como solución "final", pero propuse categorías taxonómicas sólo para los
nodos constantes en todo el rango explorado. Quizás en tu caso haría algo parecido, presentando el segundo rango como "solución final".
En un análisis bajo pesos implícitos (el que mostré en Tucumán) usando un rango de concavidades entre 2.8 y 25.3 (33 valores de k seleccionados usando el script de Marcos), resultan dos regiones de máxima estabilidad, una más o menos entre k=3 y k=5.5, y la otra entre k=8 y k=11. Un poco intuitivamente, e influido por algún comentario de Pablo acerca de que un rango "razonable" de k sería más o menos entre 6 y 15, tengo ganas de preferir la segunda solución y basar (no exclusivamente, pero principalmente) algunas conclusiones en ella. Sin embargo, debería justificar por qué y no encuentro cómo hacerlo de manera razonable (quiero decir, citando alguna publicación que demuestre que valores muy bajos de k producen una distorsión excesiva o algo así). Algo tiene alguna idea al respecto?
Gracias! GHR
____________ _________ ___ GABRIEL HUGO RUA Cátedra de Botánica Agrícola, Facultad de Agronomía, Universidad de Buenos Aires. Avenida San Martín 4453, C1417DSE Buenos Aires, ARGENTINA Tel: +54-11-4524 8000 int. 8173 Email: ruagabri@agro. uba.ar
-- Juan Marcos Mirande Fundación Miguel Lillo - CONICET Miguel Lillo 251 (4000) San Miguel de Tucumán Argentina
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____________ _________ ___ GABRIEL HUGO RUA Cátedra de Botánica Agrícola, Facultad de Agronomía, Universidad de Buenos Aires. Avenida San Martín 4453, C1417DSE Buenos Aires, ARGENTINA Tel: +54-11-4524 8000 int. 8173 Email: ruagabri@agro. uba.ar
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Hola gente, y feliz 2009! En un análisis bajo pesos implícitos (el que mostré en Tucumán) usando un rango de concavidades entre 2.8 y 25.3 (33 valores de k...
Hola Gabriel! feliz año ante todo... Suena interesante lo de las concavidades, estas probando con la matriz de Paspalum? bueno, te cuento que esta por salir...
Hola Gabriel, como va todo? Qué embole no? es el viejo dilema entre decir cosas y equivocarse, o decir sólo las trivialidades de las que estemos seguros...
Hola Marquitos! Gracias por los comentarios. Es cierto que podés asumir el rango de k producido por tu macro como "razonable", pero es sólo correr de lugar...
Hola Gabriel, sí; tenés razón sobre la "razonabilidad"; el macro solo uniformiza las búsquedas entre diferentes matrices... pero el rango que usemos sigue...
Hola, les comento lo que estoy haciendo y les pido que lo que crean apropiado me lo digan, dado que me estoy iniciando en esto de la filogenia por lo que son...
Estimado Samuel (y otros clado-miembros), contra lo que tu mensaje sugiere, TNT puede leer las matrices de aminoacidos como tales; para esto, debes incluir el...
Hola a todos los Clado-miembros, escribo para avisarles que estoy por dar pronto el curso de CladÃstica, versión de una semana, en Esperanza, Santa Fe...
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