Estimado Samuel (y otros clado-miembros),

contra lo que tu mensaje sugiere, TNT puede leer las matrices de
aminoacidos como tales; para esto, debes incluir el comando "nstates
prot;" antes de la matriz (o "&[prot]" al iniciar el bloque que contiene
AA, si es que estás mezclando AA y otros tipos de caracteres). Al darle
los costos (con el comando "cost"), puedes usar el código IUPAC para los
estados. Si has mezclado tipos de caracteres en tu matriz, y quieres leer
costos para uno de los tipos, usas "nstates / prot;" para leer los estados
como AA, y "nstates / dna;" como DNA.

Attenti que si estás usando un editor como Mesquite o NDE para salvar los
datos de proteínas en formato alfanumérico, la correspondencia entre
números y estados estará dada por Mesquite o NDE, no por TNT, y entonces
usar el "nstates / prot;" te puede producir los costos incorrectos.
Entonces, si estás usando Mesquite o NDE, deberás experimentar para
averiguar qué número corresponde a cada aminoacido. O, alternativamente,
salvar los datos en formato de proteínas --probablemente esto será lo más
sencillo.

Saludos y suerte,

--Pablo Goloboff


> Hola, les comento lo que estoy haciendo y les pido que lo que crean
> apropiado me lo digan, dado que me estoy iniciando en esto de la filogenia
> por lo que son bienvenidas las sugerencias.
> Yo trabajo en Virologia y como parte de mi tesis tengo que hacer un
> analisis filogenetico, el tema es que existen pocas secuencias completas
> de los genes que tengo que analizar y muchas seq parciales. En la
> bibliografia solo existen árboles y analisis realizados con el MEGA y
> alguno que otro con Likelihood.
> Yo quiero hacer un analisis exaustivo con el TNT (manejo el programa),
> pero muchos de los resultados no coinciden con los observados en la
> bibliografia, otros coinciden cuando hago un pesado a priori (usando
> la matriz Sankov), el tema es que no se como aplicar matrices de pesos a
> priori para aminoácidos. el TNT tiene numeros y no que numero corresponde
> a cada aminoácido.
>
> Bueno si alguien me tira tips sobre que analisis ir haciendo primero, son
> bienvenidos.
>
> Saludos y mil gracias.
>
> Samuel
>
> --- El jue 15-ene-09, Marcos Mirande <mcmirande@...> escribió:
>
> De: Marcos Mirande <mcmirande@...>
> Asunto: Re: [clado] sobre concavidades (otra vez!)
> Para: clado@...
> Fecha: jueves, 15 de enero de 2009, 2:19 pm
>
>
>
>
>
>
> Hola Gabriel,
>
> sí; tenés razón sobre la "razonabilidad"; el macro solo uniformiza las
> búsquedas entre diferentes matrices... pero el rango que usemos sigue
> siendo usuario-dependiente .
>
> Me parece que la congruencia con análisis moleculares puede ser un
> justificativo para preferir el rango más alto de K (y esperar que a los
> arbitros le guste...). Por eso te decía lo de la visión taxonómica del
> asunto: yo también tiendo a "resolver" cosas, al menos provisoriamente, en
> lugar de lavarme las manos y no decir nada (que sería el caso de tu
> consenso estricto).
>
> Bueno, no tengo mucho más para decir (desde el mail anterior, jaja, pero
> algo tenía que decir)
>
> Saludos, Marcos.
>
>
> El 15 de enero de 2009 15:09, Rua Gabriel Hugo <ruagabri@agro. uba.ar>
> escribió:
>
>
>
>
>
>
>
> Hola Marquitos!
> Gracias por los comentarios. Es cierto que podés asumir el rango de k
> producido por tu macro como "razonable", pero es sólo correr de lugar la
> discusión. Digo, cómo justificás que el rango de distorsiones producido
> por esos valores de k (50 a 90%) es razonable? Qué es lo que hace que una
> distorsión cercana al 90% sea "razonable" y no "excesiva"?
> Con respecto a la otra cuestión, lo que ocurre en mi caso es que si
> presento un consenso de todo el rango casi no tengo resolución, pero lo
> que hay en realidad son dos conjuntos de árboles parecidos entre sí, con
> un cambio muy drástico más o menos por el medio del rango de concavidades.
> Los árboles encontrados con k bajos son mucho menos consistentes con un
> par de análisis publicados por ahí con datos moleculares (ITS y sitios de
> restricción del cpDNA), en particular porque incluyen adentro a dos
> géneros del outgroup (que sin duda quedan afuera en los análisis
> moleculares) . Así las cosas, suena más lógico tomar como "bueno" el
> segundo rango (el de k más altos), y comentar medio al paso lo que ocurre
> con el otro...
> Bueno, gracias de nuevo. Saludos!
> GHR
>
>
>
> El 14 de enero de 2009 17:25, Marcos Mirande <mcmirande@gmail. com>
> escribió:
>
>
>
>
>
>
>
> Hola Gabriel, como va todo?
>
> Qué embole no? es el viejo dilema entre decir cosas y equivocarse, o decir
> sólo las trivialidades de las que estemos seguros (elegir un valor de K
> vs. hacer un consenso entre todas las K).
>
> Con respecto a las K de 6 a 15... en realidad, el rango "razonable" de K
> para tu matriz de datos en particular es lo que ya calcula el macro. Si
> usaras ese macro para una matriz más chica o limpia te haría búsquedas
> entre 1 y 10; o entre 25 y 300 si fuera más grande o sucia. Entonces en
> este punto vos ya tenés un rango de K más o menos "razonables", y el rango
> que al final elijas para la hipótesis final debería obtenerse por otro
> criterio.
>
> Con respecto al dilema inicial, no tengo mucho que aportar. En mi caso
> particular yo (tenía un solo rango de mayor estabilidad) yo terminé
> presentando un consenso en ese rango como solución "final", pero propuse
> categorías taxonómicas sólo para los nodos constantes en todo el rango
> explorado. Quizás en tu caso haría algo parecido, presentando el segundo
> rango como "solución final".
>
> Espero haber aportado algo.
>
> Un abrazo
>
> Feliz 2009 para todos
>
> Marcos
>
>
>
> El 14 de enero de 2009 15:14, Rua Gabriel Hugo <ruagabri@agro. uba.ar>
> escribió:
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Hola gente, y feliz 2009!
> En un análisis bajo pesos implícitos (el que mostré en Tucumán) usando un
> rango de concavidades entre 2.8 y 25.3 (33 valores de k seleccionados
> usando el script de Marcos), resultan dos regiones de máxima estabilidad,
> una más o menos entre k=3 y k=5.5, y la otra entre k=8 y k=11. Un poco
> intuitivamente, e influido por algún comentario de Pablo acerca de que un
> rango "razonable" de k sería más o menos entre 6 y 15, tengo ganas de
> preferir la segunda solución y basar (no exclusivamente, pero
> principalmente) algunas conclusiones en ella. Sin embargo, debería
> justificar por qué y no encuentro cómo hacerlo de manera razonable (quiero
> decir, citando alguna publicación que demuestre que valores muy bajos de k
> producen una distorsión excesiva o algo así). Algo tiene alguna idea al
> respecto?
> Gracias!
> GHR
>
>
>
>
>
> ____________ _________ ___
> GABRIEL HUGO RUA
> Cátedra de Botánica Agrícola,
> Facultad de Agronomía,
> Universidad de Buenos Aires.
> Avenida San Martín 4453,
> C1417DSE Buenos Aires,
> ARGENTINA
> Tel: +54-11-4524 8000 int. 8173
> Email: ruagabri@agro. uba.ar
>
>
>
>
> --
> Juan Marcos Mirande
> Fundación Miguel Lillo - CONICET
> Miguel Lillo 251
> (4000) San Miguel de Tucumán
> Argentina
>
>
>
>
> --
>
> ____________ _________ ___
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