De: regonzalez@... <regonzalez@...>
Asunto: Re: [clado] Consulta Mr Bayes...
Para: clado@...
Fecha: viernes, 3 de abril de 2009, 1:53 pm

Podes ver de cambiar el Nset que varia con el modelo al cual se ajustan tus datos (el modeltest-paup te lo selecciona, asi podes decirle al programa si es GTR o HKY, etc). Cuando yo use MrBayes, le puse una frecuencia de muestreo de 1000.

Mis matrices son mucho mas chicas eran de 55 x 1200 con un gen (con 3 millones de generacion llegaba a un punto optimo de 0.007) y la otra era de 45 x 1300 con otro gen y con 2 millones de generaciones ya llegaba al punto optimo.

No se me ocurre que otra cosa le podes dar, pero el problema mayor que tenes es el tamaño de la matriz.

Saludos

Raul

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Dr. Raúl E. González Ittig
Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución.
Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
Universidad Nacional de Córdoba
Av. Velez Sarsfield 299
Ciudad de Córdoba. CP5000
Argentina
TE:  54-351-433 2100 Int 234
Fax: 54-351-433 2097
www.efn.uncor. edu/departamento s/fisiologia/ archivos/ genpoblaciones. htm
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Samuel Miÿfffff1o <pachulon@yahoo. com.ar> ha escrito:

> Hola, estoy corriendo una matriz de 290 x 1100 en Mr Bayes y no 
> puedo llegar al punto optimo (0.01).
> Despues de correr 10.000.000 de generaciones llegoa 0.05, el tema es 
> que no se si estoy dandole una freq de muestreo muy chica (10) y por 
> eso no llego o tal ves no esté entrando alguna variable importante. 
> Los datos que le ingreso al programa son: La freq de bases, la freq 
> de sustitucion, el gamma shape, lset, pinvar y hago una busqueda de 
> 10.000.000 con una freq de muestreo de 10. Esto lleva aprox un 
> tiempo de 4 días de corrida y hoy voy a probar con alguna cambio, 
> pero si alguien tiene alguna sugerencia, son bienvenidas.
>  
> Saludos.
>  
> Samuel
>
> --- El mié 25-mar-09, Marcos Mirande <mcmirande@gmail. com> escribió:
>
>
> De: Marcos Mirande <mcmirande@gmail. com>
> Asunto: [clado] Nuevos doctores en Tucumán!!
> Para: clado@gruposyahoo. com.ar
> Fecha: miércoles, 25 de marzo de 2009, 9:33 pm
>
>
>
>
>
>
> Hola a todos!!
>
> Tengo el enorme agrado... y orgullo... casi... de anunciar las 
> proximas defensas de tesis doctorales en la "tierra de las 
> oportunidades" (no, era broma...aquí en Tucumán). Dos nuevos 
> doctores cladistas están saliendo del horno.
>
> Guillermo Suárez
> Defensa: Viernes 27/03 a las 12 hs.
>
> Tema: "La filogenia de Pohlia" (Musgos de montaña iguales a los 
> musgos de llanura y a todos los restantes musgos)
>
>
> Sebastián Barrionuevo
> Defensa: Viernes 27/03 a las 16 hs.
>
> Tema: "Filogenia de Telmatobius" (Ranas de montaña diferentes a las 
> ranas de llanura y a todas las otras ranas pero iguales entre ellas)
>
>
> FELICIDADES a ambos!!!
>
> Marcos, en representació n de la Liga Cladista Tucumana
>
>
> Saludos a todos!
>
> --
> Juan Marcos Mirande
> Fundación Miguel Lillo - CONICET
> Miguel Lillo 251
> (4000) San Miguel de Tucumán
> Argentina
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