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clado · Cladística
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Consulta Mr Bayes...   Lista de mensajes  
Responder | Reenviar Mensaje #845 de 1046 |
Re: Consulta Mr Bayes...


Me hizo acordar la charla de Pablo en la reunión de Córdoba... jeje

Salut!


--- En clado@..., Marcos Mirande <mcmirande@...> escribió:
>
> jaja, estuve a punto de contestar que en este foro era difícil que consiga
> una respuesta...
>
> saludos a todos
>
> Marcos.
>
> El 3 de abril de 2009 13:53, <regonzalez@...> escribió:
>
> > Podes ver de cambiar el Nset que varia con el modelo al cual se ajustan
> > tus datos (el modeltest-paup te lo selecciona, asi podes decirle al programa
> > si es GTR o HKY, etc). Cuando yo use MrBayes, le puse una frecuencia de
> > muestreo de 1000.
> >
> > Mis matrices son mucho mas chicas eran de 55 x 1200 con un gen (con 3
> > millones de generacion llegaba a un punto optimo de 0.007) y la otra era de
> > 45 x 1300 con otro gen y con 2 millones de generaciones ya llegaba al punto
> > optimo.
> >
> > No se me ocurre que otra cosa le podes dar, pero el problema mayor que
> > tenes es el tamaño de la matriz.
> >
> > Saludos
> >
> > Raul
> >
> >
> >
> >
------------------------------------------------------------------------------
> > Dr. Raúl E. González Ittig
> > Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución.
> > Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
> > Universidad Nacional de Córdoba
> > Av. Velez Sarsfield 299
> > Ciudad de Córdoba. CP5000
> > Argentina
> > TE: 54-351-433 2100 Int 234
> > Fax: 54-351-433 2097
> > www.efn.uncor.edu/departamentos/fisiologia/archivos/genpoblaciones.htm
> >
> >
--------------------------------------------------------------------------------
> >
> >
> > Samuel Miÿfffff1o <pachulon@...> ha escrito:
> >
> >
> > > Hola, estoy corriendo una matriz de 290 x 1100 en Mr Bayes y no
> > > puedo llegar al punto optimo (0.01).
> > > Despues de correr 10.000.000 de generaciones llegoa 0.05, el tema es
> > > que no se si estoy dandole una freq de muestreo muy chica (10) y por
> > > eso no llego o tal ves no esté entrando alguna variable importante.
> > > Los datos que le ingreso al programa son: La freq de bases, la freq
> > > de sustitucion, el gamma shape, lset, pinvar y hago una busqueda de
> > > 10.000.000 con una freq de muestreo de 10. Esto lleva aprox un
> > > tiempo de 4 días de corrida y hoy voy a probar con alguna cambio,
> > > pero si alguien tiene alguna sugerencia, son bienvenidas.
> > >
> > > Saludos.
> > >
> > > Samuel
> > >
> > > --- El mié 25-mar-09, Marcos Mirande <mcmirande@...> escribió:
> > >
> > >
> > > De: Marcos Mirande <mcmirande@...>
> > > Asunto: [clado] Nuevos doctores en Tucumán!!
> > > Para: clado@...
> > > Fecha: miércoles, 25 de marzo de 2009, 9:33 pm
> > >
> > >
> > >
> > >
> > >
> > >
> > > Hola a todos!!
> > >
> > > Tengo el enorme agrado... y orgullo... casi... de anunciar las
> > > proximas defensas de tesis doctorales en la "tierra de las
> > > oportunidades" (no, era broma...aquí en Tucumán). Dos nuevos
> > > doctores cladistas están saliendo del horno.
> > >
> > > Guillermo Suárez
> > > Defensa: Viernes 27/03 a las 12 hs.
> > >
> > > Tema: "La filogenia de Pohlia" (Musgos de montaña iguales a los
> > > musgos de llanura y a todos los restantes musgos)
> > >
> > >
> > > Sebastián Barrionuevo
> > > Defensa: Viernes 27/03 a las 16 hs.
> > >
> > > Tema: "Filogenia de Telmatobius" (Ranas de montaña diferentes a las
> > > ranas de llanura y a todas las otras ranas pero iguales entre ellas)
> > >
> > >
> > > FELICIDADES a ambos!!!
> > >
> > > Marcos, en representació n de la Liga Cladista Tucumana
> > >
> > >
> > > Saludos a todos!
> > >
> > > --
> > > Juan Marcos Mirande
> > > Fundación Miguel Lillo - CONICET
> > > Miguel Lillo 251
> > > (4000) San Miguel de Tucumán
> > > Argentina
> > >
> > >
> > >
> > >
> > >
> > >
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> > >
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> > >
> > >
> > >
> > > Yahoo! Cocina
> > > Recetas prácticas y comida saludable
> > > http://ar.mujer.yahoo.com/cocina/
> >
> >
>
>
>
> --
> Juan Marcos Mirande
> Fundación Miguel Lillo - CONICET
> Miguel Lillo 251
> (4000) San Miguel de Tucumán
> Argentina
>





Vie, 3 de Abr, 2009 7:07 pm

acrididae
Sin conexión Sin conexión
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Hola, estoy corriendo una matriz de 290 x 1100 en Mr Bayes y no puedo llegar al punto optimo (0.01). Despues de correr 10.000.000 de generaciones llegoa 0.05,...
Samuel Miÿfffff1o
pachulon
Sin conexión Enviar correo
3 de Abr, 2009
3:40 pm

Podes ver de cambiar el Nset que varia con el modelo al cual se ajustan tus datos (el modeltest-paup te lo selecciona, asi podes decirle al programa si es GTR...
regonzalez@...
raulgenetista
Sin conexión Enviar correo
3 de Abr, 2009
3:57 pm

jaja, estuve a punto de contestar que en este foro era difícil que consiga una respuesta... saludos a todos Marcos. ... -- Juan Marcos Mirande Fundación...
Marcos Mirande
mcmirande
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3 de Abr, 2009
4:05 pm

Me hizo acordar la charla de Pablo en la reunión de Córdoba... jeje Salut!...
Marcos
acrididae
Sin conexión Enviar correo
3 de Abr, 2009
7:08 pm

ok. voy a probar con eso. De todas formas con los datos del model test le cargo un modelo personalizado con todos los parámetros. Porque el modelo es TVM y no...
Samuel Miÿfffff1o
pachulon
Sin conexión Enviar correo
3 de Abr, 2009
4:27 pm
Avanzado

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