clado : Mensaje: Re: [clado] Consulta PAUP

Hola Le pusiste algunos comanditos como:

Set criterion=distance antes de pedirle que haga NJ y bootstrap. Fijate si eso soluciona todo. Te pego una serie de secuencias para el Paup que suelo dar en un curso de postgrado.

Neighbor-joining y UPGMA

(para datos de secuencias y RFLP)

1) Abrir win-paup4b10.exe y ejecutar el archivo curso.nex

2) Ejecutar: log file=curso-neigh.out append=yes

3) Ejecutar: set criterion=distance

(es obligatorio, porque sino hace parsimonia)

4) Ejecutar: Dset distance=K2P

(esta etapa es para elegir el tipo de distancia que queremos utilizar; en este caso es la distancia de Kimura 2 parámetros. Para RRLP tendría que ser Dset distance=NeiLi)

5) Opcional: Ejecutar: Showdist

(muestra las distancias genéticas de a pares y dado que se guardan en el archivo curso-neigh.out, después pueden servir para hacer promedios sobre las distancias genéticas entre especies)

6) Ejecutar: Outgroup Tarsius Lemur

7) Para Neighbor-joining ejecutar Bootstrap nreps=10 search=nj;

Para UPGMA ejecutar:

Bootstrap nreps=10 search=upgma

8) Ejecutar: Describetrees/plot=phylogram brlens=yes

(muestra características del árbol como ser el valor mínimo de evolución y el largo de ramas)

9) Ejecutar: Quit y cuando el programa advierte que hay cosas sin salvar, salen lo mismo, porque en realidad todo se guardó en el archivo curso-neigh.out

Espero que te sirva.

Saludos

Raul
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Dr. Raúl E. González Ittig
Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución.
Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
Universidad Nacional de Córdoba
Av. Velez Sarsfield 299
Ciudad de Córdoba. CP5000
Argentina
TE: 54-351-433 2100 Int 234
Fax: 54-351-433 2097
www.efn.uncor.edu/departamentos/fisiologia/archivos/genpoblaciones.htm
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Samuel Miÿfffff1o <pachulon@...> ha escrito:

>
> Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se
> agradecerá muchisimo.
>
> El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago
> el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el
> comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el
> de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz
> que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me
> toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy
> haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia.
>
> ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap?
>
> Saludos
>
> Samuel
>
>
> --- El jue 28-may-09, Babot Judith <jubabot@...> escribió:
>
>
> De: Babot Judith <jubabot@...>
> Asunto: Re: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman)
> Para: clado@...
> Fecha: jueves, 28 de mayo de 2009, 6:11 am
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Hola Sofía, respondo a tu correo particular.
>
> Judith Babot
> Tucumán
>
> --- El mié 27-may-09, Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@yahoo.
> com> escribió:
>
>
> De: Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@yahoo. com>
> Asunto: Re: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman)
> Para: clado@gruposyahoo. com.ar
> Fecha: miércoles, 27 de mayo de 2009, 9:28 am
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Buen dia:
>
> Muchas gracias por la informacion. Queria preguntarles lo siguiente,
> que posibilidad habria de enviarnos los resumenes (de dos o tres
> paginas) de las conferencias, a los que por motivos economicos no
> podamos asistir a este evento? Se ha pensado en la posibilidad de
> hacer una video conferencia?
>
> Cordialmente,
> Sofia
>
> --- El mié 27-may-09, jubabot <jubabot@yahoo. com.ar> escribió:
>
>
> De: jubabot <jubabot@yahoo. com.ar>
> Asunto: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman)
> A: clado@gruposyahoo. com.ar
> Fecha: miércoles, 27 mayo, 2009, 7:03 am
>
>
>
>
> Con motivo de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y los
> 150 de la publicación del libro El origen de las especies, la
> Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Tucumán
> ha organizado un ciclo de conferencias para rendir un homenaje a
> este científico que revolucionó la perspectiva de las ciencias
> biológicas. Esperamos que estas conferencias, mostrando distintas
> fronteras del conocimiento en las que investigadores jóvenes de
> nuestro medio trabajan activamente, sirvan de estímulo para
> revalorizar y re-pensar la teoría evolutiva a la luz de los avances
> modernos de la ciencia.
>
> CRONOGRAMA
>
> EVOLUCIÓN DEL VUELO
> Norberto Giannini (PIDBA, CONICET)
> Lunes 1 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
>
> EVOLUCIÓN EN UN MUTUALISMO: FRUTOS FRUGÍVOROS
> Silvia Lomáscolo (CRICYT-CONICET)
> Martes 2 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
>
> EL CONTROL GENÉTICO DEL DESARROLLO EMBRIONARIO COMO MOTOR DE LA
> BIODIVERSIDAD Y LA EVOLUCIÓN
> Manuel Aybar (INSIBIO, CONICET-UNT)
> Miércoles 3 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
>
> MICROBIOLOGÍA DE HUMEDALES ANDINOS: LAS BACTERIAS EXTREMÓFILAS NOS
> HABLAN DE LOS ORÍGENES DE LA VIDA
> María Eugenia Farías (PROIMI-CONICET)
> Jueves 4 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
>
> ÁRBOLES DE LA VIDA: MATERIALIZANDO EL SUEÑO DE DARWIN
> Pablo Goloboff (INSUE-CONICET)
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