Hola Pablo, antes que nada muchisimas gracias por el soporte constante on line.
Bueno el tema de hacer distancias y bootstrap es por ahora una cuestion descriptiva.
Yo trabajo con Rotavirus, un virus de RNA, segmentado, con mecanismos de evolución similares a los de influenza. Para agrupar los nuevos aislamientos o las nuevas variantes se utiliza distancia porque lo unico que se busca es determinar con quien agrupa. Es más, mundialmente utilizan MEGA para todo esto. Bueno, nosotros nos propusimos empezar a realizar análisis un poco mas profundos, haciendo análisis por parsimonia, likelihood, bayesianos y distancia, comparar los resultados y discrutirlos.
Ahora me encuentro un poco apurado porque mi necesitamos mandar un poster a un congreso para proteger unas secuancias que las estamos usando para los análisis antes mensionados y no queremos hacer referencia a eso, es un trabajo epidemiológico y lo que aclaramos es que definimos el modelo usando ModelTest y realizamos las búsquedas con PAUP.
Una vez terminado esto, tengo que correr las matrices en PhyML, MrBayes, TNT y PAUP,
y discutir los resultados, que tenemos la intención de enviar ese trabajo a una revista que no sea veterinaria sino más cladistica.
Espero responder tu inquietud y mil gracias de nuevo por la ayuda.
Un abrazo,
Samuel
--- El mié 3-jun-09, Pablo Goloboff <pablogolo@...> escribió:
De: Pablo Goloboff <pablogolo@...>
Asunto: [clado] Re: Consulta PAUP
Para: clado@...
Fecha: miércoles, 3 de junio de 2009, 4:14 pm
Hola Samuel, el comando que estás buscando es:  boot nreps=100 / start=nj noswap ; Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por parsimonia, incluso usando PAUP*. Fijate que al ser sólo un NJ, el análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial. Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de (digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte un montonón de tiempo-- deberías usar:  boot nreps=100 / start=nj swap=TBR nchuck=5 chucksco=1 ; Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un "rearrlimit" (de significados obvios). No sé cómo funcionan exactamente cuando hacés
bootstrapping, es decir, no sé si el limite se aplica a cada pseudoreplica o al global. Si es lo primero (cosa que suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo de TBR pero que no necesariamente llegue al final... Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et al., en http://www.microbes online.org/ fasttree.Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera: porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia? De dónde viene esa necesidad? Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho. Hay alguna razón de tipo teórico/metodológico por la
que quieras hacer esto con distancias? --Pablo Goloboff On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote:
Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo. El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia. ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap? Saludos Samuel
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