De: Pablo Goloboff <pablogolo@...>
Asunto: [clado] Re: Consulta PAUP
Para: clado@...
Fecha: miércoles, 3 de junio de 2009, 4:14 pm

Hola Samuel,

el comando que estás buscando es:

      boot nreps=100 / start=nj noswap ;

Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por parsimonia, incluso usando PAUP*.  Fijate que al ser sólo un NJ, el análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial.

Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de (digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte un montonón de tiempo-- deberías usar:

      boot nreps=100 / start=nj swap=TBR nchuck=5 chucksco=1 ;

Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un "rearrlimit" (de significados obvios).  No sé cómo funcionan exactamente cuando hacés bootstrapping, es decir, no sé si el limite se aplica a cada pseudoreplica o al global.  Si es lo primero (cosa que suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo de TBR pero que no necesariamente llegue al final...

Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et al., en http://www.microbes online.org/ fasttree.

Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera: porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia?  De dónde viene esa necesidad?  Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho.  Hay alguna razón de tipo teórico/metodológico por la que quieras hacer esto con distancias?

--Pablo Goloboff

On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote:

Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo.   El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia.   ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap?   Saludos   Samuel