Hola gente del clado, esta vez les escribo para consultarles sobre un problema que tengo con el TreeDyn, les comento: Resulta que luego de editar los árboles a gusto, cuando los quiero exportar como imagen no puedo guardar los árboles completos, siempre aparecen cortados y por mas que cambie la extensión en que la guardo sucede lo mismo. Alguien podría decirme que puedo hacer?   Saludos.   Samuel --- El mié 3-jun-09, Pablo Goloboff <pablogolo@csnat.unt.edu.ar> escribió: De: Pablo Goloboff <pablogolo@csnat.unt.edu.ar> Asunto: [clado] Re: Consulta PAUP Para: clado@gruposyahoo.com.ar Fecha: miércoles, 3 de junio de 2009, 4:14 pm Hola Samuel, el comando que estás buscando es:       boot nreps=100 / start=nj noswap ; Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por parsimonia, incluso usando PAUP*.  Fijate que al ser sólo un NJ, el análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial. Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de (digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte un montonón de tiempo-- deberías usar:       boot nreps=100 / start=nj swap=TBR nchuck=5 chucksco=1 ; Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un "rearrlimit" (de significados obvios).  No sé cómo funcionan exactamente cuando hacés bootstrapping, es decir, no sé si el limite se aplica a cada pseudoreplica o al global.  Si es lo primero (cosa que suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo de TBR pero que no necesariamente llegue al final... Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et al., en http://www.microbes online.org/ fasttree. Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera: porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia?  De dónde viene esa necesidad?  Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho.  Hay alguna razón de tipo teórico/metodológico por la que quieras hacer esto con distancias? --Pablo Goloboff On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote: Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo.   El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia.   ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap?   Saludos   Samuel

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