Hola a todos,
Para este martes 10 de Mayo a las 9:30 horas, tenemos programado el
próximo encuentro de los Seminarios de Teoría y Técnicas de
Reconstrucción de Filogenias, que tienen lugar en el MACN.
En esta oportunidad, discutiremos sobre el "Pluralismo" en la
investigación filogenética.
Muchas veces, en el campo de la sistemática filogenética, los
investigadores tienen que elegir entre diferentes métodos de
analizar sus datos (neighbor-joining, maximum-likelihood,
parsimonia,y otros), que difieren en cómo procesan la
información de
los datos observados. Sin embargo, algunas publicaciones incluyen
árboles generados por más de uno de estos métodos
("pluralismo"). En
el trabajo de Giribet et al, se discuten aspectos estadísticos,
filosóficos y operacionales del pluralismo.
Giribet, G., R. DeSalle and W. Wheeler. 2002. "Pluralism" and the
aims of phylogenetic research. Molecular Systematics and Evolution:
Theory and Practice. 141-146.
Este trabajo pueden bajarlo en:
http://aracnologia.macn.gov.ar/clado/Giribet%20et%20al%202002b.pdf
También incluimos un ejemplo con dos trabajos sobre Elefantes
Africanos:
Eggert, L. S., C. A. Rasner and D. S. Woodruf. 2002 . The evolution
and phylogeography of the African elephant inferred from
mitochondrial DNA sequence and nuclear microsatellite markers. Proc.
R. Soc. Lond. B, 269, 1993–2006.
Debruyne, R. 2005. A case study of apparent conflict between
molecular phylogenies: the interrelationships of African elephants.
Cladistics 21: 31-50.
Estos dos trabajos están posteados en el foro
(http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/)
Muchas gracias a Marcela por sugerir estos trabajos! Si alguno
conoce otro trabajo que pueda resultar interesante para discutir en
este encuentro, mándelo que también lo posteamos en el foro.
Al igual que la vez pasada, intentaremos seguir la discusión en
este foro, mandando un resumen luego del seminario. Así
que si quieren ir leyendo y mandando mails al grupo, bienvenidos.
La reunión es en Av. Angel Gallardo 470 (preguntar por Cecilia
Kopuchian o a Martin Ramírez). Si pensás venir y el horario te
viene mal:
ramirez@... o ckopuchian@....
Los esperamos!
*****************************************
Cecilia Kopuchian
División Ornitología
Museo Argentino de Ciencias Naturales "B. Rivadavia"
Av. Ángel Gallardo 470 (C1405DJR)
Buenos Aires, Argentina
Tel: (011)4982-6595 interno 186
Fax:(011)4982-6595 interno 172
******************************************
>Estimados colegas,
>
>Como parte del curso de Invertebrados I, Elizabeth Borda (American Museum
>of Natural History, NY, USA) dará una charla sobre "Filogenia y Evolución
>de Sanguijuelas Arhynchobdellidae".
>La misma se realizará el viernes 29 de abril en el Aula Burkart a las
>18:00 hs.
>
>Quedan todos invitados.
>
>
>Dr. Veronica A. Ivanov
>Lab. Helmintología
>Departamento de Biodiversidad y
>Biología Experimental
>Facultad de Cs. Exactas y Naturales
>Universidad de Buenos Aires
>Ciudad Universitaria, Pabellon II, piso 4
>C1428EHA Buenos Aires
>ARGENTINA
>-------------------------------------------------
>Phone: 54-11-45763300 ext. 332
>Fax: 54-11-45763384
>-------------------------------------------------
Ojo que no solo proponen remover los datos 'engañosos', en pag 111
estos tipos dicen: '"debemos reemplazar con ? lo siguiente: (1)el gen
de un taxon ... que obviamente obscurece las relaciones de ese taxon;
(2) el gen/es responsables de la incongruencia significativa,
posiblemente reflejando un proceso ... que lleva a una historia que no
es la filogenia del taxon".
O sea que debemos conocer la filogenia del grupo previamente, hermoso!
Mas que candido a mi me parece un poco aventurado este paper, porque
puede venir ahora un genio con un programita o formulita magica que
nos indica que debemos reemplazar en nuestros datos para que todo de
perfecto! Y un monton de gente se pone a usarlo porque es demasiado
complicado ponerse a explorar los datos en busqueda de artefactos y
esas yerbas... o lo aplicara simplemente porque es mas facil, etc.
(--- En clado@..., Martin Ramirez <ramirez@m...>
escribió:
> A mí me parece un paper muy cándido, por el argumento "si sabés que
tus
> datos son engañosos, no deberías usarlos". Creo que poca gente que
propone
> evidencia total (TE) va a defender el uso de datos engañosos a
sabiendas
> (algún cladista patrón extremo tal vez?).
>
> En principio, la cuestión de un compromiso entre calidad y cantidad
de
> datos no me parece mal. De ahí a conocer la calidad de los datos
hay una
> gran distancia. Hay datos que son sub-estándar (distancias de
> hibridización, bandas de sitios de restricción, alineamientos
ambiguos,
> mala morfología, malas observaciones de comportamiento, caracteres
> correlacionados, datos ecológicos y geográficos), y al menos en
teoría debe
> haber un punto donde conviene no incluirlos en el análisis.
>
> Suponiendo que congruencia sirva para detectar datos sub-estándar
(para mí
> es muy limitado lo que se puede hacer por ese lado), por lo que
estivimos
> leyendo y experimentando, el ILD es una medida más que dudosa.
>
> Y reemplazar celdas por entradas faltantes y esas cosas también es
super
> inocente. Hacerlo rigurosamente requeriría que uno entienda bien
todos los
> conflictos e interacciones entre caracteres, y eso es imposible para
la
> matriz real más simple.
>
> En fin, en mi opinión, si sos capaz de demostrar que un conjunto de
datos
> es engañoso es que ya sabés tanto de la filogenia del grupo, y tenés
tantos
> datos, que la pregunta de incluir o no esa fuente de datos ya no
tiene
> importancia.
>
> Martín
>
> At 02:47 PM 4/27/2005, you wrote:
>
>
> >Hola a todos,
> >
> >Yo lei un poco el articulo de Lecointre y Deleporte (o el contra y
la
> >puerta), y es bastante interesante... sobretodo para entender como
> >piensan algunos tipos: "si mis datos son 'incongruentes' los
reemplazo
> >por signos de interrrogacion y listo..." ... para mi es un
argumento
> >muy poco convincente.
> >Que sucede si alguno de los datos 'descartados' por no ser
congruente
> >con el resto contiene informacion en algun lado que me sirve (sin
> >incongruencia con los otros) y que yo no puedo 'detectar'?
> >Y como se que no hay un monton de datos que apoyan al
'incongruente',
> >y que yo no conozco?
> >Ademas, me importa la congruencia? si uno esta analizando algo es
para
> >obtener hipotesis basadas en TODOS los datos posibles, no en
algunos
> >(seleccionados de acuerdo al gusto y ganas de cada uno). Aca
tenemos
> >una buena demostracion de que las revistas de alto impacto a veces
no
> >son tan rigidas en sus evaluaciones!
> >
> >Supongo que en el MACN estuvieron discutiendo algo sobre esto (ILD,
> >incongruencia y cosas relacionadas), comenten algo por favor.
> >Saludos
> >
> >Camilo
> >
> >--- En clado@..., clado@... escribió:
> > >
> > >
> > > Hola:
> > >
> > > Este mensaje es una notificación de que ha sido cargado un
archivo
> > > nuevo en el área de archivos del grupo clado.
> > >
> > > Archivo : /2005EvidTotal.pdf
> > > Cargado por : protocyon <protocyon@y...>
> > > Descripción : Lecointre, G. and P. Deleporte. 2005 Total
evidence
> >requires exclusión of phylogenetically misleading data. Zoologica
> >Scripta 34(1): 101-117.
> > >
> > > Podés acceder a este archivo en la siguiente dirección web
> > >
> > > http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/2005EvidTotal.pdf
> > >
> > > Para saber más sobre cómo compartir archivos en tu grupo, por
favor
> > > visitá
> > >
> > > http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files
> > >
> > > Gracias,
> > >
> > > protocyon <protocyon@y...>
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
> >
> >
> >
>
>
> Martín J. Ramírez
> División Aracnología
> Museo Argentino de Ciencias Naturales
> Av. Angel Gallardo 470
> C1405DJR Buenos Aires
> Argentina
> tel +54 11 4982-8370 int. 168
> fax +54 11 4982-4494
A mí me parece un paper muy cándido, por el argumento "si sabés que tus
datos son engañosos, no deberías usarlos". Creo que poca gente que propone
evidencia total (TE) va a defender el uso de datos engañosos a sabiendas
(algún cladista patrón extremo tal vez?).
En principio, la cuestión de un compromiso entre calidad y cantidad de
datos no me parece mal. De ahí a conocer la calidad de los datos hay una
gran distancia. Hay datos que son sub-estándar (distancias de
hibridización, bandas de sitios de restricción, alineamientos ambiguos,
mala morfología, malas observaciones de comportamiento, caracteres
correlacionados, datos ecológicos y geográficos), y al menos en teoría debe
haber un punto donde conviene no incluirlos en el análisis.
Suponiendo que congruencia sirva para detectar datos sub-estándar (para mí
es muy limitado lo que se puede hacer por ese lado), por lo que estivimos
leyendo y experimentando, el ILD es una medida más que dudosa.
Y reemplazar celdas por entradas faltantes y esas cosas también es super
inocente. Hacerlo rigurosamente requeriría que uno entienda bien todos los
conflictos e interacciones entre caracteres, y eso es imposible para la
matriz real más simple.
En fin, en mi opinión, si sos capaz de demostrar que un conjunto de datos
es engañoso es que ya sabés tanto de la filogenia del grupo, y tenés tantos
datos, que la pregunta de incluir o no esa fuente de datos ya no tiene
importancia.
Martín
At 02:47 PM 4/27/2005, you wrote:
>Hola a todos,
>
>Yo lei un poco el articulo de Lecointre y Deleporte (o el contra y la
>puerta), y es bastante interesante... sobretodo para entender como
>piensan algunos tipos: "si mis datos son 'incongruentes' los reemplazo
>por signos de interrrogacion y listo..." ... para mi es un argumento
>muy poco convincente.
>Que sucede si alguno de los datos 'descartados' por no ser congruente
>con el resto contiene informacion en algun lado que me sirve (sin
>incongruencia con los otros) y que yo no puedo 'detectar'?
>Y como se que no hay un monton de datos que apoyan al 'incongruente',
>y que yo no conozco?
>Ademas, me importa la congruencia? si uno esta analizando algo es para
>obtener hipotesis basadas en TODOS los datos posibles, no en algunos
>(seleccionados de acuerdo al gusto y ganas de cada uno). Aca tenemos
>una buena demostracion de que las revistas de alto impacto a veces no
>son tan rigidas en sus evaluaciones!
>
>Supongo que en el MACN estuvieron discutiendo algo sobre esto (ILD,
>incongruencia y cosas relacionadas), comenten algo por favor.
>Saludos
>
>Camilo
>
>--- En clado@..., clado@... escribió:
> >
> >
> > Hola:
> >
> > Este mensaje es una notificación de que ha sido cargado un archivo
> > nuevo en el área de archivos del grupo clado.
> >
> > Archivo : /2005EvidTotal.pdf
> > Cargado por : protocyon <protocyon@y...>
> > Descripción : Lecointre, G. and P. Deleporte. 2005 Total evidence
>requires exclusión of phylogenetically misleading data. Zoologica
>Scripta 34(1): 101-117.
> >
> > Podés acceder a este archivo en la siguiente dirección web
> >
> > http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/2005EvidTotal.pdf
> >
> > Para saber más sobre cómo compartir archivos en tu grupo, por favor
> > visitá
> >
> > http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files
> >
> > Gracias,
> >
> > protocyon <protocyon@y...>
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Hola a todos,
Yo lei un poco el articulo de Lecointre y Deleporte (o el contra y la
puerta), y es bastante interesante... sobretodo para entender como
piensan algunos tipos: "si mis datos son 'incongruentes' los reemplazo
por signos de interrrogacion y listo..." ... para mi es un argumento
muy poco convincente.
Que sucede si alguno de los datos 'descartados' por no ser congruente
con el resto contiene informacion en algun lado que me sirve (sin
incongruencia con los otros) y que yo no puedo 'detectar'?
Y como se que no hay un monton de datos que apoyan al 'incongruente',
y que yo no conozco?
Ademas, me importa la congruencia? si uno esta analizando algo es para
obtener hipotesis basadas en TODOS los datos posibles, no en algunos
(seleccionados de acuerdo al gusto y ganas de cada uno). Aca tenemos
una buena demostracion de que las revistas de alto impacto a veces no
son tan rigidas en sus evaluaciones!
Supongo que en el MACN estuvieron discutiendo algo sobre esto (ILD,
incongruencia y cosas relacionadas), comenten algo por favor.
Saludos
Camilo
--- En clado@..., clado@... escribió:
>
>
> Hola:
>
> Este mensaje es una notificación de que ha sido cargado un archivo
> nuevo en el área de archivos del grupo clado.
>
> Archivo : /2005EvidTotal.pdf
> Cargado por : protocyon <protocyon@y...>
> Descripción : Lecointre, G. and P. Deleporte. 2005 Total evidence
requires exclusión of phylogenetically misleading data. Zoologica
Scripta 34(1): 101-117.
>
> Podés acceder a este archivo en la siguiente dirección web
>
> http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/2005EvidTotal.pdf
>
> Para saber más sobre cómo compartir archivos en tu grupo, por favor
> visitá
>
> http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files
>
> Gracias,
>
> protocyon <protocyon@y...>
Hola:
Este mensaje es una notificación de que ha sido cargado un archivo
nuevo en el área de archivos del grupo clado.
Archivo : /2005EvidTotal.pdf
Cargado por : protocyon <protocyon@...>
Descripción : Lecointre, G. and P. Deleporte. 2005 Total evidence requires
exclusión of phylogenetically misleading data. Zoologica Scripta 34(1): 101-117.
Podés acceder a este archivo en la siguiente dirección web
http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/2005EvidTotal.pdf
Para saber más sobre cómo compartir archivos en tu grupo, por favor
visitá
http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files
Gracias,
protocyon <protocyon@...>
Pancho, la lista no permite attachments, lsot enés que subir a Archivos >
Bibliografía. Usamos un nombre de archivo que al menos comience como una
cita, y una descripción que tenga la cita complata.
martin
At 01:41 PM 4/27/2005, you wrote:
>Hola, aca les envio este pdf que baje hace poco,
>auqnue es probable que ya lo tengan....pero por las
>dudas ahi va....
>
>Pancho
>
>Francisco Juan Prevosti
>Departamento Científico
>Paleontología Vetebrados,
>Museo de La Plata,
>Paseo del Bosque S/Nº,
>1900 La Plata,
>Buenos Aires - Argentina
>
>__________________________________________________
>Do You Yahoo!?
>Tired of spam? Yahoo! Mail has the best spam protection around
>http://mail.yahoo.com
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Hola, aca les envio este pdf que baje hace poco,
auqnue es probable que ya lo tengan....pero por las
dudas ahi va....
Pancho
Francisco Juan Prevosti
Departamento Científico
Paleontología Vetebrados,
Museo de La Plata,
Paseo del Bosque S/Nº,
1900 La Plata,
Buenos Aires - Argentina
__________________________________________________
Do You Yahoo!?
Tired of spam? Yahoo! Mail has the best spam protection around
http://mail.yahoo.com
Hola gente,
Les mando información de un curso de posgrado que se va a dictar en el Museo de
La Plata.
El profesional que lo dicta es brasilero, y lo va a dar el "portuñol". En la
página de la Facultad está el programa.
Perdón si ya recibieron esta información.
Saludos, Daiana
--------------------------------------------------------------------------------
9 al 13 de mayo de 2005. Curso de Postgrado. Morfometría geométrica: teoría,
métodos y aplicaciones en sistemática y evolución. LUGAR: Aula del Dto. de
Postgrado, 2do. Piso, y Aula D9, FCNyM. HORARIO::9 a 17 hs. CARGA HORARIA: 30
horas. CIERRE DE INSCRIPCIÓN: 29 de abril de 2005. ARANCEL: $100 (Alumnos del
doctorado, graduados y docentes de la FCNyM: $50, material bibliográfico no
incluido en el arancel). Se puede pagar a distancia con giro postal a nombre
de: "Arnaldo Maciá – DNI 16.387.690" y enviar comprobante por fax o carta a la
dirección siguiente. INFORMES E INSCRIPCIÓN: Departamento de Postgrado. 60 y
122, 1900 La Plata, Prov. de Buenos Aires, Argentina. Tel: (54-221) 425-8252
int. 17 Fax: int 28
Correo electrónico: posgrado@...
Página de Internet: www.fcnym.unlp.edu.ar
Daiana Ferraro
Sección Herpetología
División Zoología Vertebrados
Museo de La Plata
Paseo del Bosque S/N° (B1900FWA)
La Plata, Buenos Aires, Argentina
----------------------------------------------------------------
This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.
Esto esta en el manual de tnt, no estoy segura de si es este el caso, pero tenes bloques en la matriz y capaz que tiene que ver con eso
Espero que sirva
tambien creo que te falta el ";" despues de todos los datos, antes del p/;
besos
Lara
Interleaved data
The data can also be read as interleaved.For this, each block of data must be preceded by either the & symbol or the ASCII character number 4 (the latter is what PAUP* uses). The taxa in each block must have exactly the same names (including capitals), but can be in a different order; the taxon numbers correspond to the first occurrence of a name.A taxon which is not included in a given block, will have only missing entries for the characters in that block; the same number of characters must be specified for all the taxa within a given block.Each row of characters must end with a carriage return.The end of the data is indicated with a semicolon; if some characters were never specified, they are left as missing entries (and a warning is issued).If some taxon names were never defined, a warning is issued.
When the data are being read as interleaved, different blocks can have different formats.For this, the format of the data (numeric, dna, proteins, continuous) must be specified between square brackets, immediately following the '&' that indicates a new block. To specify how to read a state in subsequent commands that refer to states (cost, change, or usminmax), use the '/' option of the nstates command.
Lara Lopardo Graduate Student Department of Biological Sciences The George Washington University 2023 G Street. NW Washington, D.C. 20052 Tel. Lab: (202) 994-0302 Tel. Secretary: (202) 994-6090 Fax: (202) 994-6100 E-Mail: laralo@... http://www.gwu.edu/~spiders/lara.htm Visit the Araneoid Spider Systematics web page at: http://www.gwu.edu/~spiders
Alguien me puede ayudar para abrir un file de secuencias en formato TNT? Bajé los alineamientos de de EMBL, y TNT lo lee, lo analiza (vaya a saber de qué modo), pero no lo puede exportar ("too many states..."), y al hacer Data > Show Matrix hace un error y se cierra.
“INTRODUCCIÓN A LA PANBIOGEOGRAFÍA Y LA BIOGEOGRAFÍA
CLADÍSTICA”
a cargo de
Juan José MORRONE
Universidad
Autónoma de México-UNAM
Fecha: 16, 17, 19 y 20 de septiembre de 2005
Lugar: San Miguel de Tucumán, Universidad Nacional de
Tucumán.
Organiza: Maestría en Entomología. Instituto Superior de
Entomología “Dr. Abraham Willink” (INSUE), Universidad Nacional de
Tucumán. Miguel Lillo 205 (4000) San Miguel de Tucumán. Tel/Fax
54-381-4232965
Coordinadora:
Lucia Claps (INSUE-UNT)
Cupo: 100
alumnos
Carga
horaria: 40Hs.
Destinado a biólogos y carreras afines
Arancel: $100 el pago puede hacerse:
personalmente en Tesorería de la Facultad de Ciencias Naturales e
Instituto Miguel Lillo de 8 a 12 hs. Domicilio: Miguel Lillo 205, San
Miguel de Tucumán.
mediante envío por Western Union a nombre de Lucia Elena
Claps, DNI. 14.387.830 e informar por e-mail
(leonorguardia@...)
número de control de transferencia, nombre completo del remitente,
domicilio y monto enviado
LOS INTERESADOS ENVIAR CARTA INTENCION Y CV RESUMIDO (DOS PAGINAS)
ENTRE EL 25 DE ABRIL AL 15 DE AGOSTO DE 2005 A
leonorguardia@...
INDICANDO EN ASUNTO: curso Morrone
Objetivos del Curso: Discutir el desarrollo reciente de la
biogeografía. Los temas principales serán los siguientes:
Desarrollo histórico de la
biogeografía.
Principales corrientes de pensamiento dentro de la biogeografía
histórica.
Términos y conceptos básicos de la panbiogeografía y la biogeografía
cladística.
Métodos más usuales.
Aplicaciones a la regionalización biogeográfica de América Latina.
Temario
1. INTRODUCCIÓN
Definición de la biogeografía y su situación dentro de la biología comparada y la biología evolutiva. Biogeografía histórica y ecológica. Escalas ecológica y genealógica. Patrones y procesos. Vicarianza y dispersión. Homología biogeográfica primaria y secundaria. Paralogía geográfica. Regionalización biogeográfica. Zonas de transición. Panorama de la biogeografía actual: dispersalismo y sus variantes, panbiogeografía y biogeografía cladística.
2. PANBIOGEOGRAFÍA
Croizat y la síntesis espacio-tiempo-forma. Recepción y evolución de las ideas de Croizat. Bases conceptuales. Trazo individuales y su orientación (líneas de base, centros de masa y orientación filogenética). Trazos generalizados. Nodos. Métodos: el método de Croizat, matrices de conectividad e incidencia, compatibilidad de trazos y análisis de parsimonia de endemismos. Ejemplos de aplicación. El debate entre panbiogeógrafos y biogeógrafos cladistas. Panbiogeografía y conservación.
3. BIOGEOGRAFÍA CLADÍSTICA
Nelson, Platnick y Rosen y la síntesis entre panbiogeografía y sistemática filogenética. Bases conceptuales. Cladogramas taxonómicos de áreas. Cladogramas resueltos de áreas: taxones distribuidos ampliamente, distribuciones redundantes y áreas ausentes. Supuestos 0, 1 y 2. Combinación de supuestos. Cladogramas generales de áreas. Métodos: cladogramas de áreas reducidos, análisis de componentes, análisis de parsimonia de Brooks, análisis de árboles reconciliados, análisis de subárboles libres de paralogía y otros. Comparación y combinación de métodos. Clasificación de los métodos biogeográficos cladísticos. Ejemplos de aplicación.
4. APLICACIONES A LA REGIONALIZACIÓN BIOGEOGRÁFICA DE AMÉRICA LATINA
Región Neártica. Zona de transición Mexicana. Región Neotropical: subregiones Caribeña, Amazónica, Chaqueña y Paranaense. Zona de transición Sudamericana. Región Andina: subregiones Chilena Central, Subantártica y Patagónica.
Hola,
Los Bremer van a ser la diferencia de fit (o de distorsión, no me acuerdo,
creo que es lo mismo) entre el óptimo y el subóptimo donde el grupo desaparece.
del tnt.htm:
Implied Weighting (back to index)
TNT implements the implied weighting method of Goloboff (1993), using
floating-point (=exact) fit calculations. The fit for characters is (by
default) calculated as f = k / ( e + k ) (where e = extra steps, and k =
constant of concavity, changed with piwe=k). During the searches, the
program reports the score as an increasing function of the homoplasy (or
"distortion" to be minimized), which is 1 – f = e / ( e + k ). If you
prefer the score reported as fit, it can be calculated once the search is
finished.
At 11:45 AM 4/20/2005, you wrote:
>Hola,
>
>Tengo algunas inquietudes básicas y pensé que tal vez alguno de ustedes
>podría orientarme:
>
>Al correr una matriz con pesos implicados, obtengo como "best score"
>19.14722 sin embargo cuando pido el largo del árbol obtengo un valor de 237.
>¿Cómo se interpretan ámbos valores?
>
>Además: ¿Alguien sabe como interpretar los valores de Bremer absoluto luego
>de buscar los subóptimos bajo pesos implicados?
>
>Si alguien tiene algún paper para enviar con este último tema me vendría de
>maravillas.
>
>Muchas gracias, un saludo
>
>Javier.
>********************************
>Lic. Javier N. Gelfo
>Depto. Científico Paleontología Vertebrados
>Museo de La Plata
>Paseo del Bosque s/n B1900FWA La Plata
>Buenos Aires- Argentina.
>Tel. 54 221 425-9161/6744 int. 129
>Fax. 54 221 425-7527
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Hola,
Tengo algunas inquietudes básicas y pensé que tal vez alguno de ustedes
podría orientarme:
Al correr una matriz con pesos implicados, obtengo como "best score"
19.14722 sin embargo cuando pido el largo del árbol obtengo un valor de 237.
¿Cómo se interpretan ámbos valores?
Además: ¿Alguien sabe como interpretar los valores de Bremer absoluto luego
de buscar los subóptimos bajo pesos implicados?
Si alguien tiene algún paper para enviar con este último tema me vendría de
maravillas.
Muchas gracias, un saludo
Javier.
********************************
Lic. Javier N. Gelfo
Depto. Científico Paleontología Vertebrados
Museo de La Plata
Paseo del Bosque s/n B1900FWA La Plata
Buenos Aires- Argentina.
Tel. 54 221 425-9161/6744 int. 129
Fax. 54 221 425-7527
ok. gracias por la explicacion!!!
PAncho
--- Martin Ramirez <ramirez@...> wrote:
> Hola Pancho,
>
> (usemos subjects que nos permitan seguir las líneas
> de discusión ordenadas)
>
> Creo que la 'informatividad' tiene que estar
> asociada a grupos o regiones
> específicas del árbol. Cualquier carácter no
> informativo puede hacerse muy
> informativo si se incluyen un montón de especies
> cercanas, o individuos de
> una misma especie.
>
> El problema es cuando los caracteres que son
> relevantes para un sector del
> árbol solamente tienen influencia en los índices de
> otro sector del árbol.
>
> El caso del ILD es peor aun, porque según qué
> agregues, podés hacer subir o
> bajar la congruencia de maneras medio ridículas.
>
> Creo que el test tiene artefactos gruesos, los
> trabajos publicados muestran
> eso claramente.
>
> Martín
>
>
>
>
> At 11:27 AM 4/15/2005, you wrote:
>
>
> >Hola
> >
> >Sobre el caso que plantea Martín en el cual
> agregando
> >caracteres informativos pasa lo mismo que agregando
> no
> >informativos. Si la cuestion no esta dada por
> >la”informatividad” de los caracteres, podría ser un
> >artefacto generado durante el remuestreo con el
> cual
> >se construye el test estadístico? causado por la
> >diferencia de tamaños entre las matrices y la
> >frecuencia en que aparecen los caracteres inf.
> >agregados a estas?. Seria lo mismo que pasa con los
> no
> >informativos, al generar las matrices al azar estos
> >caracteres agregados tenderían a homogeneizar las
> >matrices con lo cual los ILD van a tender a ser mas
> >bajos que el original y el P. significativo??
> >
> >Con especto a la relatividad de la “informatividad”
> de
> >los caracteres. No me queda claro como seria la
> >gradación de la “informatividad” de los car.
> >informat.. Estaría relacionada con la
> >exclusividad/inclusividad de los grupos que une
> cada
> >carácter?.
> >
> >
> >Que opinan del paper de Dolphin et al., acerca de
> la
> >influencia del ruido (y su repartición en las
> matrices
> >a comparar) en la significancia del ILD. En este
> >trabajo hacen referencia explicita al Test de Mann
> >Whitney (seria el equivalente) y según estos tipos
> >este debería testear la diferencia entre las media
> >(señal filogenetica) de dos muestras y no estar
> >influido por la diferencia de las varianzas
> (ruido).
> >Ahora, este test estadístico es No Paramétrico,
> ¿no???
> >
> >
> >Pancho
> >--- Martin Ramirez <ramirez@...> wrote:
> > > Otro de los temas que discutimos tiene relación
> con
> > > el trabajo de Lone
> > > (posteado como Aagesen et al 2005.pdf).
> > >
> > > Parece que Dowton & Austin (2001) hacen
> simulaciones
> > > de distintos
> > > fragmentos, y luego se fijan qué esquemas de
> costos
> > > tv/tr minimizan la
> > > incongruencia según el el ILD (escalado, WILD).
> Los
> > > costos que obtienen no
> > > tienen nada que ver con los costos con los
> cuales
> > > las simulaciones feron
> > > hechas.
> > >
> > > Esto suena a que el método no funcionaría para
> > > simulaciones--ni hablar de
> > > datos reales. Lone presenta algunas
> correcciones
> > > del ILD, me pregunto si
> > > en ese caso darían resultados más o menos
> > > coherentes?
> > >
> > > Martín
> > >
> > > ------
> > > Aagesen, L., G. Petersen & O. Seberg. 2005.
> > > Sequence length variation,
> > > indel costs, and congruence in sensitivity
> analysis.
> > > Cladistics 21: 15-30.
> > >
> > >
> > >
> > > Martín J. Ramírez
> > > División Aracnología
> > > Museo Argentino de Ciencias Naturales
> > > Av. Angel Gallardo 470
> > > C1405DJR Buenos Aires
> > > Argentina
> > > tel +54 11 4982-8370 int. 168
> > > fax +54 11 4982-4494
> > >
> > >
> >
> >Francisco Juan Prevosti
> >Departamento Científico
> >Paleontología Vetebrados,
> >Museo de La Plata,
> >Paseo del Bosque S/Nº,
> >1900 La Plata,
> >Buenos Aires - Argentina
> >
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> >
> >
> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
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> Martín J. Ramírez
> División Aracnología
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> C1405DJR Buenos Aires
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Francisco Juan Prevosti
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Hola Pancho,
(usemos subjects que nos permitan seguir las líneas de discusión ordenadas)
Creo que la 'informatividad' tiene que estar asociada a grupos o regiones
específicas del árbol. Cualquier carácter no informativo puede hacerse muy
informativo si se incluyen un montón de especies cercanas, o individuos de
una misma especie.
El problema es cuando los caracteres que son relevantes para un sector del
árbol solamente tienen influencia en los índices de otro sector del árbol.
El caso del ILD es peor aun, porque según qué agregues, podés hacer subir o
bajar la congruencia de maneras medio ridículas.
Creo que el test tiene artefactos gruesos, los trabajos publicados muestran
eso claramente.
Martín
At 11:27 AM 4/15/2005, you wrote:
>Hola
>
>Sobre el caso que plantea Martín en el cual agregando
>caracteres informativos pasa lo mismo que agregando no
>informativos. Si la cuestion no esta dada por
>la”informatividad” de los caracteres, podría ser un
>artefacto generado durante el remuestreo con el cual
>se construye el test estadístico? causado por la
>diferencia de tamaños entre las matrices y la
>frecuencia en que aparecen los caracteres inf.
>agregados a estas?. Seria lo mismo que pasa con los no
>informativos, al generar las matrices al azar estos
>caracteres agregados tenderían a homogeneizar las
>matrices con lo cual los ILD van a tender a ser mas
>bajos que el original y el P. significativo??
>
>Con especto a la relatividad de la “informatividad” de
>los caracteres. No me queda claro como seria la
>gradación de la “informatividad” de los car.
>informat.. Estaría relacionada con la
>exclusividad/inclusividad de los grupos que une cada
>carácter?.
>
>
>Que opinan del paper de Dolphin et al., acerca de la
>influencia del ruido (y su repartición en las matrices
>a comparar) en la significancia del ILD. En este
>trabajo hacen referencia explicita al Test de Mann
>Whitney (seria el equivalente) y según estos tipos
>este debería testear la diferencia entre las media
>(señal filogenetica) de dos muestras y no estar
>influido por la diferencia de las varianzas (ruido).
>Ahora, este test estadístico es No Paramétrico, ¿no???
>
>
>Pancho
>--- Martin Ramirez <ramirez@...> wrote:
> > Otro de los temas que discutimos tiene relación con
> > el trabajo de Lone
> > (posteado como Aagesen et al 2005.pdf).
> >
> > Parece que Dowton & Austin (2001) hacen simulaciones
> > de distintos
> > fragmentos, y luego se fijan qué esquemas de costos
> > tv/tr minimizan la
> > incongruencia según el el ILD (escalado, WILD). Los
> > costos que obtienen no
> > tienen nada que ver con los costos con los cuales
> > las simulaciones feron
> > hechas.
> >
> > Esto suena a que el método no funcionaría para
> > simulaciones--ni hablar de
> > datos reales. Lone presenta algunas correcciones
> > del ILD, me pregunto si
> > en ese caso darían resultados más o menos
> > coherentes?
> >
> > Martín
> >
> > ------
> > Aagesen, L., G. Petersen & O. Seberg. 2005.
> > Sequence length variation,
> > indel costs, and congruence in sensitivity analysis.
> > Cladistics 21: 15-30.
> >
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> > Martín J. Ramírez
> > División Aracnología
> > Museo Argentino de Ciencias Naturales
> > Av. Angel Gallardo 470
> > C1405DJR Buenos Aires
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> > tel +54 11 4982-8370 int. 168
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Martín J. Ramírez
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tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Bueno, ya me veo obligada a responder:
Las medidas de congruencia fueron desarrolladas dentro de un contexto de
'equal weighting' - no?, y párese que traen problemas en el momento que uno
las aplica bajo pesos diferenciales.
Eso es lo que pasa en el trabajo de Yoder y en el trabajo de Dowton & Austin
etc. Hay un tipo - Hipp, que tenia todo eso claro pero su paper demoro un
par de años en aparecer en Syst Bio "Hip et al. 2004, Congruence Versus
Phylogenetic Accuracy: Revisiting the Incongruence Length Difference Test,
Syst Bio. 53 :81-89.
Cuando estuvimos mirando correcciones para las medidas de congruencia (con
Martín), siempre avía circunstancias donde las índices sufrían distorsión.
Lo que pasaba era que el ILD y el MRI (que nunca fue publicado - una especie
de RI pero sobre fragmentos de sequencias en cambio sobre caracteres)
sufrían distorsión bajo distintos circunstancias, y por eso, en el contexto
del paper que dice Martín, funciono usar los dos - junto con un índex de
congruencia basado en topología (que también tiene lo suyo). Como 3 malos
dar un resultado aceptable - aunque eso no es un camino muy atractivo.
Pero en ese paper (Sequence length variation, indel costs, and congruence in
sensitivity analysis) el contexto era sensitivity analysis bajo Direct
Optimization. WW y Co. han usado las medidas de congruencia en una manera
muy especifico - para elegir costos óptimos. Fue dentro ese contexto que
quise explorar un poco como funcionan las medidas que ellos usan.
[Ahora (y ahora voy por un tangente), en perspectiva creo que adhiero a la
positón de Jan De Laet (De Laet J., 2005. Parsimony and the problem of
inapplicables in sequence data. In: Albert, V.A. (Ed.), Parsimony,
Phylogeny, and Genomics. Oxford University Press, Oxford, pp. 81-116.) Jan
calculo un set de costos que seria optimo bajo el concepto de pesos iguales,
donde se dar el mismo costo a todo los eventos evolutivos, base change y
indels de CUAL QUIER longitud. Eso me párese bien, y después explorar branch
support o sensibilidad a este set de costo bajo un tipo de jackknife. Pero
bueno, no entiendo un soto de los cálculos de Jan y el set de costo que él
elijo al final [gap opening 3, extension 1 y base change 2], es solamente
una aproximación a un set de costo que él manejaba cuando trabajaba en amnh,
pero que no se puede aplicar en Poy por los short cuts - hay que cambiar
todo el programa. Una pena porque este set de costos daba resultados
increíbles - medido con congruencia topología.]
Entonces volviendo, si esos "correcciones del ILD... darían resultados más o
menos coherentes?" - si en el caso que lo usas todo juntos, las miras con
una medida de congruencia de topología y que conoces bien bien tu data set y
las sequencias como para entender que estaba pasando.
Pero - lo que quieran Yoder, Cunningham y co es una medida que mide no
congruencia pero "phylogenetic accuracy" - eso es absurdo. Lo único que
talvez podemos medir es - con que parameters del análisis extraemos el árbol
optimo bajo nuestra criterios de optimalidad. Pero no se si el ILD fue
propuesto para hacer eso.
Bueno, dejo acá antes que confundo a mi mismo, disculpan errores gramaticas,
ortograficas etc
Lone
_______________________________________
Lone Aagesen
Instituto de Botanica Darwinion
CC 22
1642 San Isidro
Argentina
phone: 54 11 4743 4800 int 119
fax : 54 11 4747 4748
----- Original Message -----
From: Martin Ramirez <ramirez@...>
To: <clado@...>
Sent: Friday, April 15, 2005 11:15 AM
Subject: [clado] ILD como criterio de meta-optimalidad
Otro de los temas que discutimos tiene relación con el trabajo de Lone
(posteado como Aagesen et al 2005.pdf).
Parece que Dowton & Austin (2001) hacen simulaciones de distintos
fragmentos, y luego se fijan qué esquemas de costos tv/tr minimizan la
incongruencia según el el ILD (escalado, WILD). Los costos que obtienen no
tienen nada que ver con los costos con los cuales las simulaciones feron
hechas.
Esto suena a que el método no funcionaría para simulaciones--ni hablar de
datos reales. Lone presenta algunas correcciones del ILD, me pregunto si
en ese caso darían resultados más o menos coherentes?
Martín
------
Aagesen, L., G. Petersen & O. Seberg. 2005. Sequence length variation,
indel costs, and congruence in sensitivity analysis. Cladistics 21: 15-30.
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
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Enlaces de Yahoo! Grupos
(de Lone, a su servidor no le gusta el yahoo)
Bueno, ya me veo obligada a responder:
Las medidas de congruencia fueron desarrolladas dentro de un contexto de
'equal weighting' - no?, y párese que traen problemas en el momento que uno
las aplica bajo pesos diferenciales.
Eso es lo que pasa en el trabajo de Yoder y en el trabajo de Dowton & Austin
etc. Hay un tipo - Hipp, que tenia todo eso claro pero su paper demoro un
par de años en aparecer en Syst Bio "Hip et al. 2004, Congruence Versus
Phylogenetic Accuracy: Revisiting the Incongruence Length Difference Test,
Syst Bio. 53 :81-89.
Cuando estuvimos mirando correcciones para las medidas de congruencia (con
Martín), siempre había circunstancias donde las índices sufrían distorsión.
Lo que pasaba era que el ILD y el MRI (que nunca fue publicado - una especie
de RI pero sobre fragmentos de sequencias en cambio sobre caracteres)
sufrían distorsión bajo distintos circunstancias, y por eso, en el contexto
del paper que dice Martín, funciono usar los dos - junto con un índex de
congruencia basado en topología (que también tiene lo suyo). Como 3 malos
dar un resultado aceptable - aunque eso no es un camino muy atractivo.
Pero en ese paper (Sequence length variation, indel costs, and congruence in
sensitivity analysis) el contexto era sensitivity analysis bajo Direct
Optimization. WW y Co. han usado las medidas de congruencia en una manera
muy especifico - para elegir costos óptimos. Fue dentro ese contexto que
quise explorar un poco como funcionan las medidas que ellos usan.
[Ahora (y ahora voy por un tangente), en perspectiva creo que adhiero a la
positón de Jan De Laet (De Laet J., 2005. Parsimony and the problem of
inapplicables in sequence data. In: Albert, V.A. (Ed.), Parsimony,
Phylogeny, and Genomics. Oxford University Press, Oxford, pp. 81-116.) Jan
calculo un set de costos que seria optimo bajo el concepto de pesos iguales,
donde se dar el mismo costo a todo los eventos evolutivos, base change y
indels de CUALQUIER longitud. Eso me parece bien, y después explorar branch
support o sensibilidad a este set de costo bajo un tipo de jackknife. Pero
bueno, no entiendo un soto de los cálculos de Jan y el set de costo que él
elijió al final [gap opening 3, extension 1 y base change 2], es solamente
una aproximación a un set de costo que él manejaba cuando trabajaba en amnh,
pero que no se puede aplicar en Poy por los short cuts - hay que cambiar
todo el programa. Una pena porque este set de costos daba resultados
increíbles - medido con congruencia topología.]
Entonces volviendo, si esos "correcciones del ILD... darían resultados más o
menos coherentes?" - si en el caso que lo usas todo juntos, las miras con
una medida de congruencia de topología y que conoces bien bien tu data set y
las sequencias como para entender que estaba pasando.
Pero - lo que quieran Yoder, Cunningham y co es una medida que mide no
congruencia pero "phylogenetic accuracy" - eso es absurdo. Lo único que
talvez podemos medir es - con que parameters del análisis extraemos el árbol
optimo bajo nuestra criterios de optimalidad. Pero no se si el ILD fue
propuesto para hacer eso.
Bueno, dejo acá antes que confundo a mi mismo, disculpan errores gramaticas,
ortograficas etc
Lone
_______________________________________
Lone Aagesen
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CC 22
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Argentina
phone: 54 11 4743 4800 int 119
fax : 54 11 4747 4748
--- Martin Ramirez <ramirez@...> wrote:
> > Otro de los temas que discutimos tiene relación con
> > el trabajo de Lone
> > (posteado como Aagesen et al 2005.pdf).
> >
> > Parece que Dowton & Austin (2001) hacen simulaciones
> > de distintos
> > fragmentos, y luego se fijan qué esquemas de costos
> > tv/tr minimizan la
> > incongruencia según el el ILD (escalado, WILD). Los
> > costos que obtienen no
> > tienen nada que ver con los costos con los cuales
> > las simulaciones feron
> > hechas.
> >
> > Esto suena a que el método no funcionaría para
> > simulaciones--ni hablar de
> > datos reales. Lone presenta algunas correcciones
> > del ILD, me pregunto si
> > en ese caso darían resultados más o menos
> > coherentes?
> >
> > Martín
> >
> > ------
> > Aagesen, L., G. Petersen & O. Seberg. 2005.
> > Sequence length variation,
> > indel costs, and congruence in sensitivity analysis.
> > Cladistics 21: 15-30.
> >
> >
> >
> > Martín J. Ramírez
> > División Aracnología
> > Museo Argentino de Ciencias Naturales
> > Av. Angel Gallardo 470
> > C1405DJR Buenos Aires
> > Argentina
> > tel +54 11 4982-8370 int. 168
> > fax +54 11 4982-4494
> >
> >
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>Francisco Juan Prevosti
>Departamento Científico
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Hola
Sobre el caso que plantea Martín en el cual agregando
caracteres informativos pasa lo mismo que agregando no
informativos. Si la cuestion no esta dada por
la”informatividad” de los caracteres, podría ser un
artefacto generado durante el remuestreo con el cual
se construye el test estadístico? causado por la
diferencia de tamaños entre las matrices y la
frecuencia en que aparecen los caracteres inf.
agregados a estas?. Seria lo mismo que pasa con los no
informativos, al generar las matrices al azar estos
caracteres agregados tenderían a homogeneizar las
matrices con lo cual los ILD van a tender a ser mas
bajos que el original y el P. significativo??
Con especto a la relatividad de la “informatividad” de
los caracteres. No me queda claro como seria la
gradación de la “informatividad” de los car.
informat.. Estaría relacionada con la
exclusividad/inclusividad de los grupos que une cada
carácter?.
Que opinan del paper de Dolphin et al., acerca de la
influencia del ruido (y su repartición en las matrices
a comparar) en la significancia del ILD. En este
trabajo hacen referencia explicita al Test de Mann
Whitney (seria el equivalente) y según estos tipos
este debería testear la diferencia entre las media
(señal filogenetica) de dos muestras y no estar
influido por la diferencia de las varianzas (ruido).
Ahora, este test estadístico es No Paramétrico, ¿no???
Pancho
--- Martin Ramirez <ramirez@...> wrote:
> Otro de los temas que discutimos tiene relación con
> el trabajo de Lone
> (posteado como Aagesen et al 2005.pdf).
>
> Parece que Dowton & Austin (2001) hacen simulaciones
> de distintos
> fragmentos, y luego se fijan qué esquemas de costos
> tv/tr minimizan la
> incongruencia según el el ILD (escalado, WILD). Los
> costos que obtienen no
> tienen nada que ver con los costos con los cuales
> las simulaciones feron
> hechas.
>
> Esto suena a que el método no funcionaría para
> simulaciones--ni hablar de
> datos reales. Lone presenta algunas correcciones
> del ILD, me pregunto si
> en ese caso darían resultados más o menos
> coherentes?
>
> Martín
>
> ------
> Aagesen, L., G. Petersen & O. Seberg. 2005.
> Sequence length variation,
> indel costs, and congruence in sensitivity analysis.
> Cladistics 21: 15-30.
>
>
>
> Martín J. Ramírez
> División Aracnología
> Museo Argentino de Ciencias Naturales
> Av. Angel Gallardo 470
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Otro de los temas que discutimos tiene relación con el trabajo de Lone
(posteado como Aagesen et al 2005.pdf).
Parece que Dowton & Austin (2001) hacen simulaciones de distintos
fragmentos, y luego se fijan qué esquemas de costos tv/tr minimizan la
incongruencia según el el ILD (escalado, WILD). Los costos que obtienen no
tienen nada que ver con los costos con los cuales las simulaciones feron
hechas.
Esto suena a que el método no funcionaría para simulaciones--ni hablar de
datos reales. Lone presenta algunas correcciones del ILD, me pregunto si
en ese caso darían resultados más o menos coherentes?
Martín
------
Aagesen, L., G. Petersen & O. Seberg. 2005. Sequence length variation,
indel costs, and congruence in sensitivity analysis. Cladistics 21: 15-30.
Martín J. Ramírez
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En el trabajo de Lee 2001 aparecen los no informativos como causantes de
variaciones espúreas en los niveles de significación. Fíjense que
este efecto aparece igual cuando los caracteres son informativos.
Simplemente duplicando un terminal, por ejemplo así:
X 0000000000
0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000
A 1111111000 1110000000 0000000000 0000000000
0000000000 0000000000
B 1111111111 1111111111 0000000000 0000000000
0000000000 0000000000
C 0000000111 0001111111 1111111111 1111111111
1111111111 1111111111
D 0000000111 0001111111 1111111111 1111111111
1111111111 1111111111
----A-----
-----B-------------------------------------------------
produce el mismo problema, que ya no se puede curar eliminando
caracteres no informativos ("informatividad" es un término un
poco relativo, no?).
Algunas líneas principales que discutimos fueron:
a. La medida ILD mide incongruencia?
b. El test de ILD detecta incongruencia?
c. Se debe aplicar una medida de congruencia para decidir si combinar o
no datos?
d. Para qué podríamos usar una medida de incongruencia?
Saludos, Martín
Martín J. Ramírez
División Aracnología
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----- Original Message -----
From: "Roderic Page"
To: "Marcos Lhano"
Sent: Tuesday, April 12, 2005 1:25 PM
Subject: Job - Taxonomically Intelligent Phylogenetic Database
A postdoc position is available for up to three years in Rod Page's lab
to develop a taxonomically intelligent phylogenetic database.The
project aims to explore methods of making phylogenetic databases such
as TreeBASE "taxonomically intelligent" by linking them to information
on taxonomic names, synonyms, and classifications. The immediate goal
of this proposal is not the creation of a new database, but rather to
tackle the key intellectual obstacles that stand in the way of creating
a usable phylogenetic database.
Details of the project are online at
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/Jobs/BBSRC2005/ . The post is for up
to three years, with salary in the range £19,460 - £21,640 per annum.
Regards
Rod
Professor Roderic D. M. Page
Editor, Systematic Biology
DEEB, IBLS
Graham Kerr Building
University of Glasgow
Glasgow G12 8QP
United Kingdom
Phone: +44 141 330 4778
Fax: +44 141 330 2792
email: r.page@...
web: http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html
reprints: http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html
Subscribe to Systematic Biology through the Society of Systematic
Biologists Website: http://systematicbiology.org
Hola,
Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1994. Testing
significance of incongruence. Cladistics 10: 315319.
No pude subirlo al clado, pero está en:
http://aracnologia.macn.gov.ar/clado/Farris%20et%20al%201995b.pdf
Saludos, Martín
Martín J. Ramírez
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Gracias Camilo por sugerir este trabajo:
Dowton, M. & A.D. Austin. 2002. Increased congruence does not necessarily
indicate increased phylogenetic accuracythe behavior of the incongruence
length difference test in mixed-model analyses. Syst. Biol. 51:1931.
Está subido en http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/
Martín
>Hola otra vez,
>
>Estamos retomando los seminarios en el MACN, esta vez intentaremos seguir
>la discusión en este foro, mandando un resumen luego del seminario. Así
>que si quieren ir leyendo y mandando mails al grupo, bienvenidos.
>
>El tema de este encuentro es el ILD test. Este test se utiliza mucho para
>determinar si dos matrices de datos son "combinables". Un argumento usual
>para este procedimiento es que distintos genes pueden tener distinta
>historia. Una crítica desde el lado empírico es que 1ras y 3ras posiciones
>(del mismo gen), pueden resultar incongruentes para este test.
>
>Los trabajos recomendados se centran en detalles metodológicos. Están
>posteados en el foro (http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/):
>
>Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1994. Testing
>significance of incongruence. Cladistics 10: 315319.
>Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1995. Cosntructing
>a significance test for incongruence. Syst. Biol. 44: 570-572.
>(Este está posteado. Farris y Kluge han sido muy enfáticos luego en
>rechazar el uso del test para decidir si combinar o no. No me quedó claro
>cuál sería el uso recomendado del test.)
>
>Dolphin, K., R. Belshaw, C. D. L. Orme & D. L. J. Quicke. 2000. Noise and
>incongruence: interpreting results of the incongruence length difference
>test. Mol. Phyl. Evol. 17: 401-406.
>(Comparan una matriz sin homoplasia con una copia de esa misma matriz en la
>que algunos caracteres son reemplazados por datos al azar. Cuantos más
>caracteres al azar, más incongruencia.)
>
>
>Lee, M. S. Y. 2001. Uninformative Characters and Apparent Conflict Between
>Molecules and Morphology. Mol. Biol. Evol. 18: 676-680.
>(Parte de dos datasets congruentes según el ILD; a uno de ellos le agrega
>muchos caracteres no informativos, con lo cual el ILD se hace
>significativo. Encuentra el mismo efecto en datasets reales.)
>
>Yoder , A.D., J.A. Irwin & B.A. Payseur. 2001. Failure of the ILD to
>determine data combinability for slow loris phylogeny. Syst. Biol.
>50:408424.
>(Evalúan al test según cómo se resuelve un grupo que consideran fuertemente
>corroborado por otros datos. Encuentran que la congruencia aumenta cuanto
>más le pifia a la filogenia que se toma como posta.)
>
>y como complemento:
>
>Zelwer, M. & V. Daubin. 2004. Detecting phylogenetic incongruence using
>BIONJ: an improvement of the ILD test. Mol. Phyl. Evol. 33: 687 -693.
>(Hacen simulaciones, y encuentran que un algoritmo con NJ anda mejor y más
>rápido que el ILD)
>
>Si alguien conoce algún trabajo donde se defienda al ILD de las críticas
>publicadas, lo podemos postear también.
>
>La fecha y hora tentativa para el seminario es el próximo martes, 12 de
>abril, a las 17hs en el MACN, Av. Angel Gallardo 470 (preguntar por Cecilia
>Kopuchian o a Martin Ramírez). Si pensás venir y el horario te viene mal:
>ramirez@... o ckopuchian@....
>
>Los esperamos!
>
>
>
>Martín J. Ramírez
>División Aracnología
>Museo Argentino de Ciencias Naturales
>Av. Angel Gallardo 470
>C1405DJR Buenos Aires
>Argentina
>tel +54 11 4982-8370 int. 168
>fax +54 11 4982-4494
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Hola otra vez,
Estamos retomando los seminarios en el MACN, esta vez intentaremos seguir
la discusión en este foro, mandando un resumen luego del seminario. Así
que si quieren ir leyendo y mandando mails al grupo, bienvenidos.
El tema de este encuentro es el ILD test. Este test se utiliza mucho para
determinar si dos matrices de datos son "combinables". Un argumento usual
para este procedimiento es que distintos genes pueden tener distinta
historia. Una crítica desde el lado empírico es que 1ras y 3ras posiciones
(del mismo gen), pueden resultar incongruentes para este test.
Los trabajos recomendados se centran en detalles metodológicos. Están
posteados en el foro (http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/):
Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1994. Testing
significance of incongruence. Cladistics 10: 315–319.
Farris, J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G., and Bult, C. 1995. Cosntructing
a significance test for incongruence. Syst. Biol. 44: 570-572.
(Este está posteado. Farris y Kluge han sido muy enfáticos luego en
rechazar el uso del test para decidir si combinar o no. No me quedó claro
cuál sería el uso recomendado del test.)
Dolphin, K., R. Belshaw, C. D. L. Orme & D. L. J. Quicke. 2000. Noise and
incongruence: interpreting results of the incongruence length difference
test. Mol. Phyl. Evol. 17: 401-406.
(Comparan una matriz sin homoplasia con una copia de esa misma matriz en la
que algunos caracteres son reemplazados por datos al azar. Cuantos más
caracteres al azar, más incongruencia.)
Lee, M. S. Y. 2001. Uninformative Characters and Apparent Conflict Between
Molecules and Morphology. Mol. Biol. Evol. 18: 676-680.
(Parte de dos datasets congruentes según el ILD; a uno de ellos le agrega
muchos caracteres no informativos, con lo cual el ILD se hace
significativo. Encuentra el mismo efecto en datasets reales.)
Yoder , A.D., J.A. Irwin & B.A. Payseur. 2001. Failure of the ILD to
determine data combinability for slow loris phylogeny. Syst. Biol. 50:408–424.
(Evalúan al test según cómo se resuelve un grupo que consideran fuertemente
corroborado por otros datos. Encuentran que la congruencia aumenta cuanto
más le pifia a la filogenia que se toma como posta.)
y como complemento:
Zelwer, M. & V. Daubin. 2004. Detecting phylogenetic incongruence using
BIONJ: an improvement of the ILD test. Mol. Phyl. Evol. 33: 687 -693.
(Hacen simulaciones, y encuentran que un algoritmo con NJ anda mejor y más
rápido que el ILD)
Si alguien conoce algún trabajo donde se defienda al ILD de las críticas
publicadas, lo podemos postear también.
La fecha y hora tentativa para el seminario es el próximo martes, 12 de
abril, a las 17hs en el MACN, Av. Angel Gallardo 470 (preguntar por Cecilia
Kopuchian o a Martin Ramírez). Si pensás venir y el horario te viene mal:
ramirez@... o ckopuchian@....
Los esperamos!
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
>Subject: Graduate position:YorkU.Toronto.evolgenomics >Date: Wed, 30 Mar 2005 14:02:21 -0500 > >I am seeking graduate students interested in evolutionary and >population genomics to join my lab in September 2005. Research in >the >lab is focused on the study of plant genome evolution and molecular >population genetics. We are particularly interested in understanding >the forces driving genome evolution, and in testing the role of >natural >selection at the genome level. Potential research projects include >1) >investigating the effects of polyploidy on the evolution of >transposable elements, 2) testing for the effects of gene expression >level on molecular evolution, and 3) distinguishing the effects of >demographic history and positive Darwinian selection on patterns of >genetic diversity. Research projects range from primarily lab-based >collection and analysis of DNA sequence diversity data, to >theoretical >modeling and computer-based analysis of genome sequences. >Further information about research in the lab can be found at >http://www.yorku.ca/stephenw and information on York University's >Biology graduate program can be found at >http://www.biol.yorku.ca/grad/ > >Interested students are asked to submit a CV, a copy of academic >transcripts and contact information for three references to >stephenw@... by April 15, 2005. > > > >------------------------------------------------------------------------ >Stephen I Wright, PhD >Assistant Professor >Department of Biology >York University >4700 Keele St. >Toronto, ON Canada >M3J 1P3 >Phone: (416) 736-2100 ext. 20213 >Fax: (416) 736-5698 >------------------------------------------------------------------------ >
Subject: Fwd: 2do Curso Ecologia y Conservacion de Aves en el Cono Sur
Nota: Se adjuntó el mensaje reenviado.
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2º CURSO
ECOLOGÍA Y CONSERVACIÓN DE AVES EN EL CONO SUR
Es un curso intensivo de campo de postgrado, sobre ecología y conservación de aves en tres regiones de gran valor ornitológico compartidas entre Argentina, Chile, Bolivia, Paraguay y Brasil. La meta del curso es mejorar la capacitación de jóvenes profesionales y estudiantes de ciencias biológicas para el estudio y conservación de las comunidades de aves.
Los objetivos específicos son (1) brindar entrenamiento en aspectos metodológicos y analíticos en ecología de comunidades de aves; (2) brindar conocimiento teórico sobre la ecología de aves del Neotrópico; (3) proveer una visión regional de las necesidades de conservación e ilustrar como tratar con ellas; (4) familiarizar a los participantes con la avifauna de importantes áreas para las aves; y (5) brindar una experiencia de aprendizaje intercultural, trabajando con ornitólogos y conservacionistas de distintos países.
El curso pone énfasis en la teoría y la práctica de la metodología de muestreo y del análisis de datos aprovechando la heterogeneidad de ambientes naturales de la región. Trabajaremos en tres importantes áreas de endemismos de aves (EBAs), pasando desde el altiplano puneño, por las selvas subtropicales de montaña hasta los humedales y bosques del chaco, cubriendo un rango altitudinal de 3000 metros donde habitan cerca de 600 especies de aves.
El dictado del curso estará a cargo del Dr. John Blake (University of Missouri - St.Louis), y contará con la participación de ornitólogos locales con amplia experiencia en los ambientes que visitaremos.
Fecha Cupo Inscripción Informes
11 al 24 de junio de 2005 14 estudiantes hasta el 30 de abril de 2005 contactar a Pedro Blendinger, coordinador del curso, liey@... o en www.birdecology.com.ar
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