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#422 De: Vitor Miranda <vmiranda@...>
Fecha: Mié, 25 de Oct, 2006 5:37 pm
Asunto: Re: Goloboff index
vmirandaus
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Ronaldo,
vc poderia enviar o paper para mim?
[]s
v.
--
Prof.Dr. Vítor Fernandes Oliveira de Miranda
Professor Assistente
Universidade de Mogi da Cruzes - UMC
Laboratório de Sistemática Vegetal
Herbarium Mogiense - HUMC (Sala 21.16 - Prédio II)
Av. Dr. Cândido Xavier de Almeida Souza, n.200
CEP 08780-911 - Moji das Cruzes - SP - Brasil
Tel.: +55 (11) 4798-7000 Ramal 7313
http://www.umc.br/~vmiranda/lsv
e-mail: vmiranda@...


MESTRE AZUL wrote:
Vitor,
esse índice foi publicado na Cladistics, mas o seu funcionamento é
que para mim ainda é um tanto obscuro, bem como sua utilidade. Se
alguém puder ajudar....
Abraços,
Ronaldo
Oi, Ronaldo,
Complementando - se me permite - a sua pergunta: onde foi publicado esse
índice?
Alguém teria o paper?
Abraços
Vítor.

--
Prof.Dr. Vítor Fernandes Oliveira de Miranda
Professor Assistente
Universidade de Mogi da Cruzes - UMC
Laboratório de Sistemática Vegetal
Herbarium Mogiense - HUMC (Sala 21.16 - Prédio II)
Av. Dr. Cândido Xavier de Almeida Souza, n.200
CEP 08780-911 - Moji das Cruzes - SP - Brasil
Tel.: +55 (11) 4798-7000 Ramal 7313
http://www.umc.br/~vmiranda/lsv
e-mail: vmiranda@...

MESTRE AZUL wrote:

Estimados amigos,
gostaria se possível que alguém falasse um pouco mais sobre a
utilidade do índice de Goloboff e como ele se comporta perante uma
análise de caracteres cujo número de homoplasias é grande.
Atenciosamente,
Ronaldo
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#421 De: MESTRE AZUL <mestreazul@...>
Fecha: Mié, 25 de Oct, 2006 6:09 pm
Asunto: Re[2]: Goloboff index
mestre_azul
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Vitor,

    esse índice foi publicado na Cladistics, mas o seu funcionamento é
    que para mim ainda é um tanto obscuro, bem como sua utilidade. Se
    alguém puder ajudar....

    Abraços,

    Ronaldo

> Oi, Ronaldo,
> Complementando - se me permite - a sua pergunta: onde foi publicado esse
> índice?
> Alguém teria o paper?
> Abraços
> Vítor.

> --
> Prof.Dr. Vítor Fernandes Oliveira de Miranda
> Professor Assistente
> Universidade de Mogi da Cruzes - UMC
> Laboratório de Sistemática Vegetal
> Herbarium Mogiense - HUMC (Sala 21.16 - Prédio II)
> Av. Dr. Cândido Xavier de Almeida Souza, n.200
> CEP 08780-911 - Moji das Cruzes - SP - Brasil
> Tel.: +55 (11) 4798-7000 Ramal 7313
> http://www.umc.br/~vmiranda/lsv
> e-mail: vmiranda@...



> MESTRE AZUL wrote:

>>Estimados amigos,
>>
>>   gostaria se possível que alguém falasse um pouco mais sobre a
>>   utilidade do índice de Goloboff e como ele se comporta perante uma
>>   análise de caracteres cujo número de homoplasias é grande.
>>
>>
>>   Atenciosamente,
>>
>>   Ronaldo
>>
>>
>>
>>
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>>Enlaces de Yahoo! Grupos
>>
>>
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>>


>
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--
S pozdravem,
  MESTRE
  mestreazul@...

#420 De: "Lara" <laralo@...>
Fecha: Mié, 25 de Oct, 2006 4:31 pm
Asunto: Fw: Field Museum position opening: Assistant Curator, Division of Insects
laralopardo
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Saludos
Lara

----- Original Message -----
From: "Margaret K. Thayer" <mthayer@...>
To: <entomo-l@...>; <taxacom@...>;
<peet-l@...>; <biogeography@...>
Sent: Wednesday, October 25, 2006 12:26 PM
Subject: [PEET-L] Field Museum position opening: Assistant Curator, Division
of Insects


> With apologies for cross-posting, I'm pleased to post this notice of
> the following opening within our Zoology Department.  Please direct
> inquiries to the (email) address in the ad.
> ===============================================================
> Curator/Division of Insects
> Field Museum of Natural History
>
> The Department of Zoology of the Field Museum seeks a scientist with
> research programs focused on arthropods to fill a career-track
> appointment at the Assistant Curator level. Candidates should have a
> Ph.D. and a proven record of scientific achievement in
> collections-based research.  Beyond taxonomic focus, we are searching
> broadly for excellence in evolutionary biology in such areas as
> phylogenetics, comparative morphology, molecular biology,
> development, biogeography, co-evolution, and conservation.
>
> In addition to research, responsibilities include curation of
> globally important collections in the Division of Insects,
> participation in public exhibit and education programs, and
> administration. Strong relationships with local universities provide
> opportunities for participation in graduate and undergraduate
> training and teaching. Applications should include:  (1) a Curriculum
> Vitae; (2) a statement of research and curatorial interests; (3)
> names and contact information of three referees; and (4) copies of up
> to 5 relevant publications. Review of applications will begin January
> 5, 2007. Send materials to:  Search Committee, Department of Zoology,
> Field Museum, 1400 South Lake Shore Drive, Chicago, IL  60605-2496, USA.
>
> Application materials as e-mail attachments preferred (receipt will
> be acknowledged).
> E-mail address:
> <mailto:zoologyarthropods@...>zoologyarthropods@....
>
> The Field Museum's homepage is
> <http://www.fieldmuseum.org/>http://www.fieldmuseum.org. The
> Departmental Website is
>
<http://www.fieldmuseum.org/research_collections/zoology/default.htm>http://www.\
fieldmuseum.org/research_collections/zoology/default.htm.
>
> The Field Museum is an Equal Opportunity Employer, and encourages
> applications from women and minorities.
>
>
>
> Margaret K. Thayer, Ph.D., mthayer@...
> Associate Curator, Zoology - Insects  FMNH personal web
> page:  http://tinyurl.com/4g4zz
> Field Museum of Natural History       FMNH:  http://www.fieldmuseum.org
> 1400 South Lake Shore Drive       Beetle Tree of Life project:
> Chicago IL 60605-2496, USA
> http://insects.oeb.harvard.edu/ATOL/index.htm
> PHONE: +1-312-665-7741 (direct-dial)
> FAX: +1-312-665-7754
> Austral Staphylinidae project, including Staphyliniformia databases:
> http://www.fieldmuseum.org/peet_staph/
>

#419 De: Tania Escalante Espinosa <tee@...>
Fecha: Mié, 25 de Oct, 2006 2:53 pm
Asunto: Re: Goloboff index
papalotl33
Sin conexión Sin conexión
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Aqui esta el articulo de 1993 (attachment).
Saludos!
Tania

Mensaje citado por Vitor Miranda <vmiranda@...>:

> Oi, Ronaldo,
> Complementando - se me permite - a sua pergunta: onde foi publicado esse
> índice?
> Alguém teria o paper?
> Abraços
> Vítor.
>
> --
> Prof.Dr. Vítor Fernandes Oliveira de Miranda
> Professor Assistente
> Universidade de Mogi da Cruzes - UMC
> Laboratório de Sistemática Vegetal
> Herbarium Mogiense - HUMC (Sala 21.16 - Prédio II)
> Av. Dr. Cândido Xavier de Almeida Souza, n.200
> CEP 08780-911 - Moji das Cruzes - SP - Brasil
> Tel.: +55 (11) 4798-7000 Ramal 7313
> http://www.umc.br/~vmiranda/lsv
> e-mail: vmiranda@...
>
>
>
> MESTRE AZUL wrote:
>
> >Estimados amigos,
> >
> >   gostaria se possível que alguém falasse um pouco mais sobre a
> >   utilidade do índice de Goloboff e como ele se comporta perante uma
> >   análise de caracteres cujo número de homoplasias é grande.
> >
> >
> >   Atenciosamente,
> >
> >   Ronaldo
> >
> >
> >
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> >
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> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
> >
> >
> >
> >
>
>
>
> Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>


--
Tania Escalante Espinosa
Departamento de Zoología
Instituto de Biología, UNAM

#418 De: Vitor Miranda <vmiranda@...>
Fecha: Mié, 25 de Oct, 2006 1:03 pm
Asunto: Re: Goloboff index
vmirandaus
Sin conexión Sin conexión
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Oi, Ronaldo,
Complementando - se me permite - a sua pergunta: onde foi publicado esse
índice?
Alguém teria o paper?
Abraços
Vítor.

--
Prof.Dr. Vítor Fernandes Oliveira de Miranda
Professor Assistente
Universidade de Mogi da Cruzes - UMC
Laboratório de Sistemática Vegetal
Herbarium Mogiense - HUMC (Sala 21.16 - Prédio II)
Av. Dr. Cândido Xavier de Almeida Souza, n.200
CEP 08780-911 - Moji das Cruzes - SP - Brasil
Tel.: +55 (11) 4798-7000 Ramal 7313
http://www.umc.br/~vmiranda/lsv
e-mail: vmiranda@...



MESTRE AZUL wrote:

>Estimados amigos,
>
>   gostaria se possível que alguém falasse um pouco mais sobre a
>   utilidade do índice de Goloboff e como ele se comporta perante uma
>   análise de caracteres cujo número de homoplasias é grande.
>
>
>   Atenciosamente,
>
>   Ronaldo
>
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
>

#417 De: MESTRE AZUL <mestreazul@...>
Fecha: Mié, 25 de Oct, 2006 1:53 pm
Asunto: Goloboff index
mestre_azul
Sin conexión Sin conexión
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Estimados amigos,

    gostaria se possível que alguém falasse um pouco mais sobre a
    utilidade do índice de Goloboff e como ele se comporta perante uma
    análise de caracteres cujo número de homoplasias é grande.


    Atenciosamente,

    Ronaldo

#415 De: clado@...
Fecha: Lun, 23 de Oct, 2006 2:01 pm
Asunto: Nuevo archivo cargado en clado
clado@...
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Hola:

Este mensaje es una notificación de que ha sido cargado un archivo
nuevo en el área de archivos del grupo clado.

   Archivo     : /scripts/TNT/STATSALL.RUN
   Cargado por : lopes_peterson <lopes_peterson@...>
   Descripción : Macro that shows all indices for all characters and all trees.
Allows specifying the concavity of fitness as an argument (not only integers!);
otherwise, the default (3) value is employed.

Podés acceder a este archivo en la siguiente dirección web

http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/scripts/TNT/STATSALL.RUN

Para saber más sobre cómo compartir archivos en tu grupo, por favor
visitá

http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files

Gracias,

lopes_peterson <lopes_peterson@...>

#414 De: clado@...
Fecha: Lun, 23 de Oct, 2006 1:59 pm
Asunto: Nuevo archivo cargado en clado
clado@...
Enviar correo Enviar correo
 
Hola:

Este mensaje es una notificación de que ha sido cargado un archivo
nuevo en el área de archivos del grupo clado.

   Archivo     : /scripts/TNT/STATSCHAR.RUN
   Cargado por : lopes_peterson <lopes_peterson@...>
   Descripción : Macro that shows all indices for all character on any given
single tree. Fitness concavity value is the default, 3.

Podés acceder a este archivo en la siguiente dirección web

http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/scripts/TNT/STATSCHAR.RUN

Para saber más sobre cómo compartir archivos en tu grupo, por favor
visitá

http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files

Gracias,

lopes_peterson <lopes_peterson@...>

#413 De: MESTRE AZUL <mestreazul@...>
Fecha: Lun, 23 de Oct, 2006 1:36 pm
Asunto: Requesting Paper
mestre_azul
Sin conexión Sin conexión
Enviar correo Enviar correo
 
Estimados amigos,

    a fim de finalizar um trabalho sobre biogeografia, gostaria de
    solicitar o seguinte paper publicado na Systematic Zoology:



"Graphs and Generalized Tracks: Quantifying Croizat's Panbiogeography
Roderic D. M. Page
Systematic Zoology, Vol. 36, No. 1 (Mar., 1987), pp. 1-17"

    Agradeço de imediato.

    Abraços,


    Ronaldo

#412 De: MESTRE AZUL <mestreazul@...>
Fecha: Vie, 20 de Oct, 2006 11:26 am
Asunto: Paper request
mestre_azul
Sin conexión Sin conexión
Enviar correo Enviar correo
 
Hello all,


    wondering if someone could send me this paper:

    "Measuring the phylogenetic randomness of biological data sets"
    Systematic Biology 1998 47(4):604-616;

    Thanks in advances.



--
S pozdravem,
  MESTRE
  mestreazul@...

#411 De: max maronna <maxmaronna@...>
Fecha: Mié, 18 de Oct, 2006 9:23 pm
Asunto: The Complete Work of C. Darwin - ONLINE
maxmaronna
Sin conexión Sin conexión
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News Feature

Nature 443, 746-747(19 October 2006) | doi:10.1038/443746a; Published online 18 October 2006

A life online

Henry Nicholls1
  1. Henry Nicholls is a freelance science writer in London.
Darwin is the latest eminent scientist to get an online archive. How do these undertakings change our understanding of history, asks Henry Nicholls.

W. FERNANDES, P. JACKMAN/MAYANG.COM
When exactly did Charles Darwin first use the iconic and ideology-laden phrase "survival of the fittest"? On page six of the first issue of the first volume of the first edition of The Variation of Animals and Plants Under Domestication, published in 1868. The phrase only makes it into On the Origin of Species in that book's fifth edition, published the following year.
If you are James Moore, or Janet Browne, or Adrian Desmond, or David Quammen, or any of the other people who have written biographies of Darwin and analyses of his thought, you probably already knew that. Now, though, you don't need years of scholarship to dig out as many such intriguing nuggets as you can imagine. With the launch on 19 October of Darwin Online1, answering this kind of question becomes a doddle.
The service makes the complete works of Darwin — in the form of both scanned-in pages and searchable text — freely available to anyone with an Internet connection. It also contains a handful of his key unpublished manuscripts, such as the jottings he made during the voyage on The Beagle. This kind of resource, allowing in-depth interrogation of a scientist's entire body of work, is becoming increasingly common. Its proponents believe that it will do more than just cut down on bike rides, train trips or even flights to visit physical archives; they expect it to inject new life into historical scholarship.
The ambitious idea for Darwin Online came to John van Wyhe, a historian of science at the University of Cambridge, UK, back in 2002. Although there were plenty of Darwin's works on the web, he recalls, they were spread across many sites with no obvious editorial standards. "It was just utter chaos." Given the many other great men of science (for they are almost exclusively men) who boast digital archives of their work and correspondence, this was a gap that needed to be filled (see 'Best of the rest'). "It just didn't seem right that other figures should have these rich databases and not Darwin," says van Wyhe.
Van Wyhe aims to add every edition and translation of Darwin's published work to the website by 2009, the bicentenary of his birth and the 150th anniversary of the publication of On the Origin. The ultimate plan is to scan in and transcribe a mountain of some 35,000 Darwin manuscripts dispersed around the world, including drafts of On the Origin, descriptions of his experiments and even his domestic accounts. The aim is to host everything Darwin ever wrote except for his private letters, which the long-running Darwin Correspondence Project, also in Cambridge, is dealing with on its own website2.
By the standards of scholarship in the humanities, as opposed to those of the well-equipped lab, these projects do not come cheap. Van Wyhe has a grant of £286,000 (US$532,000) from Britain's Arts and Humanities Research Council (AHRC), although he will need more to finish off the project as he wants it. The Newton Project, which aims to be the definitive, open-access repository for Isaac Newton's writing and correspondence, has received grants from the AHRC that total £900,000. This funding should be enough to transcribe, footnote and publish online his vast collection of theological writings (almost half of what he wrote) and more than half of his unpublished optical writings by 2010. As with Darwin Online, the long-term vision is to publish everything Newton ever wrote — although coding up the mathematics will be a particular challenge, notes Robert Iliffe, the historian from Imperial College London who acts as the project's editorial director.
Iliffe is adamant that the venture offers serious value for money. In the past, thousands of pounds would be thrown at producing a print edition of Newton's work, with only a few institutions prepared to stump up the cash to buy a copy. "The online medium brings with it such a huge audience," he says.

Heavy hitters

That's certainly the experience at the Einstein Archives Online3. This site currently boasts more than 3,000 scanned-in pages from almost 1,000 of Einstein's scientific and non-scientific works. Even though he wrote almost exclusively in German, there is huge interest in these documents, says Diana Buchwald, director of the Einstein Papers Project at the California Institute of Technology in Pasadena. When the Einstein Archives Online went live back in 2003, there were nearly 250,000 unique user sessions in the first five days, she says.
Darwin Online is ready for a similar surge of activity as both supporters and distorters of Darwin's ideas make use of the ability to search through the published material. There are several items that should be of particular interest to Darwin fans, notably the previously unpublished aides-mémoires he made as The Beagle explored the Galapagos Islands. The original notebook has been lost, probably stolen in 1983, but the University of Cambridge's library has a microfilm of it. It is also possible to inspect all his published illustrations; the visually impaired can download audio files of all the texts.
The creationist faithful would do well to take a look, says van Wyhe. "If people feel so strongly about Darwin, they should actually take the time to read his own words rather than relying only on the interpretations of others." Even if this doesn't convert them to evolution by natural selection, it should expose the popular misconception that Darwin had an anti-Christian agenda, he says. "This was not what he was about," says van Wyhe. "He was simply a scientist trying to explain how the world works."
The same cannot be said for the defiantly irreligious Francis Crick who, enraged by the decision of Churchill College, Cambridge, to build a chapel, wrote a letter to the college's namesake Winston enclosing £10 towards the building of a brothel to go with it. Unfortunately, this letter is in the Churchill archive rather than the Crick archive now being catalogued at the Wellcome Library in London. As yet, only a sliver of the Crick archive is accessible online, by means of the website of the US National Library of Medicine. "It's a fantastic new tool not available to previous generations of researchers," says Matt Ridley, who has just published a biography of Crick4. "I longed for even more correspondence to be there."

Contemporary conundrums

But Crick and other contemporary giants raise archival problems that Darwin and Newton avoid. "Indexing becomes more difficult as the corpus gets larger," says Darwin Stapleton, executive director of the Rockefeller Archive Center in New York, whose father named him after the great nineteenth-century naturalist. The archive of a contemporary scientist such as Crick's colleague James Watson may contain more than a million items — including e-mails, spreadsheets, slide presentations, audio recordings and TV appearances, all of which present their own indexing challenges. "What can be done with the Darwin collection cannot be done with a twentieth-century figure," says Stapleton.
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Contemporary history raises other challenges, most notably that of copyright. In many instances, it's simply not clear who owns it. "You may own the physical letter, but the person that wrote it owns the copyright," says Peter Hirtle, intellectual-property officer for Cornell University Library in Ithaca, New York. In an archive with many correspondences, "you have potentially hundreds and hundreds of copyright owners". Consequently, publishing outgoing and not incoming letters is the only practical option for many correspondence projects.
But even if near-complete, searchable archives are to remain the privilege of the long dead, they still offer new scholarly possibilities. Last year, Albert-László Barabási, professor of physics at Harvard University's Dana-Faber Cancer Institute in Boston, and a colleague used data from the Darwin Correspondence Project and Einstein Papers Project to compare how long these men took to reply to incoming letters5. The ability to use the dates of documents to map a scientist's writing and correspondence patterns might give new insights into how he organized his life and work, says Barabási. As van Wyhe will be able to tell something about who is reading which of Darwin's texts online, research into the researchers will be possible, too, through studies of the way the resource is used. Will everyone look for survival of the fittest, or will people dig into ever more intriguing byways? What grandeur may be found in this new view of a life?
Top

References

  1. http://darwin-online.org.uk
  2. http://www.lib.cam.ac.uk/Departments/Darwin/index.html
  3. http://www.alberteinstein.info
  4. Ridley, M. Francis Crick: Discoverer of the Genetic Code (HarperPress, 2006).
  5. Oliveira, J. G. & Barabási, A.-L. Nature 437, 1251 ( 2005). | Article | PubMed | ChemPort |

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#410 De: max maronna <maxmaronna@...>
Fecha: Mié, 18 de Oct, 2006 2:43 pm
Asunto: Postdoc in theoretical population ecology in Paris
maxmaronna
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José María Gómez <jmgreyes@...> escribió:
Fecha: Wed, 18 Oct 2006 10:28:03 +0200
De: José María Gómez <jmgreyes@...>
Asunto: [BIOEVO] Postdoc in theoretical population ecology in Paris
A: BIOEVO@...

Postdoctoral position in Paris: modelling ecological invasion

We are seeking a postdoctoral fellow who will study the invasion of
France by the maize beetle Diabrotica virgifera virgifera, a Coleopteran
pest attacking maize roots. This insect of American origin has recently
appeared in France and several invasion foci have been identified.

The postdoctoral fellow will
-aggregate all available data
-build a spatial statistical model resting on these data
-build a dynamic spatialized model for predictive purposes
-identify parameter values
-run simulations

Previous experience in spatial dynamic modelling is required.

Funds from INRA and INAPG are available for two years. Contract will be
on a yearly basis. Salary between 2000 and 2500 euros/month depending on
level of experience. Applications will be reviewed as they arrive and
the call will remain open until the position will be filled.

Interested candidates must submit the following by e-mail to
:

-application letter
-CV with list of publications
-two or three relevant publications
-names and e-mail addresses of three referees

Our research group has strong ties with a large community of scientists
at INRA, CNRS, INRIA, University Pierre-et-Marie-Curie and University
Paris-Sud.

Prof. Roger Arditi
Ecologie des populations et communautés (USC-INRA 1285)
Institut national agronomique Paris-Grignon, 16 rue Claude Bernard,
75005 Paris, France
Tel. +33 1 44 08 72 15. Fax: +33 1 44 08 72 57. mailto:arditi@...
http://www.inapg.fr/ens_rech/bio/Ecologie/ecologie.htm

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#409 De: "Lara" <laralo@...>
Fecha: Mar, 17 de Oct, 2006 7:06 pm
Asunto: ANSP Biodiversity Information Manager
laralopardo
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saludos
Lara
 
 
----- Original Message -----
Sent: Tuesday, October 17, 2006 1:19 PM
Subject: ANSP Biodiversity Information Manager

Biodiversity Information Manager

(Position Announcement # 938)

Issue Date: October 12, 2006
 Closing Date: Open Until Filled

The Academy of Natural Sciences of Philadelphia seeks an administrator for the databases of its specimen collections who can develop database-driven desktop and web applications. The collections encompass 17 million specimens in areas spanning botany, entomology, herpetology, ichthyology, malacology, mammalogy, ornithology, paleontology and general invertebrates. The databases hold more than 1 million records in several platforms. More information about science at the Academy is available at
www.ansp.org/research/biodiv.

The information manager will be responsible for maintaining the integrity of the databases, and will work closely with curatorial staff to develop informatics tools for efficient capture of biodiversity data and images, quality control, data visualization and analysis, GIS, web-based data access, and internet collaboration. Duties will include development of information models, database documentation, information security, code, user interfaces, quality control, and database life cycle management. Other duties will include assisting collections and research staff in developing informatics support sections of grant proposals. Good communication skills are essential. There is the possibility of some time for independent research in biodiversity informatics depending on qualifications.

Requirements:
 Degree in biology (with strong computer programming/database skills) or a degree in computer science (with extensive knowledge of biology). Experience with web-database programming in a LAMP environmental (Linux, Apache, MySQL or PostgreSQL, PHP) and with MS Access and Visual Basic.

Desirable:
 Advanced degree (Master's or Ph.D.); experience with biodiversity databases; experience with some of the following: Linux/Unix system administration; Perl or Bash scripting; FileMaker Pro; qmail/ezmlm; ImageMagick; MapServer; DiGIR/TAPIR.

Salary is commensurate with experience. The position is available immediately. The Academy of Natural Sciences offers a competitive benefits package.

To Apply:
 Send resume, statement of interest, and the names, addresses and telephone numbers of three references to:

Maria Eife, Asst. Office Manager
 Announcement: Biodiversity Information Manager #938
 The Academy of Natural Sciences
 1900 Benjamin Franklin Parkway
 Philadelphia, PA 19103-1195
eife@...

-- 
John G. Lundberg
Department of Ichthyology
Academy of Natural Sciences
1900 Benjamin Franklin Parkway
Philadelphia, PA 19103
USA

phone 215 405-5069
fax 215 405-5080

http://clade.acnatsci.org/lundberg/
http://catfishbone.acnatsci.org/
http://silurus.acnatsci.org/

#408 De: "Claudia T. Hornung Leoni" <claudiahornung@...>
Fecha: Jue, 12 de Oct, 2006 1:14 am
Asunto: duda caracteres informativos
claudiahornung
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Hola
les escribo pues tengo una duda, no encuentro en TNT donde se puede sacar el numero de caracteres informativos dado una matriz. ej. de una matriz de 100 caracteres 90 son informativos.
Me pueden decir donde?
gracias

ah otra cosa..saben si se puede sacar graficamente el número de sinapomorfías no ambiguas por cada rama en todo el arbol?. Es decir, sé que por lo índices puedo obtener cuales son las sinapomofías (CI=1.00) y luego ver clado por clado (parandome en el nodo) cuales estan en cada clado.
Pero quisiera saber si se puede sacar en todo el arbol , como en NONA- Winclada que salen las "bolitas negras (ci=1.0)" y blancas. Se puede en TNT?

les agradezco la información

saludos
Claudia


Claudia T. Hornung -Leoni
Instituto de Ecología, A.C.
Biología Evolutiva, Sistemática. Xalapa 91000
Veracruz, México
Bromeliaceae


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#407 De: "Lara" <laralo@...>
Fecha: Mié, 11 de Oct, 2006 7:53 pm
Asunto: charlas grabadas
laralopardo
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Hola a todos,
Capaz que a alguno le interese este sitio con una recopilacion de unas charlas de Snodgrass de 1960... una joyita para los que trabajamos con artropodos
 
 
saludos
 
 

Lara Lopardo
PhD Candidate
Department of Biological Sciences
The George Washington University
2023 G Street. NW - Lisner Hall 340
Washington, D.C. 20052, USA
Tel. Lab: (202) 994-0302
Tel. Secretary: (202) 994-6090
Fax: (202) 994-6100
E-Mail: laralo@...
http://www.gwu.edu/~clade/spiders/index.htm
http://www.gwu.edu/~spiders/peet.htmLara
 
 
 

#406 De: Diego Campos <bracon21@...>
Fecha: Jue, 5 de Oct, 2006 12:45 pm
Asunto: Re: [BIOEVO] eVOLUCION ya disponible en la red
bracon21
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Estimado Profesor Luis Fernando, reenvio mensaje.

max maronna <maxmaronna@...> wrote:
Estimados amigos

Nos alegra informaros que el primer numero de la revista eVOLUCION de la
Sociedad Española de Biologia Evolutiva esta ya disponible como pdf de
descarga gratuita en la pagina web de la sociedad (http://www.sesbe.org)

Nuestro proposito es que a partir de ahora cada año, dos nuevos números
sen publicados en junio y diciembre. En este primer número comenzamos con
una entrevista a Francisco J. Ayala, donde nos da su visión sobre la teoría
evolutiva y nos anima a continuar con la SESBE. Además, empezamos a recoger
algunas de las conferencias del congreso fundacional de la SESBE
(Granada, Sep. 2005), donde renombrados especialistas españoles de distintos
ámbitos científicos hacen un análisis del estado de la Biología Evolutiva en
España.
Incluimos además otros dos artículos que nos presentan, uno, como, ya en
los siglos XVI y XVII iban surgiendo ideas “proto-evolutivas” como necesidad
de explicar la realidad de la naturaleza. Otro artículo examina desde un
punto de vista filosófico el concepto de “humanos” en la biología evolutiva
actual.
Esperamos que la revista se vaya adaptando y sobreviviendo a las
diversas presiones selectivas, y evolucione incorporando nuevas y mejores
secciones. Como dijo un sabio “Nada en biología tiene sentido, si no has
leído bajo la luz eVOLUCIÓN”.

Que la disfruteis y por favor difundirla entre vuestros conocidos
(amigos y enemigos) para contribuir a difundir la evolucion entre
cientificos y el resto del mundo

Un abrazo a todos y esperamos vuestras contribuciones para proximos numeros

Jose Martin y Pilar Lopez
Editores de eVOLUCION

----------------------------------------------------
Los artículos de BIOEVO son distribuidos gracias al apoyo y colaboración
técnica de RedIRIS - Red Académica española - (http://www.rediris.es)
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Preguntá. Respondé. Descubrí.
Todo lo que querías saber, y lo que ni imaginabas,
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#405 De: max maronna <maxmaronna@...>
Fecha: Mié, 4 de Oct, 2006 9:10 pm
Asunto: 5 Postdoctoral Positions in Population Biology/Ecology/Biodiversity
maxmaronna
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Manuel Soler <msoler@...> escribió:
Fecha: Wed, 4 Oct 2006 10:29:46 +0200
De: Manuel Soler <msoler@...>
Asunto: [BIOEVO] 5 becas posdoctorales
A: BIOEVO@...

Five Postdoctoral Research Associate Positions in Population Biology/
Ecology/Biodiversity

NERC Centre for Population Biology
Division of Biology
Imperial College London
Silwood Park

Salary: £23,560 - £34,330 per annum

The NERC Centre for Population Biology hosted by Imperial College
London, and is funded by NERC to carry out research in all areas of
population biology.

We seek five self-motivated postdoctoral Research Associates to join
the centre. You will have a strong background in population biology
or related areas, and will propose to develop work that complements
current research at the CPB (see http://www.cpb.bio.ic.ac.uk/).

These posts will be funded until the end of the current core contract
to 31 March 2009 with a possibility for renewal, subject to funds
being available.

For Job description, Person specification,further information and an
application form please use the links below or contact Sarah Snellin
(s.snellin@...):

http://www3.imperial.ac.uk/cpb/about/vacancies/
researchassociatespositions

Please send completed application forms along with a copy of your CV,
details of two referees (please alert your referees to the
application) and a one page outline of your current research
interests to:

Sarah Snellin
NERC Centre for Population Biology,Imperial College London
Silwood Park Campus
Ascot
Berks
SL5 7PY
Tel: 020 7594 2346
e-mail: s.snellin@...

For further information please contact Sarah Snellin on the above
details.

Closing date: 12 October 2006, 12.00 noon.

--
Prof. Ian P.F. Owens
Division of Biology
& NERC Centre for Population Biology
Imperial College London
Silwood Park
Ascot, Berkshire SL5 7PY, UK

http://www.imperial.ac.uk/people/i.owens



Ian Owens




Manuel Soler
Departamento de Biología Animal
Facultad de Ciencias
Universidad de Granada
18071 Granada
Spain

Telef.: 958 240484
Fax: 958 243238

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Normas para el correcto uso del correo electrónico:
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#404 De: max maronna <maxmaronna@...>
Fecha: Lun, 2 de Oct, 2006 4:22 pm
Asunto: [BIOEVO] eVOLUCION ya disponible en la red
maxmaronna
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Estimados amigos

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una entrevista a Francisco J. Ayala, donde nos da su visión sobre la teoría
evolutiva y nos anima a continuar con la SESBE. Además, empezamos a recoger
algunas de las conferencias del congreso fundacional de la SESBE
(Granada, Sep. 2005), donde renombrados especialistas españoles de distintos
ámbitos científicos hacen un análisis del estado de la Biología Evolutiva en
España.
Incluimos además otros dos artículos que nos presentan, uno, como, ya en
los siglos XVI y XVII iban surgiendo ideas “proto-evolutivas” como necesidad
de explicar la realidad de la naturaleza. Otro artículo examina desde un
punto de vista filosófico el concepto de “humanos” en la biología evolutiva
actual.
Esperamos que la revista se vaya adaptando y sobreviviendo a las
diversas presiones selectivas, y evolucione incorporando nuevas y mejores
secciones. Como dijo un sabio “Nada en biología tiene sentido, si no has
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#403 De: max maronna <maxmaronna@...>
Fecha: Jue, 28 de Sep, 2006 10:52 pm
Asunto: Report of CBOL's workshop on recovering DNA from formalin-fixed
maxmaronna
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The report of CBOL's workshop on recovering DNA from formalin-fixed
biological samples is now available. The report of the workshop "Path
to
effective recovering of DNA from formalin-fixed biological samples in
natural history collections" was just issued by National Academies
Press. A free pdf version can be downloaded from
http://www.nap.edu/catalog/11712.html

In the past two decades, advancements in DNA-sequencing have enabled
new research possibilities in disciplines ranging from evolutionary biology
to biomedical sciences to forensics. Taxonomists and systematists use
DNA sequence information to clarify our understanding of biodiversity,
to refine our ability to distinguish closely related species, and to
study relationships within and among species. Natural history
collections in museums and academic institutions contain a wealth of
specimens that can contribute to these and other research challenges.
Many of the specimens in these collections were fixed in formalin and
subsequently stored in formalin or ethanol. Fixation in formalin
stabilizes and preserves the anatomical structure of specimens, and
storage in formalin or ethanol prevents long-term degradation by
microorganisms. However, these fixation and storage processes interact
with DNA in museum specimens and have made DNA extraction and analysis
from these specimens difficult.

On May 8-9, 2006, a group of experts gathered at the U.S. National
Academy of Science for a workshop to discuss the future of DNA recovery
from formalin-preserved specimens in natural history collections.
Participants included chemists, biophysicists, biochemists, molecular
biologists, bioinformaticists, and researchers and managers of natural
history collections interested in obtaining DNA from their specimens.
They examined past attempts of DNA recovery and discussed the research
needed to develop more efficient and cost-effective protocols for DNA
recovery from formalin-fixed specimens. If the research directions
suggested by the workshop participants prove successful, then the
sequence information contained in many rare or difficult-to-collect
species in natural history collections would be made available for
diverse lines of research.

Interest in this project was catalyzed by the Consortium for the
Barcode
of Life, and received financial support from Museum of Comparative
Zoology of Harvard University, National Evolutionary Synthesis Center,
New England Biolabs, Sigma-Aldrich, U.S. Department of Agriculture,
U.S.
Environmental Protection Agency, and CBOL.

Scott E. Miller, Ph.D.

Senior Program Officer

Office of the Under Secretary for Science

Smithsonian Institution

MRC 009 PO Box 37012

Washington DC 20013-7012

Office 202 633 5135
Lab 202 633 1036
Fax 202 633 8942

E-mail millers@...


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#400 De: Martin Ramirez <ramirez@...>
Fecha: Mié, 20 de Sep, 2006 7:41 pm
Asunto: becas Fullbright tres meses
martin_8p
Sin conexión Sin conexión
Enviar correo Enviar correo
 
Fulbright ofrece becas de tres meses para investigadores senior y junior  dirigidas a apoyar el trabajo de académicos que deseen realizar proyectos de investigación en colaboración con centros de investigación y universidades de los Estados Unidos.  Los candidatos a la beca “senior” deben tener un doctorado o demostrar antecedentes equivalentes  en tareas de investigación,  mientras que los candidatos “junior” deberán además, estar cursando un doctorado y contar con una carta de apoyo de su director de tesis.  Más información sobre requisitos, beneficios, plazo y documentación a presentar en: www.fulbright.edu.ar<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />

 
Atentamente,
 
Laura P. Moraña
Fulbright Commission in Argentina
Viamonte 1653, P. 2
C1055ABE - Ciudad Autónoma de Buenos Aires
lmorana@...
www.fulbright.edu.ar


#399 De: Julián velasco <juvelas@...>
Fecha: Jue, 14 de Sep, 2006 7:44 pm
Asunto: Sobre analisis combinados
juvelas
Sin conexión Sin conexión
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Hola a todos,

Estoy analizando una matriz de datos combinados de 235
spp. Morfología, varias secuencias (16S, 12S, cytb,
ND2). Sin embargo, para algunas de estas secuencias
hay una gran cantidad de taxones que presenta datos
ausentes ("?").

Tengo varias problemas con esto. Creo que algunos
agrupamientos están mal. Quisiera hacer una análisis
particionado para ver la congruencia entre la
morfología, y las diferentes secuencias. Pero ya que
hay una gran cantidad de missing data en la matriz que
creo que esto puede generar problemas. Por ejemplo,
para el 16S solo hay 21 spp. con datos de un total de
235, y algo parecido para 12S, cytb. ND2 esta mas
completo (182 spp.).

No se que tan conveniente sea excluir esos subsets de
datos incompletos. J. Wiens ha escrito algunas cosas
sobre esto y menciona que deben dejarse, pero sus
análisis suelen funcionar para set de datos pequeños,
con pocas especies. Será posible que el análisis
combinado (i.e, evidencia total) bajo esta situación
de missing data no resulte tan efectivo?


Julian

Julián Andrés Velasco

Grupo de Investigacion en Ecología Animal Aplicada
Departamento de Biologia
Universidad del Valle
Cali-Colombia
juvelas@...





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#398 De: "Lara" <laralo@...>
Fecha: Jue, 14 de Sep, 2006 2:50 pm
Asunto: Postdoc positions: Platygastroidea PBI
laralopardo
Sin conexión Sin conexión
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saludos
Lara

----- Original Message -----
From: "Luciana Musetti" <musetti.2@...>
To: <peet-l@...>
Sent: Wednesday, September 13, 2006 5:54 PM
Subject: [PEET-L] Postdoc positions: Platygastroidea PBI


> We are beginning an exciting new project funded by the Planetary
> Biodiversity Inventory Program of the U.S. National Science
> Foundation. The taxonomic focus of the work is the Platygastroidea: a
> common, widespread, and speciose group of parasitoid wasps. We have
> assembled a team of 13 researchers from 9 countries, led by Norman F.
> Johnson (Ohio State University) and Andrew D. Austin (University of
> Adelaide). The goals are a comprehensive morphological and molecular
> analysis of platygastroid phylogenetic relationships, to describe and
> key all the species of a major subgroup of the superfamily, and to
> conduct extensive field work to better sample the group's diversity
> around the world. The entire project builds upon and leverages our
> existing cyberinfrastructure for platygastroid systematics.
>
> We seek applications for two postdoctoral associates to join us in
> this endeavour. One will be based in Columbus, OH (USA) and the
> second will work extensively at the University of Adelaide
> (Australia). The official position announcement is appended below.
> For further information, please contact Norman Johnson (e-mail:
> johnson.2@...).
>
> ===============
>
> POSTDOCTORAL POSITIONS
> PLANETARY BIODIVERSITY INVENTORY: DIVERSITY AND THE PARASITOID
> LIFE-HISTORY STRATEGY - THE SUPERFAMILY PLATYGASTROIDEA (HYMENOPTERA)
> THE OHIO STATE UNIVERSITY, UNIVERSITY OF ADELAIDE
>
> Two postdoctoral positions are available to participate in the PBI
> project on the parasitic wasp
> superfamily Platygastroidea. The goals of this project are to work on
> the basic taxonomy of a
> major group of these wasps (the Scelionini), phylogenetic analysis of
> the superfamily using both
> molecular and morphological data, and field work to increase the
> extent and quality of collections.
> The successful candidates will be involved in all three of these
> areas.  One postdoctoral position
> will be based at OSU (Columbus, Ohio, USA) working with N. F.
> Johnson, and the other will also
> work extensively in the laboratory of A. D. Austin at the University
> of Adelaide (Adelaide,
> Australia).
>
> Requirements include experience in descriptive taxonomy with a
> preference for previous work
> with parasitic Hymenoptera; experience with PCR techniques and DNA
> sequencing; the ability to
> work independently and congenially in a busy laboratory; good oral
> and written skills; and
> experience with computational techniques for analyzing sequence and
> morphological data for
> phylogenetic purposes. Familiarity with databases and SQL, and
> experience with foreign field
> work collecting microhymenoptera are both highly desirable.
>
> Please e-mail a letter of application outlining research experience
> and interests along with your
> CV, reprints, and e-mail addresses of three referees to Norman
> Johnson at johnson.2@....
>
> Closing date: 01 November, 2006, although applications will continue
> to be considered until both positions are filled.
>
> To build a diverse workforce Ohio State encourages applications from
> individuals with disabilities, minorities, veterans, and women.
> EEO/AA employer.
>
>
>
> Norman Johnson
> Professor, Department of Entomology
> Director, CA Triplehorn Insect Collection
> 1315 Kinnear Road, Columbus, OH 43212
> P: 614 292 6595  F: 614 292 7774
>
>
> Luciana Musetti, Ph.D.                                  1315 Kinnear Rd.
> Charles Triplehorn Insect Collection                    Columbus, OH
> 43212-1157
> Department of Entomology                                phone: (614)
> 292-2730
> The Ohio State University                               fax: (614)
> 292-7774
>
> e-mail: musetti.2@...
>
>
> _______________________________________________
> PEET-L mailing list
> PEET-L@...
> http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/peet-l

#397 De: max maronna <maxmaronna@...>
Fecha: Mié, 6 de Sep, 2006 8:33 pm
Asunto: [BIOEVO] beca posdoctoral
maxmaronna
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De: Manuel Soler <msoler@...>
Asunto: [BIOEVO] beca posdoctoral
A: BIOEVO@...

POSTDOCTORAL POSITON in ECO-EVO-DEVO at the UNIVERSITY OF SHEFFIELD.

The endocrine basis of phenotypic plasticity in a predator-prey system
(How do hormones control predator induced defences in daphnia?)

3 year NERC (UK) Funded Position - START DATE - Oct/Nov 2006.

Project detail
Why are there so many patterns in colouration, morphology, life
history and behaviour within a particular species? Recently,
developmental biologists and ecologists have begun to join forces to
answer this question in the field of ecological developmental biology
(ECO-DEVO). They are asking how phenotypic plasticity emerges from
the interplay between a changing environment and the physiological
machinery that regulates an organisms development.

This project aims to investigate the developmental (e.g. hormonal)
basis of inducible defences in a classic water-flea (Daphnia pulex) /
phantom midge (Chaoborus spp.) predator-prey system. In this system,
predator based chemical signals induce striking adaptive
morphological and life history plasticity in the prey. The interplay
between invertebrate hormones such as ecdysteroids, juvenile hormone
and other peptides is known to regulate just these types of
developmental changes including the moult cycle and the timing of and
variation in morphology, growth, maturity and development.
The proposed research will test the hypothesis that the chemical
signal that predators emit triggers an adaptive shift in the
endocrine system, leading to adaptive and plastic changes in prey
growth and development. The research aims to:

- identify the hormones and peptides that underpin the induction of
these adaptive, developmental changes;
- identify predator induced change in the time sequence of hormone
concentration; and
- test among four hypothesis for the developmental control of the
induced phenotype.

-Experience with laboratory hormone assays, invertebrate physiology &/
or aquatic community ecology will be helpful.
-Application details forthcoming on http://jobs.ac.uk

Contact for more information:
Dr. Andrew Beckerman
+44 (0)114 222 0026
Dept. of Animal and Plant Sciences, Univ. of Sheffield, Sheffield,
S10 2TN, UK.
a.beckerman@...
http://www.beckslab.staff.shef.ac.uk/


a.beckerman@...


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Archivos de BIOEVO: http://listserv.rediris.es/archives/bioevo.html
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#396 De: Martin Ramirez <ramirez@...>
Fecha: Jue, 31 de Ago, 2006 9:44 pm
Asunto: Re: sobre caracteres continuos
martin_8p
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Hola colegas,

Ejem, levante la mano el que alguna vez quiso hacer algo con los continuos.  (Yo tenía un método, pero a los revisores no les gustó mucho...)

Aquí Marcos toca el tema de la escala.  Hay una escala en la que se registran los datos, y una en la que se calculan los costos.  Multiplicando por una constante, las escalas de registro y de costos pueden hacerse coincidir, y es lo que se entiende por analizar los datos "como vienen".  (Los datos vienen en m, cm, mm, etc.)

Todo esto tendría sentido si hubiera escalas "naturales" evidentes en los datos, por ejemplo la escala lineal.  Sin embargo, hay otras escalas (logarítmica, lognormal [Limpert et al. 2001], cuadráticas, etc.).  Mucha gente opina que estas escalas son tanto o más naturales que la escala lineal.  Por ejemplo, en una escala logarítmica de base 10 , el costo entre 1 y 10 sería igual al costo entre 10 y 100.

Esto no es sólo retórica.  Uno podría medir número de escamas sobre una línea, o sobre unidad de superficie (densidad).  Estos dos registros sugerirían escalas lineales y cuadráticas, respectivamente.  Otro ejemplo: en vez de registrar la longitud de una estructura se podría medir el peso o el volumen (escala cúbica).

Al cambiar la escala cambian los costos relativos (pero no las optimizaciones para un árbol dado: Maddison and Slatkin, 1990) y pueden cambiar los árboles óptimos.  Cuáles son los argumentos para justificar la elección de una escala determinada para calcular costos?

Como aproximación teórica, yo creo que la escala tiene que justificarse de acuerdo a lo que se hereda y evoluciona.  Según el caso, la base genética del carácter en cuestión puede trabajar sobre una densidad de estructuras repetidas, un tamaño, un volumen, o una combinación de estos u otros parámetros.

Como aproximación pragmática, dado que es raro que conozcamos las bases genéticas de un carácter para una especie, mucho más raro para varias especies en un dataset, y muchísimo más raro que sepamos nada de nada si estamos usando esos caracteres de porquería, podemos hacernos a la idea de que estamos aplicando un método groseramente aproximado y usar alguna escala sencilla, cualquiera.  Y tal vez probar con un par de escalas más, y avisarle al lector "ojo que los resultados dependen de la elección de escala".

Muchos saludos,

Martín


Limpert E, Stahel WA and Abbt M, 2001. Lognormal distributions across the sciences: keys and clues. Bioscience 51 (5), 341-352.  http://www.inf.ethz.ch/personal/gut/lognormal/bioscience.pdf

Maddison, W. and Slatkin. 1990. Parsimony reconstructions of ancestral states do not depend on the relative distances between linearly-ordered character states.  Syst. Zool. 39:175-178.


At 02:45 PM 8/31/2006, you wrote:
Hola gente. Evidentemente después de la "I Reunión Argentina de Caracterescontinuística y Biogeografía", realizada en Trelew, muchos quedamos con la pregunta: "¿será que los caracteres continuos realmente sirven para algo?".

Independencia y rangos aparte, me gustaría agregar algo que quizás (también) merezca la pena discutir (si, debo admitirlo, yo también busqué una solución empírica a la pregunta anterior) con respecto a caracteres merísticos.
El tema es: cuando discretizamos un carácter merístico en unos pocos estados, en general tenemos en cuenta (in o subconcientemente) la distribución de los recuentos observados, algo que en general no se considera al tratar a estos caracteres como continuos.

Por ejemplo, si vemos que un grupo de bichos tienen 1 diente, otro grupo 2, y el resto un número variable entre 5 y 50, lo más probable es que hagamos: {001 dientes (0)_1_diente (1)_2_dientes (2)_5_o_más_dientes; En ese caso tendríamos un paso entre 1 diente y 2, y un paso entre 2 y (pongamos) 10 dientes.
Si, en cambio, consideramos a este carácter como continuo, con un "peso total" de 2, tendríamos que un paso entre 1 y 2 dientes valdría sólo 0.04, igual que un paso entre 49 y 50 dientes.

Entonces, se me ocurrió que tiene que ser importante, además de estandarizar los valores mínimo y máximo de los caracteres continuos, para que sean comparables con los "discretos", transformar de alguna manera los datos para ajustarlos a una distribución "más normal". Al menos si estamos interesados en que el tratamiento de estos caracteres sea igual que el del resto (porque al final los discretos son sólo "discretos", y su definición de estados no es muy diferente a la de 1 2 (5 o más)).

Ahora bien, la idea era usar los datos tal como venían, ¿no?. Por ahí me parece que para que estos datos sean comparables (entre sí y con los "discretos") hay que transformarlos tanto que ya no vale la pena usarlos como continuos... y que siguen siendo un uuuuultimo recurso, si nuestro ojo discretizador falla, o trabajamos con bichos de porquería que no tienen caracteres, o peor aún, con fósiles (o alguna combinación de estas cosas, como le sucede a Nacho).

Saludos a todos.

Marcos.


Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494


#395 De: "Marcos Mirande" <mcmirande@...>
Fecha: Jue, 31 de Ago, 2006 5:45 pm
Asunto: Re: Re: sobre caracteres continuos
mcmirande
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Hola gente. Evidentemente después de la "I Reunión Argentina de Caracterescontinuística y Biogeografía", realizada en Trelew, muchos quedamos con la pregunta: "¿será que los caracteres continuos realmente sirven para algo?".

Independencia y rangos aparte, me gustaría agregar algo que quizás (también) merezca la pena discutir (si, debo admitirlo, yo también busqué una solución empírica a la pregunta anterior) con respecto a caracteres merísticos.
El tema es: cuando discretizamos un carácter merístico en unos pocos estados, en general tenemos en cuenta (in o subconcientemente) la distribución de los recuentos observados, algo que en general no se considera al tratar a estos caracteres como continuos.

Por ejemplo, si vemos que un grupo de bichos tienen 1 diente, otro grupo 2, y el resto un número variable entre 5 y 50, lo más probable es que hagamos: {001 dientes (0)_1_diente (1)_2_dientes (2)_5_o_más_dientes; En ese caso tendríamos un paso entre 1 diente y 2, y un paso entre 2 y (pongamos) 10 dientes.
Si, en cambio, consideramos a este carácter como continuo, con un "peso total" de 2, tendríamos que un paso entre 1 y 2 dientes valdría sólo 0.04, igual que un paso entre 49 y 50 dientes.

Entonces, se me ocurrió que tiene que ser importante, además de estandarizar los valores mínimo y máximo de los caracteres continuos, para que sean comparables con los "discretos", transformar de alguna manera los datos para ajustarlos a una distribución "más normal". Al menos si estamos interesados en que el tratamiento de estos caracteres sea igual que el del resto (porque al final los discretos son sólo "discretos", y su definición de estados no es muy diferente a la de 1 2 (5 o más)).

Ahora bien, la idea era usar los datos tal como venían, ¿no?. Por ahí me parece que para que estos datos sean comparables (entre sí y con los "discretos") hay que transformarlos tanto que ya no vale la pena usarlos como continuos... y que siguen siendo un uuuuultimo recurso, si nuestro ojo discretizador falla, o trabajamos con bichos de porquería que no tienen caracteres, o peor aún, con fósiles (o alguna combinación de estas cosas, como le sucede a Nacho).

Saludos a todos.

Marcos.


#394 De: "ignacioescapa" <ignacioescapa@...>
Fecha: Jue, 31 de Ago, 2006 4:01 pm
Asunto: Re: sobre caracteres continuos
ignacioescapa
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Hola!

Yo creo que cuando se labura con continuos, hay que ser cuidadoso
tambien con el rango numerico que estas usando. Es decir, que 0.01
pasos de una caracter continuo no significa mucho si el rango "total"
  de ese caracter es de 1 paso. Supongo que vos los usaras con rango
cercano a uno, para no tener mayores diferencias con los caracteres
discretos que metes en la misma matriz.

Pero en el caso de que incluyas un caracter continuo con rango de
0.02 pasos, entonces un largo de  0.01 (de ese caracter!) puede tener
mayor significancia (en cuanto al cambio que esto significa en la
estructura que vos mediste).

Y con respecto a los monos y las navajas... A mi me parece que es
tambien una cuestion de necesidad. Quizas no es necesario en grupos
donde tenes gran cantidad de información . Pero cuando la informacion
es limitada (como en el caso de los fosiles, por ejemplo), los
continuos pueden resultar mas simpaticos. Navaja o no, para mi merece
ser explorado.

Salute.
Nacho

PD. perdon por la falta de acentos, no los pude encontrar en este teclado.

#393 De: Marina Arbetman <maruarbetman@...>
Fecha: Vie, 18 de Ago, 2006 1:13 pm
Asunto: Re: secuenciador
maruarbetman
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Hola Lara,
No conozco tu secuenciador, pero nosotros tenemos un ABI Prism 3100 Avant. Si te puedo ser útil en revisar algunos parámetros avisame.

Marina

Lara <laralo@...> escribió:
Field Museum Fishes Job
Hola a todos,
conocen a alguien que este secuenciando DNA genomico con un secuenciador Beckman CEQ 8000??
Estamos teniendo problemas para lograr secuencias de señal "decente" y todavia no tuvimos suerte, y queria buscar consejo de alguien que ya lo sepa manejar.
muchas gracias
saludos
Lara
 
 
 

Lara Lopardo
PhD Candidate
Department of Biological Sciences
The George Washington University
2023 G Street. NW
Washington, D.C. 20052
Tel. Lab: (202) 994-0302
Tel. Secretary: (202) 994-6090
Fax: (202) 994-6100
E-Mail: laralo@...
http://www.gwu.edu/~clade/spiders/index.htm
http://www.gwu.edu/~spiders/peet.htm


Preguntá. Respondé. Descubrí.
Todo lo que querías saber, y lo que ni imaginabas,
está en Yahoo! Respuestas (Beta).
Probalo ya!

#392 De: "Lara" <laralo@...>
Fecha: Jue, 17 de Ago, 2006 4:47 pm
Asunto: secuenciador
laralopardo
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Hola a todos,
conocen a alguien que este secuenciando DNA genomico con un secuenciador Beckman CEQ 8000??
Estamos teniendo problemas para lograr secuencias de señal "decente" y todavia no tuvimos suerte, y queria buscar consejo de alguien que ya lo sepa manejar.
muchas gracias
saludos
Lara
 
 
 

Lara Lopardo
PhD Candidate
Department of Biological Sciences
The George Washington University
2023 G Street. NW
Washington, D.C. 20052
Tel. Lab: (202) 994-0302
Tel. Secretary: (202) 994-6090
Fax: (202) 994-6100
E-Mail: laralo@...
http://www.gwu.edu/~clade/spiders/index.htm
http://www.gwu.edu/~spiders/peet.htm

#391 De: "Lara" <laralo@...>
Fecha: Lun, 14 de Ago, 2006 4:52 pm
Asunto: Fw: Field Museum Fishes Job
laralopardo
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saludos
Lara
 
 
----- Original Message -----
Sent: Monday, August 14, 2006 11:05 AM
Subject: Field Museum Fishes Job

Dear colleagues, the ichthyologist position at the Field Museum has at last been reopened, at the Assistant Curator level.  We are casting a wide net, looking for excellence in many areas of systematics and evolutionary biology.  Due to our strengths in neotropical freshwater fishes, applicants from the NIA community are particularly welcome.  Thanks for spreading the word.   -Mark

Curator: Division of Fishes
Field Museum of Natural History

The Department of Zoology of the Field Museum seeks an ichthyologist to fill a career-track appointment at the Assistant Curator level. Candidates should have a Ph.D. and a proven record of scientific achievement in collections-based research.  Beyond taxonomic focus, we are searching broadly for excellence in evolutionary biology in such areas as phylogenetics, comparative morphology, molecular biology, development, biogeography, coevolution, and conservation.
In addition to research, responsibilities include curation of globally important collections in the Division of Fishes, participation in public exhibit and education programs, and administration. Strong relationships with local universities provide opportunities for participation in graduate and undergraduate training and teaching. Applications should include:  (1) a Curriculum Vitae; (2) a statement of research and curatorial interests; (3) names and contact information of three referees; and (4) copies of up to 5 relevant publications. Review of applications will begin October 1, 2006.  Send materials to:  Search Committee, Department of Zoology, Field Museum, 1400 South Lake Shore Drive, Chicago, IL  60605-2496.  Application materials as e-mail attachments preferred (receipt will be acknowledged). E-mail address: zoologysearchfishes@.... The Field Museum's homepage is www.fieldmuseum.org. The Departmental Website is http://www.fieldmuseum.org/research_collections/zoology/default.htm. The Field Museum is an Equal Opportunity Employer, and encourages applications from women and minorities.


-- 


#390 De: "Gabriel H. Rua" <gabriel@...>
Fecha: Mié, 26 de Jul, 2006 9:43 pm
Asunto: Re: sobre caracteres continuos
elgabrielo2000
Sin conexión Sin conexión
Enviar correo Enviar correo
 
Hola!
Gracias, Pablo y Martín, por los comentarios. No había planteado el problema en términos de Bremer support, pero obviamente es otra manera de decir lo mismo. También estuve tentado de "colapsarlo de una", como dice Martín, pero colapsar qué? O a partir de qué valor? Adónde cortar el continuo? En fin, ya tengo el 98% de los genes idénticos al chimpancé, voy a seguir jugando con la navaja...
Lo que sigue es para el/los que administran la lista, si lo/los hay (y que los hay, los hay...). En estos días cambié la cuenta de email en la que recibo los mensajes de la lista. Ahora me llegan algunos mensajes a la dirección vieja (ej. el de Pablo), otros a la nueva (ej. el de Jean Michel sobre los chobis de Nicaragua), y otros a ninguna (ej. el de Martín, del cual me enteré indirectamente a través del mensaje de Pablo). Además, y como si esto fuera poco, existe en la lista un usuario/usuaria "lilikota" que tiene mi dirección (la vieja), y a cuya cuenta no puedo entrar con mi password. De modo que muchas veces (curiosamente no todas) los mensajes me llegan repetidos. Algún Quijote será capaz de desfazer este entuerto?

Gracias mil!
GHR


At 17:42 24/7/2006, you wrote:
 
Hola Gabriel,
 
respecto de lo que dijo Martín...
No virus found in this outgoing message.
Checked by AVG Free Edition.
Version: 7.1.394 / Virus Database: 268.10.4/399 - Release Date: 25/7/2006

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