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OFRECIMIENTO DE BECA
BECA de nivel inicial EN EL AREA BOTANICA para graduado universitario del
área Ciencias Biológicas, en el marco del proyecto de la Agencia Nacional
de Promoción Científica y Tecnológica, PICT-11739
Un año, renovable hasta tres años, con posibilidad de realizar un Doctorado-
40 horas semanales - Estipendio: $ 720 (básico) + 320 (incremento)
REQUISITOS: Licenciado en Biología, interesado en Sistemática Molecular,
menor de 35 años, con conocimiento de inglés y manejo de programas de
computación (procesador de textos, hoja de cálculo, con preferencia en
programas estadísticos y cladísticos).
TEMA: " Estudios de evolución en el género Urochloa (Paniceae: Poaceae):
una filogenia molecular utilizando marcadores genéticos del cloroplasto y
del núcleo."
Se realizará un estudio evolutivo en especies del género Urochloa y géneros
afines pertenecientes al clado PCK (Brachiaria, Eriochloa, Chaetium,
Urochloa y Melinis). Se buscará poner a prueba la monofilia del género y
establecer clados monofiléticos robustos en relación con caracteres
morfológicos diagnósticos.
El estudiante será entrenado en técnicas de secuenciación de ADN, técnicas
cladísticas, trabajo de campo y sistemática botánica.
DIRECTOR: Dr. Osvaldo Morrone
LUGAR DE TRABAJO: Instituto de Botánica Darwinion (IBODA).
Labardén 200, San Isidro, H1642HYD, Buenos Aires
FECHA LIMITE PARA LA INSCRIPCIÓN: 20 de Diciembre 2004.
COMIENZO DE LA BECA: 1º Febrero de 2005.
Enviar CV por correo electrónico a secretaria@..., o entregar el
mismo en la Secretaría de Instituto de Botánica Darwinion (IBODA).
Labardén 200, San Isidro, H1642HYD, Buenos Aires, en el horario 11-16 h.
Hola, recién me llega esta información. Supongo que ya es tarde,
pero para que estén enterados.
Saludos, martin
INSTITUTO MULTIDISCIPLINARIO DE BIOLOGÍA VEGETAL
(IMBIV)
FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS, FÍSICAS Y NATURALES
UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA - CONICET
CURSO DE POSTGRADO
SISTEMÁTICA FILOGENÉTICA
Docentes
Dra. Helga Ochotarena (UNAM, México)
Dra. Victoria Sosa (Inst. de Ecología, Xalapa, Veracruz,
México)
Fecha de realización: 31 de enero al 5 de febrero de 2005
Lugar de realización: IMVIB (instituto Multidisciplinario de Biología
Vegetal), Aula de cómputos del Departamento de Informática
(UNC).
Carga horaria: 50 h
Metodología: teórico-práctica (computación)
Destinatarios: egresados, doctorandos o postdoctorandos en Ciencias
Biológicas o afines. Alumnos avanzados en las carreras
mencionadas.
Cupo: 30 alumnos.
Arancel: $120, con excepción de 5 alumnos del Doctorado en Ciencias
Biológicas de esta Facultad, seleccionados por antecedentes, que pagarán
50 % del costo.
Inscripción: 1 al 30 de noviembre de 2004.
Enviar fundamento de la solicitud y curriculum vitae a Jimena Nores:
Laboratorio de Biología Molecular. Instituto Multidisciplinario de
Biología Vegetal (IMBIV), Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y
Naturales. Universidad Nacional de Córdoba. Vélez Sársfield 299, 2do
piso o por mail: jnores@....
CURSO DE “SISTEMATICA FILOGENETICA”
Dos razones actuales hacen importante un curso de Sistemática
Filogenética para estudiantes latinoamericanos. Una es la acelerada
destrucción de hábitats y el conocimiento no uniforme de la
biodiversidad, menor aún en zonas de alta diversidad como Latinoamérica.
La segunda, es la disminución alarmante de la matrícula de estudiantes de
Sistemática a nivel de posgrado en muchas universidades del mundo. Varios
países del llamado Primer Mundo han identificado esta situación como un
problema de graves consecuencias en caso de no revertir su curso.
En el caso de Latinoamérica no es necesario dar mayores razones para
entender la importancia de contar con más profesionales de esta rama de
la biología. No se requiere tampoco abundar demasiado en por qué es
indispensable saber con qué recursos biológicos contamos antes de
servirse de ellos. Por ello proponemos un curso de Sistemática
Filogenética.
En
los últimos años la sistemática ha avanzado con la implementación de
métodos cladísticos y el uso de caracteres moleculares. Estos cambios no
llegarán a la mayoría de las universidades latinoamericanas hasta que se
preparen textos en español que incorporen el nuevo conocimiento, lo cual
demora bastante tiempo. Proponemos este curso para acelerar y facilitar
la diseminación de estos conceptos y también para reclutar estudiantes
interesados en la sistemática moderna.
Proponemos un curso en donde se cubran dos aspectos: el entendimiento
de los conceptos teóricos más importantes de la Sistemática Filogenética
y una práctica intensiva metodológica. El curso tiene dos componentes:
conferencias y laboratorios computacionales. En las conferencias
cubriremos todos estos conceptos teóricos y los estudiantes tendrán una
lista de referencias básicas sobre el tema. En la práctica los
estudiantes podrán llevar a cabo análisis cladísticos, desde la
construcción de una matriz de datos hasta la evaluación de cladogramas.
El curso que se propone está enfocado hacia estudiantes que se encuentren
cursando un posgrado o que sean profesores de licenciatura y que estén
ubicados en cualquier lugar de Latinoamérica.
Profesores:
Dra. Victoria Sosa (Coordinadora del curso)
Instituto de Ecología, A.C. Xalapa, Veracruz, México
victoria@...
Dra. Helga Ochoterena
Instituto de Biología de la Universidad. Nacional Autónoma de México.
Ciudad de México, México
helga@...
Objetivos:
1. Conocer los conceptos principales de la Sistemática
Filogenética.
2. Comprender la metodología de los análisis cladísticos, desde la
construcción de la matriz de datos hasta la evaluación de
cladogramas
3. Conocer las diversas aplicaciones de los análisis filogenéticos
(biogeografía, biología, comparada, conservación).
Programa
Sección 1: Sistemática y Taxonomía
Conceptos Generales
El quehacer del taxónomo
Historia de la sistemática
Escuelas taxonómicas: evolutiva, fenética y filogenética.
Sección 2: Métodos de Reconstrucción Filogenética
Homología y parsimonia
Caracteres: tipos de caracteres, análisis de caracteres.
Construcción de árboles:
Número de hipótesis por evaluar
Arboles de Wagner
Métodos heurísticos: NNI, SPR, TBR
Optimización
Grupo externo:
Enraizamiento
Monofilia, parafilia y polifilia
Polaridad de caracteres
Métodos alternativos
Parsimonia de matraca
Máxima probabilidad
Sección 3: Evaluación de resultados y estadísticas de los
árboles
Índices de consistencia y retención
Árboles de consenso
Pesaje
Evidencia total o congruencia taxonómica
Medidas de soporte de ramas
Sección 4: Filogenia y clasificación.
Clasificaciones biológicas
Clasificaciones tradicionales. El uso de la jerarquía linneana
Clasificaciones filogenéticas: Principios y Convenciones
Sección 5: Sistemática y el método comparativo.
Estudios de adaptaciones y coevolución.
Relación forma-función, ciclos de vida, comportamiento, relaciones
planta-animal y huésped-parásito.
Sección 6: Sistemática y Biogeografia.
Historia de la ocupación de áreas, vicarianza y dispersión.
Especies ancestrales, centros de origen y de endemismo.
Sección 7: Sistemática y conservación.
Bibliografía y material didáctico: artículos científicos serán
enviados por mail a los alumnos y se trabajará con programas
de computación para análisis de datos.
BIBLIOGRAFÍA RELEVANTE
Bremer, K. 1994. Branch support and tree stability. Cladistics 10:
295-304.
Brooks, D.R. & D.A. McLennan. 1994. Historical
ecology as a research programme: scope, limitations and the
future. Pp. 1-27 in P. Eggleton & R.I. Vane-Wright
(eds.). Phylogenetics and ecology. Academic Press,
London.
Brummit, R.K. 2002. How to chop up a tree. Taxon
51: 31-41.
Carine, M. A. & R. W. Scotland. 1999. Taxic and transformational
homology: different ways of seeing. Cladistics 15: 121-129.
Coddington, J.A. 1994. The roles of homology and
convergence in studies of adaptation. Pp. 53-78 in P. Eggleton
& R.I. Vane-Wright (eds.). Phylogenetics and ecology.
Academic Press, London.
De Queiroz, K. & J. Gauthier. 1992. Phylogenetic
taxonomy. Annual Review of Ecology & Systematics 23:
449-480.
Forey, P.L. 2002. PhyloCode-pain, no gain. Taxon
51: 43-54.
Hawkins, J. A., C. E. Hughes & R. W. Scotland. 1997. Primary
homology assessment, chracters and character states. Cladistics 13:
275-283.
Huelsenbeck, J. P., J. J. Bull, & C. W. Cunningham. 1996.
Combining data in phylogenetic analysis. Trends in Ecology and
Systematics. Trends in Ecology and Systematics 11: 152-158.
Humphries, C. J. & P. H. Williams. 1994. Cladograms
and trees in biodiversity. Pp. 335-352 in R.W. Scotland, D.J.
Siebert & D.M. Williams (eds.), Models in Phylogeny
Reconstruction. The Systematics Association, Oxford.
Judd, W. S., C. S. Campbell, E. A. Kellog & P. F. Stevens. 1999.
Plant Systematics. Sinauer Associates, Sunderland,
Massachusetts.
Kitching, I. J., P. L. Forey, C. J. Humphries & D. Williams.
1998. Cladistics. The Systematics Association Publication no. 11.
Oxford
Kluge, J. A. & Farris S. 1999. Taxic homology = overall
similarity. Cladistics 15: 205-212.
Mabee, P.M. 2000. The usefulness of ontogeny in interpreting
morphological characters. In: J. J. Wiens (ed.). Phylogenetic analysis of
morphological data. Smithsonian Institution Press, Washington. pp.
84-114.
Maddison, D. R. 1991. The discovery and importance of multiple
islands of most-parsimonious trees. Systematic Zoology 40:
315-328.
Maddison, W. P. 1993. Missing data versus missing characters in
phylogenetic analysis. Systematic Zoology 33: 83-103.
Miller, J.S. 1987. Host-plant relationships in the
Papilionidae (Lepidoptera): Parallel cladogenesis or
colonization? Cladistics 3: 105-120.
Miyamoto, M. M. and W. M. Fitch. 1995. Testing species phylogenies
and phylogenetic methods with congruence. Systematic Biology 44:
127-137.
Morrone, J. J. & J.V. Crisci. 1995. Historical
biogeography: Introduction to methods. Annual Review of
Ecology & Systematics 26: 373-401.
Neff, N. 1986. A rational basis for a priori character weighting.
Systematic Zoology: 35: 110-123.
Nixon, K. C. & J. M. Carpenter. 1993. On outgroups. Cladistics 9:
413-426.
Nixon, K. C. & J. M. Carpenter. 1996. On consensus,
collapsibility, and clade concordance. Cladistics 7: 305-321.
Nixon, K.C. & J. M. Carpenter. 2000. On the other
“phylogenetic systematics”. Cladistics 16: 298-318.
Page, R. D. M. 1993. On islands of trees and the efficacy of
different methods of branch swapping in finding most-parsimonious trees.
Systematic Biology 42: 200-210.
Patterson, C. 1982. Morphological characters and homology. In:
Problems of phylogenetic reconstruction (K. A. Joysey and A. E. Friday
(eds). Systematics Association Spetial volume no. 21: 21-74, Academic
Press, London.
Pleijel, F. 1995. On character coding for phylogeny reconstruction.
Cladistics 11: 309-315.
Poe, S. & J. J. Wiens. 2000. Character selection and the
methodology of morphological phylogenetics. In: J.J. Wiens (ed.).
Phylogenetic analysis of morphological data. Smithsonian Institution
Press, Washington. pp. 20-36.
Rae, T. C. 1998.The logical basis for the use of continuous
characters in phylogenetic systematics. Cladistics14: 221-228.
Sober, E. 1988. The conceptual relationship of cladistic
phylogenetics and vicariance biogeography. Systematic Zoology 37:
245-253.
Stevens, P. F. 1991. Character states, morphological variation, and
phylogenetic analysis: a review. Systematic Botany 15: 553-583.
Stevens, P. F. 2002. Why do we name organisms? Some
reminders from the past. Taxon 51:11-26
Wiens, J. J. 1995. Polymorphic characters in phylogenetic
systematics. Systematic Biology 44:482--500.
Wiens J. J. 1998. Does adding characters with missing data increase
or decrease phylogenetic accuracy? Systematic Biolology
47:625-640.
Wiley, E. O. 1988. Vicariance biogeography. Annual Review
of Ecology & Systematics 19: 513-542.
PROGRAMAS DE CÓMPUTO
Para preparar matrices de datos y mapear caracteres:
Mac
MacClade (se obtiene en la editorial Sinauer, disponible ya la
versión 4.0)
Maddison, D. R. and W. P. Maddison. 1992. MacClade version 3.04.
Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates (asociado a PAUP).
pc
WINCLADA (Kevin Nixon, L. H. Bailey Hortorium, Cornell University,
Ithaca, New York (kcn2@...) version 0.9.99m24 (además de mapeo de
caracteres, lee y edita árboles) (asociado a NONA).
Para reconstrucción:
Mac
PAUP: SWOFFORD, D. L. 2000. PAUP*. Phylogenetic analysis using
parsimony (and other methods). Version 4.0. Sunderland, Massachusetts:
Sinauer Associates.
PAUPrat (shareware) (funciona junto con PAUP) (parsimonia de matraca,
para datasets muy grandes)
SIKES, D. S. and P. O. LEWIS. 2001. PAUPrat: a tool to implement
Parsimony Ratchet searches using PAUP*. V 1. Computer program distributed
by University of Connecticut, Storrs, Connecticut.
pc
NONA (Pablo Goloboff, INSUE, Fundación e Instituto Miguel Lilló 205,
4000 S. M. de Tucumán, Argentina (instlillo@...) (pago de
cuota al autor)
Hennig86. Farris, J. S. (distribuído por una cuota por Arnold
Kluge, Amphibians and Reptiles, Museum of Zoology, University of
Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109-1079, U.S.A. (akluge@...) y por
Diana Lipscomb, G. Washington University (biodl@...).
si ni hablar. gracias nuevamente.
PAncho
--- Marcos Mirande <jmcmirande@...> wrote:
>
> En realidad no hay unos costos que sean
> objetivamente mejores que
> otros.
> Lo más usado es asignar costos de 1 a cada paso
> interno del árbol de
> estados. El caso más simple es un carácter aditivo
> de tres estados,
> en que (por lo general) se asigna un costo de 1 para
> pasos entre
> estados contiguos y de 2 para los estados extremos.
> El problema es que en general tenemos casos bastante
> más complicados
> que esto.
>
> Un saludo.
>
> Marcos.
>
>
> --- En clado@..., Francisco prevosti
> <protocyon@y...>
> escribi€ ¦ó:
> > Hola Marcos, gracias por la sugerencia. Que
> esquema de
> > costos usarias?.
> >
> > saludos,
> >
> > Pancho
> > --- Marcos Mirande <jmcmirande@y...> wrote:
> >
> > >
> > > Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una
> solución a
> > > eso.
> > >
> > > Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como
> > > caracteres
> > > independientes y usar inaplicables en los casos
> de
> > > "color de cola"
> > > en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los
> efectos
> > > negativos de la
> > > optimización de las ausencias, a cambio de que
> la
> > > aparición de cada
> > > estado apomórfico (como "color") quede en
> caracteres
> > > diferentes y
> > > tenga un peso (uso pesos implicados) determinado
> > > sólo por su
> > > aparición (y no por otros estados que podrías
> > > incluir en el mismo
> > > carácter).
> > >
> > > Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta
> > > ventaja ya no existe
> > > y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
> > >
> > > Espero que sirva para algo.
> > >
> > > Un saludo. Marcos.
> > >
> > >
> > > --- En clado@..., Francisco
> prevosti
> > > <protocyon@y...>
> > > escribi€ ¦ó:
> > > > Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como
> > > codificar
> > > > algunos caracteres. En mis datos hay
> caracteres
> > > con no
> > > > comparables del tipo Cola presente/ausente,
> color
> > > de
> > > > cola (y algunos algo mas complejos, pero de
> este
> > > > estilo).
> > > >
> > > > Como me conviene entrarlos???? (como dos
> > > caracteres
> > > > indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> > > > multiestado?. Mi idea es probar con matrices
> de
> > > costo
> > > > y entrandolos como caracteres indep.
> > > >
> > > > Que me sugieren????
> > > >
> > > > saludos,
> > > >
> > > >
> > > > Pancho
> > > >
> > > > =====
> > > > Francisco Juan Prevosti
> > > > Departamento Científico
> > > > Paleontología Vetebrados,
> > > > Museo de La Plata,
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> > > > 1900 La Plata,
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> > =====
> > Francisco Juan Prevosti
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> > Paleontología Vetebrados,
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En realidad no hay unos costos que sean objetivamente mejores que
otros.
Lo más usado es asignar costos de 1 a cada paso interno del árbol de
estados. El caso más simple es un carácter aditivo de tres estados,
en que (por lo general) se asigna un costo de 1 para pasos entre
estados contiguos y de 2 para los estados extremos.
El problema es que en general tenemos casos bastante más complicados
que esto.
Un saludo.
Marcos.
--- En clado@..., Francisco prevosti <protocyon@y...>
escribi€ ¦ó:
> Hola Marcos, gracias por la sugerencia. Que esquema de
> costos usarias?.
>
> saludos,
>
> Pancho
> --- Marcos Mirande <jmcmirande@y...> wrote:
>
> >
> > Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una solución a
> > eso.
> >
> > Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como
> > caracteres
> > independientes y usar inaplicables en los casos de
> > "color de cola"
> > en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los efectos
> > negativos de la
> > optimización de las ausencias, a cambio de que la
> > aparición de cada
> > estado apomórfico (como "color") quede en caracteres
> > diferentes y
> > tenga un peso (uso pesos implicados) determinado
> > sólo por su
> > aparición (y no por otros estados que podrías
> > incluir en el mismo
> > carácter).
> >
> > Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta
> > ventaja ya no existe
> > y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
> >
> > Espero que sirva para algo.
> >
> > Un saludo. Marcos.
> >
> >
> > --- En clado@..., Francisco prevosti
> > <protocyon@y...>
> > escribi€ ¦ó:
> > > Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como
> > codificar
> > > algunos caracteres. En mis datos hay caracteres
> > con no
> > > comparables del tipo Cola presente/ausente, color
> > de
> > > cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
> > > estilo).
> > >
> > > Como me conviene entrarlos???? (como dos
> > caracteres
> > > indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> > > multiestado?. Mi idea es probar con matrices de
> > costo
> > > y entrandolos como caracteres indep.
> > >
> > > Que me sugieren????
> > >
> > > saludos,
> > >
> > >
> > > Pancho
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Hola Marcos, gracias por la sugerencia. Que esquema de
costos usarias?.
saludos,
Pancho
--- Marcos Mirande <jmcmirande@...> wrote:
>
> Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una solución a
> eso.
>
> Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como
> caracteres
> independientes y usar inaplicables en los casos de
> "color de cola"
> en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los efectos
> negativos de la
> optimización de las ausencias, a cambio de que la
> aparición de cada
> estado apomórfico (como "color") quede en caracteres
> diferentes y
> tenga un peso (uso pesos implicados) determinado
> sólo por su
> aparición (y no por otros estados que podrías
> incluir en el mismo
> carácter).
>
> Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta
> ventaja ya no existe
> y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
>
> Espero que sirva para algo.
>
> Un saludo. Marcos.
>
>
> --- En clado@..., Francisco prevosti
> <protocyon@y...>
> escribi€ ¦ó:
> > Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como
> codificar
> > algunos caracteres. En mis datos hay caracteres
> con no
> > comparables del tipo Cola presente/ausente, color
> de
> > cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
> > estilo).
> >
> > Como me conviene entrarlos???? (como dos
> caracteres
> > indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> > multiestado?. Mi idea es probar con matrices de
> costo
> > y entrandolos como caracteres indep.
> >
> > Que me sugieren????
> >
> > saludos,
> >
> >
> > Pancho
> >
> > =====
> > Francisco Juan Prevosti
> > Departamento Científico
> > Paleontología Vetebrados,
> > Museo de La Plata,
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>
=====
Francisco Juan Prevosti
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Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una solución a eso.
Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como caracteres
independientes y usar inaplicables en los casos de "color de cola"
en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los efectos negativos de la
optimización de las ausencias, a cambio de que la aparición de cada
estado apomórfico (como "color") quede en caracteres diferentes y
tenga un peso (uso pesos implicados) determinado sólo por su
aparición (y no por otros estados que podrías incluir en el mismo
carácter).
Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta ventaja ya no existe
y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
Espero que sirva para algo.
Un saludo. Marcos.
--- En clado@..., Francisco prevosti <protocyon@y...>
escribi€ ¦ó:
> Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como codificar
> algunos caracteres. En mis datos hay caracteres con no
> comparables del tipo Cola presente/ausente, color de
> cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
> estilo).
>
> Como me conviene entrarlos???? (como dos caracteres
> indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> multiestado?. Mi idea es probar con matrices de costo
> y entrandolos como caracteres indep.
>
> Que me sugieren????
>
> saludos,
>
>
> Pancho
>
> =====
> Francisco Juan Prevosti
> Departamento Científico
> Paleontología Vetebrados,
> Museo de La Plata,
> Paseo del Bosque S/Nº,
> 1900 La Plata,
> Buenos Aires - Argentina
>
>
>
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El Word tambié te permite seleccionar columnas,
apretando la tecla Alt.
Saludos a todos
Shirley
--- Julian Faivovich <julian@...> escribió:
> Con Textpad (disponible gratis www.textpad.com) es
> mucho mas facil, porque
> te permite seleccionar columnas.
>
> saludos
>
> julian
>
> At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:
>
>
> >Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero
> dividirlas en los
> >genes correspondientes (obviamente tengo los
> límites de cada una).
> >Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole.
> ¿alguien conoce
> >una forma más viable?.
> >
> >Muchas gracias.
> >
> >Marcos.
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
> >
> >
> >
>
>
> Julian Faivovich
>
> Herpetology
> Division of Vertebrate Zoology
> American Museum of Natural History
> Central Park West at 79th Street
> New York, NY 10024-5192,
> Ph : (212) 769-5856
> FAX: (212) 769-5031
>
>
>
>
___________________________________
¡Llevate a Yahoo! en tu Unifón!
Ahora podés usar Yahoo! Messenger en tu Unifón, en cualquier momento y lugar.
Encontrá más información en: http://ar.mobile.yahoo.com/sms.html
Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como codificar
algunos caracteres. En mis datos hay caracteres con no
comparables del tipo Cola presente/ausente, color de
cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
estilo).
Como me conviene entrarlos???? (como dos caracteres
indep.?, juntos con matrices de costos?, como
multiestado?. Mi idea es probar con matrices de costo
y entrandolos como caracteres indep.
Que me sugieren????
saludos,
Pancho
=====
Francisco Juan Prevosti
Departamento Científico
Paleontología Vetebrados,
Museo de La Plata,
Paseo del Bosque S/Nº,
1900 La Plata,
Buenos Aires - Argentina
__________________________________
Do you Yahoo!?
Meet the all-new My Yahoo! - Try it today!
http://my.yahoo.com
Otra posibilidad es que vuelvas a Genbank y clickees en el nombre de cada gen, el cual aparece despues de Features. Asi podes bajarte cada secuencia por separado directamente.
Saludos,
Romina
Marcos Mirande <jmcmirande@...> wrote:
Muchas gracias a ambos.
Un abrazo (dos abrazos, en realidad).
Marcos.
Ahora podés usar Yahoo! Messenger en tu Unifón, en cualquier momento y lugar. Encontrá más información aquí.
BioEdit es el que iba a recomendar tambien
muy bueno, y gratis
Hola Marcos!
lara
--- En clado@..., Julian Faivovich <julian@a...> escribió:
> en realidad podrias probar con el Bioedit, que es un excelente editor de
> secuencias, tambien disponible gratis en varios sitios.
>
> julian
>
> At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:
>
>
> >Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
> >genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
> >Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
> >una forma más viable?.
> >
> >Muchas gracias.
> >
> >Marcos.
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
> >
> >
> >
>
>
> Julian Faivovich
>
> Herpetology
> Division of Vertebrate Zoology
> American Museum of Natural History
> Central Park West at 79th Street
> New York, NY 10024-5192,
> Ph : (212) 769-5856
> FAX: (212) 769-5031
> &
> Center for Environmental Research & Conservation
> Columbia University
> 10th Floor, Schermerhorn Ext, MC 5557
> 1200 Amsterdam Avenue
> New York, N.Y. 10027
en realidad podrias probar con el Bioedit, que es un excelente editor de
secuencias, tambien disponible gratis en varios sitios.
julian
At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:
>Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
>genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
>Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
>una forma más viable?.
>
>Muchas gracias.
>
>Marcos.
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
Julian Faivovich
Herpetology
Division of Vertebrate Zoology
American Museum of Natural History
Central Park West at 79th Street
New York, NY 10024-5192,
Ph : (212) 769-5856
FAX: (212) 769-5031
&
Center for Environmental Research & Conservation
Columbia University
10th Floor, Schermerhorn Ext, MC 5557
1200 Amsterdam Avenue
New York, N.Y. 10027
Con Textpad (disponible gratis www.textpad.com) es mucho mas facil, porque
te permite seleccionar columnas.
saludos
julian
At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:
>Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
>genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
>Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
>una forma más viable?.
>
>Muchas gracias.
>
>Marcos.
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>
Julian Faivovich
Herpetology
Division of Vertebrate Zoology
American Museum of Natural History
Central Park West at 79th Street
New York, NY 10024-5192,
Ph : (212) 769-5856
FAX: (212) 769-5031
Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
una forma más viable?.
Muchas gracias.
Marcos.
El próximo lunes 22 de Noviembre a las 9:30 hs nos reunimos en el MACN para
discutir sobre áreas de endemismo en biogeografía.
Tenemos la suerte de que Claudia Szumik (Instituto Miguel Lillo - CONICET),
que trabaja en este tema, va a venir y exponer su trabajo reciente,
incluyendo programas, refinamientos de los métodos, y ejemplos reales.
Para los interesados, el trabajo que pueden leer está posteado en
Archivos\Bibliografía\Szumik et al 2002.pdf:
SZUMIK, C. A, F. CUEZZO, P. A. GOLOBOFF and A. E. CHALUP. 2002. An
Optimality Criterion to Determine Areas of Endemism. Syst. Biol. 51: 806-816.
Los esperamos!
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Hola,
Lo que busca el método éste, es calcular la probabilidad de un área de ser o
no parte del área ancestral. En mi caso al menos, me interesa también de los
otros nodos además del basal, para estimar las "áreas ancestrales" de grupos
de especies. En un árbol medianamente grande, y con muchas unidades de área
(como el mío), se vuelve bastante tedioso calcular los índices de
probabilidad para cada área, para cada nodo.
Muchas gracias,
Jman.-
Ah, ok. Solamente del nodo basal, o hay interés en las
probabilidades para cada uno de los nodos del árbol?
Martin
PS: Sugerencias para archivos en la carpeta Bibliografía:
--Nombre del archivo con formato de cita estándar (por ejemplo,
"Fulano et al 2001.pdf")
--Descripción con formato de referencia bibliográfica estándar (por
ejemplo, "Wiens, J. J. 2004. The Role of Morphological Data in
Phylogeny Reconstruction. Syst. Biol. 53(4):653-661.")
At 07:44 PM 11/12/2004, you wrote:
Optimizaciones
----- Original Message ----- From:Martin Ramirez To:clado@... Sent: Friday, November 12, 2004 7:40 PM Subject: RE: [clado] macro para pesado de caracteres
No entendí qué se busca. Optimizaciones? Arboles?
martin
At 06:51 PM 11/12/2004, you wrote:
>Sobre consulta de Jman y respuesta de Martín:
>o sea sobre "el pesado de Hausdorf":
>
>Creo que se entendió mal. El macro que propone Martín no serviría pa' esto.
>Lo que propone este muchacho (Don Hausdorf) es así:
>
>optimización de fitch para cada unas de las áreas (por separado) y contando:
>a. en el caso que el área NO esté en la raíz (entonces numero de veces
>que se gana)
>b. en el caso en que el área SI está en la raíz (entonces numero de veces
>que se pierde)
>Por tanto debemos pedirle al programa que fuerce los estados ancestrales.
>
>Luego pesar pa' cada caso con el numero de internodos que hay desde el
>ancestro (en realidad 1/N, n es el numero de internodos).
>Luego dividís lo que sacas en ganar por lo que sacas en perder y galerín:
>sale el PI! el probability index de que el área fuera parte del área ancestral.
>Se comparan todos los PI y te quedarías con el mejor...
>
>El muchacho está pensando en acctran y deltran... lo dice en pag. 447
>Creo que mas o menos es así la cosa. La fuente: Bernhard Hausdorf Syst.
>Biol. 47:445-456. 1998.
>
>Que tal un macro de esto Martín? je je!!
>
>>
Martín J. Ramírez
División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 168
fax +54 11 4982-4494
Subject: RE: [clado] macro para pesado de caracteres
No entendí qué se busca. Optimizaciones? Arboles? martin
At 06:51 PM 11/12/2004, you wrote: >Sobre consulta de Jman y respuesta de Martín: >o sea sobre "el pesado de Hausdorf": > >Creo que se entendió mal. El macro que propone Martín no serviría pa' esto. >Lo que propone este muchacho (Don Hausdorf) es así: > >optimización de fitch para cada unas de las áreas (por separado) y contando: >a. en el caso que el área NO esté en la raíz (entonces numero de veces >que se gana) >b. en el caso en que el área SI está en la raíz (entonces numero de veces >que se pierde) >Por tanto debemos pedirle al programa que fuerce los estados ancestrales. > >Luego pesar pa' cada caso con el numero de internodos que hay desde el >ancestro (en realidad 1/N, n es el numero de internodos). >Luego dividís lo que sacas en ganar por lo que sacas en perder y galerín: >sale el PI! el probability index de que el área fuera parte del área ancestral. >Se comparan todos los PI y te quedarías con el mejor... > >El muchacho está pensando en acctran y deltran... lo dice en pag. 447 >Creo que mas o menos es así la cosa. La fuente: Bernhard Hausdorf Syst. >Biol. 47:445-456. 1998. > >Que tal un macro de esto Martín? je je!! > >>
No entendí qué se busca. Optimizaciones? Arboles?
martin
At 06:51 PM 11/12/2004, you wrote:
>Sobre consulta de Jman y respuesta de Martín:
>o sea sobre "el pesado de Hausdorf":
>
>Creo que se entendió mal. El macro que propone Martín no serviría pa' esto.
>Lo que propone este muchacho (Don Hausdorf) es así:
>
>optimización de fitch para cada unas de las áreas (por separado) y contando:
>a. en el caso que el área NO esté en la raíz (entonces numero de veces
>que se gana)
>b. en el caso en que el área SI está en la raíz (entonces numero de veces
>que se pierde)
>Por tanto debemos pedirle al programa que fuerce los estados ancestrales.
>
>Luego pesar pa' cada caso con el numero de internodos que hay desde el
>ancestro (en realidad 1/N, n es el numero de internodos).
>Luego dividís lo que sacas en ganar por lo que sacas en perder y galerín:
>sale el PI! el probability index de que el área fuera parte del área ancestral.
>Se comparan todos los PI y te quedarías con el mejor...
>
>El muchacho está pensando en acctran y deltran... lo dice en pag. 447
>Creo que mas o menos es así la cosa. La fuente: Bernhard Hausdorf Syst.
>Biol. 47:445-456. 1998.
>
>Que tal un macro de esto Martín? je je!!
>
>>
Creo que se entendió mal. El macro que propone Martín no serviría pa' esto.
Lo que propone este muchacho (Don Hausdorf) es así:
optimización de fitch para cada unas de las áreas (por separado) y contando:
a. en el caso que el área NO esté en la raíz (entonces numero de veces que se gana)
b. en el caso en que el área SI está en la raíz (entonces numero de veces que se pierde)
Por tanto debemos pedirle al programa que fuerce los estados ancestrales.
Luego pesar pa' cada caso con el numero de internodos que hay desde el ancestro (en realidad 1/N, n es el numero de internodos).
Luego dividís lo que sacas en ganar por lo que sacas en perder y galerín: sale el PI! el probability index de que el área fuera parte del área ancestral.
Se comparan todos los PI y te quedarías con el mejor...
El muchacho está pensando en acctran y deltran... lo dice en pag. 447
Creo que mas o menos es así la cosa. La fuente: Bernhard Hausdorf Syst. Biol. 47:445-456. 1998.
Hola Juan Manuel
Yo no creo poder ayudarte ya que no se nada de programación. Es posible que si
hablas con Pablo te diga si es facible o no hacerlo.
Un abrazo
Sergio
*********** REPLY SEPARATOR ***********
On 11/11/04, at 01:10 p.m., jman_acunsa wrote:
>Hola a todos:
>
>Aprovecho esta primera vez que escribo para saludarlos a todos, y
>pedir un poco de ayuda, en especial a aquellos que tengan
>conocimientos de programación.
>
>La cosa es así: estoy trabajando con Biogeografía Histórica, con un
>método que requiere realizar una optimización de las áreas (como si
>fueran caracteres no ordenados) sobre la topología de un árbol, para
>cada nodo, y luego realizar un pesado simple de los 'pasos' de cada
>área-carácter en particular. Sé que no es una explicación demasiado
>clara, pero no la extiendo más para no jorobar demasiado.
>
>El problema de esto es que es bastante tedioso y repetitivo, y
>probablemente sea sencillo de implementar con una macro en tnt, cosa
>que desconozco absolutamente cómo realizar, y tal vez alguien pueda
>darme una mano con esto. Si interesa, puedo postear el trabajo
>original donde está mejor explicado el algoritmo en cuestión.
>
>Bueno, muchas gracias. Un gran saludo,
>
>Juan Manuel.-
>
>
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
Hola Juan Manuel,
Acabo de postear el macro:
http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/scripts/TNT/REWT.RUN
Si tenés que implementar una función específica que no esté puesta, editale
el código para que haga lo que quieras.
Martín
At 10:10 AM 11/11/2004, you wrote:
>Hola a todos:
>
>Aprovecho esta primera vez que escribo para saludarlos a todos, y
>pedir un poco de ayuda, en especial a aquellos que tengan
>conocimientos de programación.
>
>La cosa es así: estoy trabajando con Biogeografía Histórica, con un
>método que requiere realizar una optimización de las áreas (como si
>fueran caracteres no ordenados) sobre la topología de un árbol, para
>cada nodo, y luego realizar un pesado simple de los 'pasos' de cada
>área-carácter en particular. Sé que no es una explicación demasiado
>clara, pero no la extiendo más para no jorobar demasiado.
>
>El problema de esto es que es bastante tedioso y repetitivo, y
>probablemente sea sencillo de implementar con una macro en tnt, cosa
>que desconozco absolutamente cómo realizar, y tal vez alguien pueda
>darme una mano con esto. Si interesa, puedo postear el trabajo
>original donde está mejor explicado el algoritmo en cuestión.
>
>Bueno, muchas gracias. Un gran saludo,
>
>Juan Manuel.-
>
>
Buenas, perdon la molestia, pero alguien tiene el email de Santiago Catalano? chas graciasss... Caco
Lic. Marcela S. Rodriguero Laboratorio de Genética Evolutiva Departamento de Ecología, Genética y Evolución Intendente Güiraldes y Costanera Norte s/n Pabellon II - Ciudad Universitaria (1428) Capital Federal República Argentina
Ahora podés usar Yahoo! Messenger en tu Unifón, en cualquier momento y lugar. Encontrá más información aquí.
Hola a todos:
Aprovecho esta primera vez que escribo para saludarlos a todos, y
pedir un poco de ayuda, en especial a aquellos que tengan
conocimientos de programación.
La cosa es así: estoy trabajando con Biogeografía Histórica, con un
método que requiere realizar una optimización de las áreas (como si
fueran caracteres no ordenados) sobre la topología de un árbol, para
cada nodo, y luego realizar un pesado simple de los 'pasos' de cada
área-carácter en particular. Sé que no es una explicación demasiado
clara, pero no la extiendo más para no jorobar demasiado.
El problema de esto es que es bastante tedioso y repetitivo, y
probablemente sea sencillo de implementar con una macro en tnt, cosa
que desconozco absolutamente cómo realizar, y tal vez alguien pueda
darme una mano con esto. Si interesa, puedo postear el trabajo
original donde está mejor explicado el algoritmo en cuestión.
Bueno, muchas gracias. Un gran saludo,
Juan Manuel.-
Hola gente,
Hace unas semanas me sumé al grupo pero he sido muy descortés en no presentarme.
Mi nombre es Daiana, y etoy laburando en un género de ranas neotropicales,
básicamente en filogenia en base a caracteres morfológicos.
Un beso a todos,
Daiana Ferraro
Sección Herpetología
División Zoología Vertebrados
Museo de La Plata
Paseo del Bosque S/N° (B1900FWA)
La Plata, Buenos Aires, Argentina
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