Secretaría de Posgrado -Facultad de Ciencias Agrarias
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Estimados Colegas,

IABIN ha abierto un nuevo llamado para fondos
semilla para para digitalizar datos de la Red de Especies y Especimenes:

http://www.iabin.net/Species-Specimens-/-Especies-Especimenes/View-category.html

Espero que puedan aprovechar esta oportunidad,
tal como lo hay hecho varias instituciones de nuestro país:

http://www.oas.org/dsd/IABIN/Component2/Species.htm
http://www.oas.org/dsd/IABIN/Component2/Specimens.htm

Atentamente,

Martin J. Ramirez
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494


-----Original Message-----
From: Besana, Rita
Sent: Friday, January 16, 2009 1:50 PM
To: 'iabinfriends@...'
Subject: Specimens Call for proposals / Llamado a Concurso para Especimenes

[English starts here, ver Español abajo]

Dear IABIN Friends

Please find attached the fifth IABIN Specimens and Species Thematic Network
(SSTN) Request for Proposals (RfP), both in
English and Spanish, to digitize SPECIMEN data.
Please note that the deadline for submitting
proposals is March 2, 2009. We would appreciate
your sending the RfPs to interested organizations in your country.

For questions, please contact Rita Besana
(rbesana@... ) or Erick Mata (emata@...)

Thank you.


Estimados Amigos de IABIN,

Adjunto encontrarán el quinto Llamado a Concurso
para digitalizar datos de la Red de Especies y
Especimenes de IABIN (SSTN), tanto en inglés como
en Español para digitalizar datos de ESPECIMENES.
Por favor tomen nota que la fecha límite para
recibir propuestas es el 2 de marzo de 2009.
Agradeceríamos que envíen el Llamado a Concurso a
organizaciones interesadas en su país.

Para cualquier pregunta, favor de contactar a Rita Besana
(rbesana@...) o a Erick Mata (emata@...).

Rita I. Besana
Content Manager/Gerente de Contenido
Inter-American Biodiversity Information Network
(IABIN) Organization o <<Llamado a concurso
especimenes Ene09.doc>> f American States -
OAS/OEA Edificio 801, Ciudad del Saber, Clayton Panamá, República de Panamá
Tel: (507) 317-1993, 317-1994; Fax: (507 317-1992
E-mail: rbesana@...
Skype: rbesana



Martin J. Ramirez
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494

Date: Tue, 27 Jan 2009 13:10:05 -0600
From: Paula Mabee <paula.mabee@...>
To: <phenoscape-discuss@...>
Subject: [Phenoscape-discuss] Summer Training Opportunity: Phenoscape,
         Ontologies, NESCent, USD

Hi all,
 Would you please bring this opportunity to the attention of your students and postdocs?  Thanks – Paula

Summer Training Opportunities for Graduate Students and Postdocs

Phenoscape (http://phenoscape.org) is a pioneering effort to apply ontologies to comparative biology.  The project aims to relate traditional character descriptions from fish evolutionary studies to zebrafish genetics and mutant phenotypes.  This is being achieved by a large-scale data curation effort, as well as the development of new software and database technologies.

We are offering summer traineeships for graduate students and postdocs interested in gaining expertise in informatics and the application of ontologies to evolutionary, anatomical, developmental, and genetic data.  Opportunities are available to work as part of the Phenoscape team on data curation or open source software/database development.  Participants would be located at the National Evolutionary Synthesis Center, http://nescent.org or the University of South Dakota.  Stipends of $5,000 will be given to participants to cover travel, room and board for 10-12 weeks.

To apply, please provide the following:

1. A cover letter of no more than 2 pages with
   1. your name
   2. your current status (grad or postdoc)
   3. your institutional affiliation and research supervisor
   4. the dates of the proposed exchange, and your preferred location (Durham, North Carolina or Vermillion, South Dakota)
   5. your current research goals, and an indication of where you are in your research timeline
   6. the relevance of the internship opportunity to your research and/or career goals.
   7. the extent of your background training in, e.g., morphology, paleontology, molecular/developmental biology, programming, computer or information science.
2. A curriculum vitae (max. 2 pages) listing educational history (including relevant coursework), work experience, publications, and presentations.
3. A letter of recommendation from your advisor/supervisor, and the names and contact information for two other references. 

Applications should be sent via email (in Word or PDF format) to Dr. Paula Mabee ( pmabee@... ) before March 15, 2009.  Funding decisions will be made by April 1, 2009.  Further inquiries about the position may be directed to Dr. Mabee by email, or by phone at (605) 677-6171.

Reporting Requirement: Recipients will be expected to submit a 1-page report describing the accomplishments and value of the training within one month after the end of the internship.
 
NESCent and the University of South Dakota are equal opportunity employers. Applications from women and underrepresented minorities are specifically encouraged.  Phenoscape is funded by NSF grant BDI-0641025 from the National Science Foundation.
------------------------------------------------------------------------------
This SF.net email is sponsored by:
SourcForge Community
SourceForge wants to tell your story.
http://p.sf.net/sfu/sf-spreadtheword
_______________________________________________
Phenoscape-discuss mailing list
Phenoscape-discuss@...
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/phenoscape-discuss

Estimado Samuel (y otros clado-miembros),

contra lo que tu mensaje sugiere, TNT puede leer las matrices de
aminoacidos como tales; para esto, debes incluir el comando "nstates
prot;" antes de la matriz (o "&[prot]" al iniciar el bloque que contiene
AA, si es que estás mezclando AA y otros tipos de caracteres).  Al darle
los costos (con el comando "cost"), puedes usar el código IUPAC para los
estados. Si has mezclado tipos de caracteres en tu matriz, y quieres leer
costos para uno de los tipos, usas "nstates / prot;" para leer los estados
como AA, y "nstates / dna;" como DNA.

Attenti que si estás usando un editor como Mesquite o NDE para salvar los
datos de proteínas en formato alfanumérico, la correspondencia entre
números y estados estará dada por Mesquite o NDE, no por TNT, y entonces
usar el "nstates / prot;" te puede producir los costos incorrectos.
Entonces, si estás usando Mesquite o NDE, deberás experimentar para
averiguar qué número corresponde a cada aminoacido.  O, alternativamente,
salvar los datos en formato de proteínas --probablemente esto será lo más
sencillo.

Saludos y suerte,

--Pablo Goloboff


> Hola, les comento lo que estoy haciendo y les pido que lo que crean
> apropiado me lo digan, dado que me estoy iniciando en esto de la filogenia
> por lo que son bienvenidas las sugerencias.
> Yo trabajo en Virologia y como parte de mi tesis tengo que hacer un
> analisis filogenetico, el tema es que existen pocas secuencias completas
> de los genes que tengo que analizar y muchas seq parciales. En la
> bibliografia solo existen árboles y analisis realizados con el MEGA y
> alguno que otro con Likelihood.
> Yo quiero hacer un analisis exaustivo con el TNT (manejo el programa),
> pero muchos de los resultados no coinciden con los observados en la
> bibliografia, otros coinciden cuando hago un pesado a priori (usando
> la matriz Sankov), el tema es que no se como aplicar matrices de pesos a
> priori para aminoácidos. el TNT tiene numeros y no que numero corresponde
> a cada aminoácido.
>
> Bueno si alguien me tira tips sobre que analisis ir haciendo primero, son
> bienvenidos.
>
> Saludos y mil gracias.
>
> Samuel
>
> --- El jue 15-ene-09, Marcos Mirande <mcmirande@...> escribió:
>
> De: Marcos Mirande <mcmirande@...>
> Asunto: Re: [clado] sobre concavidades (otra vez!)
> Para: clado@...
> Fecha: jueves, 15 de enero de 2009, 2:19 pm
>
>
>
>
>
>
> Hola Gabriel,
>
>  sí; tenés razón sobre la "razonabilidad"; el macro solo uniformiza las
> búsquedas entre diferentes matrices... pero el rango que usemos sigue
> siendo usuario-dependiente .
>
> Me parece que la congruencia con análisis moleculares puede ser un
> justificativo para preferir el rango más alto de K (y esperar que a los
> arbitros le guste...). Por eso te decía lo de la visión taxonómica del
> asunto: yo también tiendo a "resolver" cosas, al menos provisoriamente, en
> lugar de lavarme las manos y no decir nada (que sería el caso de tu
> consenso estricto).
>
> Bueno, no tengo mucho más para decir (desde el mail anterior, jaja, pero
> algo tenía que decir)
>
> Saludos, Marcos.
>
>
> El 15 de enero de 2009 15:09, Rua Gabriel Hugo <ruagabri@agro. uba.ar>
> escribió:
>
>
>
>
>
>
>
> Hola Marquitos!
> Gracias por los comentarios. Es cierto que podés asumir el rango de k
> producido por tu macro como "razonable", pero es sólo correr de lugar la
> discusión. Digo, cómo justificás que el rango de distorsiones producido
> por esos valores de k (50 a 90%) es razonable? Qué es lo que hace que una
> distorsión cercana al 90% sea "razonable" y no "excesiva"?
> Con respecto a la otra cuestión, lo que ocurre en mi caso es que si
> presento un consenso de todo el rango casi no tengo resolución, pero lo
> que hay en realidad son dos conjuntos de árboles parecidos entre sí, con
> un cambio muy drástico más o menos por el medio del rango de concavidades.
> Los árboles encontrados con k bajos son mucho menos consistentes con un
> par de análisis publicados por ahí con datos moleculares (ITS y sitios de
> restricción del cpDNA), en particular porque incluyen adentro a dos
> géneros del outgroup (que sin duda quedan afuera en los análisis
> moleculares) . Así las cosas, suena más lógico tomar como "bueno" el
> segundo rango (el de k más altos), y comentar medio al paso lo que ocurre
> con el otro...
> Bueno, gracias de nuevo. Saludos!
> GHR
>
>
>
> El 14 de enero de 2009 17:25, Marcos Mirande <mcmirande@gmail. com>
> escribió:
>
>
>
>
>
>
>
> Hola Gabriel, como va todo?
>
> Qué embole no? es el viejo dilema entre decir cosas y equivocarse, o decir
> sólo las trivialidades de las que estemos seguros (elegir un valor de K
> vs. hacer un consenso entre todas las K).
>
> Con respecto a las K de 6 a 15... en realidad, el rango "razonable" de K
> para tu matriz de datos en particular es lo que ya calcula el macro. Si
> usaras ese macro para una matriz más chica o limpia te haría búsquedas
> entre 1 y 10; o entre 25 y 300 si fuera más grande o sucia. Entonces en
> este punto vos ya tenés un rango de K más o menos "razonables", y el rango
> que al final elijas para la hipótesis final debería obtenerse por otro
> criterio.
>
> Con respecto al dilema inicial, no tengo mucho que aportar. En mi caso
> particular yo (tenía un solo rango de mayor estabilidad) yo terminé
> presentando un consenso en ese rango como solución "final", pero propuse
> categorías taxonómicas sólo para los nodos constantes en todo el rango
> explorado. Quizás en tu caso haría algo parecido, presentando el segundo
> rango como "solución final".
>
> Espero haber aportado algo.
>
> Un abrazo
>
> Feliz 2009 para todos
>
> Marcos
>
>
>
> El 14 de enero de 2009 15:14, Rua Gabriel Hugo <ruagabri@agro. uba.ar>
> escribió:
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Hola gente, y feliz 2009!
> En un análisis bajo pesos implícitos (el que mostré en Tucumán) usando un
> rango de concavidades entre 2.8 y 25.3 (33 valores de k seleccionados
> usando el script de Marcos), resultan dos regiones de máxima estabilidad,
> una más o menos entre k=3 y k=5.5, y la otra entre k=8 y k=11. Un poco
> intuitivamente, e influido por algún comentario de Pablo acerca de que un
> rango "razonable" de k sería más o menos entre 6 y 15, tengo ganas de
> preferir la segunda solución y basar (no exclusivamente, pero
> principalmente) algunas conclusiones en ella. Sin embargo, debería
> justificar por qué y no encuentro cómo hacerlo de manera razonable (quiero
> decir, citando alguna publicación que demuestre que valores muy bajos de k
> producen una distorsión excesiva o algo así). Algo tiene alguna idea al
> respecto?
> Gracias!
> GHR
>
>
>
>
>
> ____________ _________ ___
> GABRIEL HUGO RUA
> Cátedra de Botánica Agrícola,
> Facultad de Agronomía,
> Universidad de Buenos Aires.
> Avenida San Martín 4453,
> C1417DSE Buenos Aires,
> ARGENTINA
> Tel: +54-11-4524 8000 int. 8173
> Email: ruagabri@agro. uba.ar
>
>
>
>
> --
> Juan Marcos Mirande
> Fundación Miguel Lillo - CONICET
> Miguel Lillo 251
> (4000) San Miguel de Tucumán
> Argentina
>
>
>
>
> --
>
> ____________ _________ ___
> GABRIEL HUGO RUA
> Cátedra de Botánica Agrícola,
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> Universidad de Buenos Aires.
> Avenida San Martín 4453,
> C1417DSE Buenos Aires,
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> Tel: +54-11-4524 8000 int. 8173
> Email: ruagabri@agro. uba.ar
>
>
>
> --
> Juan Marcos Mirande
> Fundación Miguel Lillo - CONICET
> Miguel Lillo 251
> (4000) San Miguel de Tucumán
> Argentina
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>       Yahoo! Cocina
> Recetas prácticas y comida saludable
> http://ar.mujer.yahoo.com/cocina/

Hola gente, alguno de ustedes podría enviarme la versión en pdf del
siguiente capítulo de libro?

Lauder, G. V. 1995. On the inference of function from structure. pp.
1-18, In: Functional Morphology in Vertebrate Paleontology. J. J.
Thomason (Ed). Cambridge Univ. Press: Cambridge.

Gracias,

Judith Babot

Dear Colleague,
 
The Department of Biological Sciences at The George Washington University invites applications for Two Faculty Positions in Systematics and Evolution with an appointment date starting in September 2009. The first is the Robert Griggs Professor, a tenure-track Assistant or Associate professorship in Phylogenetic Biogeography/Co-evolution. The second position is the Louis Weintraub Professor, a tenure-track Assistant or Associate professorship in Molecular Systematics. I am asking for your help in locating outstanding researchers to fill out these two faculty positions. For the Phylogenetic Biogeography/Co-evolution we seek a phylogeneticist who uses comparative data to study historical biogeography or interactions among species (for example, parasites and their hosts or herbivores and their host plants). For the Molecular Systematics position we search for a researcher that uses molecular data to address questions in phylogeny, systematics, and evolution.  For both positions we seek exceptional candidates whose teaching and research interests will expand and strengthen our Weintraub Program in Systematics and Evolution.
Located in Washington, D.C., the Department of Biological Sciences at The George Washington University offers outstanding opportunities for undergraduate and graduate education and research. Through the Weintraub Program, and jointly with the Smithsonian’s National Museum of Natural History, we offer a unique and multidisciplinary academic environment for the study of biodiversity and evolutionary history (visit http://www.gwu.edu/~clade for additional information and http://www.gwu.edu/~biology for information about our department and its programs). The George Washington University is an Equal Opportunity/Affirmative Action Employer. The University Search Committee seeks to attract an active, culturally and academically diverse faculty of the highest caliber.
 
Required Qualifications: Ph.D. in Biology or related field. Commitment to scholarly research as evidenced by publications in scholarly journals and scholarly works in progress. Research that uses comparative data to study historical biogeography or interactions among species (Phylogenetic Biogeography/Co-evolution) or research that uses molecular data to address questions in phylogeny, systematics, and evolution (Molecular Systematics). Candidates that wish to be considered at the associate level should have already achieved associate rank or have at least seven years of experience as a faculty member or museum curator.
 
Preferred Qualifications: Postdoctoral experience. Evidence of obtaining external research support or of submitting proposals for funding. Demonstrated teaching excellence as indicated by research presentations, teaching assessments or letters of reference.
 
Review of applications begins January 2, 2009 and will be ongoing until the position is filled.  Application Procedure:  Interested candidates should email a letter of application, indicating the position they are applying for, curriculum vitae, a statement of research and teaching interests, electronic copies of up to three publications, and have three letters of recommendation sent (Assistant Professor applicants) or provide a list of references (Associate Professor applicants) to:
 
Weintraub Search Committee Chair
Department of Biological Sciences
340 Lisner Hall
2023 G Street, NW
The George Washington University
Washington, D.C. 20052
Email: wsearch@...
Phone: 202-994-6090
 
Only complete applications will be considered.
 
Sincerely,
 
 
 
Gustavo Hormiga
Ruth Weintraub Professor of Biology
Department of Biological Sciences, The George Washington University
Washington, D.C. 20052
Tel. (202) 994-0302 (lab), 994-1095 (office), FAX (202) 994-6100
E-mail: hormiga@...

Home Page: http://www.gwu.edu/~spiders
ATOL Project: http://research.amnh.org/atol/files/index.html
PEET Project: http://www.gwu.edu/~spiders/peet.htm
PBI Goblin Spider Project: http://research.amnh.org/oonopidae
LinyGen: http://www.gwu.edu/~linygen/
 

 
Hola Martín y Matías,

estuve unos días sin correo, por eso no contesté antes...
 
lo que propone Matías es buena idea, pero no va a funcionar, ya que el mapeo en colores se indica con una variable seteada desde la interfase de Windows; los mismos comandos ejecutados desde la linea de comando o un archivo NO producirán colores. 

La manera de hacer lo que pide Martín sería usando la opcion que te permite mostrar los tree-tags en colores:

        ttag - ;                      /*  para asegurarte que no hay etiquetas previas  */
        ttag = ;                     /*  para comenzar a registrar etiquetas  */
        map  X / Y ;            /*   esto tiene que ser UN caracter y UN arbol  */
        ttag : ;                     /*  mostrar etiquetas en color  */

Saludos,

--Pablo

----- Original Message -----

From: Martin Ramirez

To: clado@...

Sent: Thursday, November 06, 2008 11:47 AM

Subject: [clado] mapeo en colores?

Hola,

Necesito mapear en colores en TNT desde la línea de comando, usando algo tipo:

map [ 0.40/133 ;

No consigo que me lo muestre en colores. Tengo tildado estos dos:

Format > Map characters in color

Format > Preview trees

Si lo hago desde el menú (Optimize > Characters >

common mapping) me sale en color, pero desde comando no.

Help please!!!

Chas gracias,

Martín

Martin J. Ramirez

Curador General & División Aracnología

Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET

Av. Angel Gallardo 470

C1405DJR Buenos Aires

Argentina

tel +54 11 4982-8370 int. 169

fax +54 11 4982-4494

----- Original Message -----

From: Martin Ramirez

To: clado@...

Sent: Thursday, November 06, 2008 11:47 AM

Subject: [clado] mapeo en colores?

Hola,

Necesito mapear en colores en TNT desde la línea de comando, usando algo tipo:
map [ 0.40/133 ;

No consigo que me lo muestre en colores. Tengo tildado estos dos:
Format > Map characters in color
Format > Preview trees

Si lo hago desde el menú (Optimize > Characters >
common mapping) me sale en color, pero desde comando no.

Help please!!!

Chas gracias,

Martín

Martin J. Ramirez
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494

Hola,

Este mensaje sirve para notificarle que se ha cargado
un archivo a la sección Archivos del grupo clado.

   Archivo     : /Bibliografía/Farris 1973 On comparing the shapes of taxonomic
trees.pdf
   Responsable : jliria2 <jliria2@...>
   Descripción : Farris 1973...coeficiente de distorsion

Puede acceder al archivo en la dirección

http://ar.groups.yahoo.com/group/clado/files/Bibliograf%80%A0%A6%EDa/Farris%2019\
73%20On%20comparing%20the%20shapes%20of%20taxonomic%20trees.pdf

Para más información acerca de cómo compartir archivos con su grupo,
consulte nuestra sección de ayuda en

http://help.yahoo.com/help/ar/groups/files

Atentamente,

jliria2 <jliria2@...>

A lo mejor podes intentar escribir en la linea de comandos ECHO (o echos, no recuerdo bien) seguido de enter. Luego hacer lo que querés desde el menú. Debería aparecerte en la pantalla el comando de lo que acabas de hacer por la linea de menú.

--- El jue 6-nov-08, Martin Ramirez <ramirez@...> escribió:

De: Martin Ramirez <ramirez@...>

Asunto: [clado] mapeo en colores?

Para: clado@...

Fecha: jueves, 6 de noviembre de 2008, 11:47 am

Hola,

Necesito mapear en colores en TNT desde la línea de comando, usando algo tipo:

map [ 0.40/133 ;

No consigo que me lo muestre en colores. Tengo tildado estos dos:

Format > Map characters in color

Format > Preview trees

Si lo hago desde el menú (Optimize > Characters >

common mapping) me sale en color, pero desde comando no.

Help please!!!

Chas gracias,

Martín

Martin J. Ramirez

Curador General & División Aracnología

Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET

Av. Angel Gallardo 470

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