From: Adriana Marvaldi

To: clado@...

Sent: Wednesday, January 19, 2005 2:41 PM

Subject: Re: [clado] proteinas y parsimonia

Hola Julian,

 

creo que las dos opciones son ciertas... Teoricamente seria redundante combinar ambos en un mismo analisis (si, fui yo!!...y sin ayuda del vino de Cafayate...). Pero si podes elegir usar uno u otro (cada uno ofrece sus ventajas)...y despues la sigo que me tengo que ir...

Adriana Marvaldi

*********** REPLY SEPARATOR ***********

On 07/01/05 at 01:17 p.m. santiago catalano wrote:

Hola a todos, como va?  

Queria consultarles sobre una charla que hubo en las jornadas de cladistica de cordoba del 2003? Creo que la charla la dio J. Wenzel, no me acuerdo bien, y era sobre usar proteinas y filogenia. Saben si alguna vez publico algo sobre eso?

 

Ademas creo que  hubo una persona que en Salta presento una filogenia que que incluia en un mismo analisis AA y nucleotidos. Se acuerdan o yo estaba tan en pedo que estoy hablando boludeces? De ser cierta la primer opcion, saben el mail de esa persona? De ser cierta la segunda, disculpen el vino de Cafayate estaba barbaro!

 

Por ultimo les pido por favor que si saben de alguna discusion reciente sobre analisis de parsimonia y proteinas  que me avisen.

 

bye y chas gracias

 

Santiago Catalano

 

 

 

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1.      Antecedentes

Hola a todos, como va?  

Queria consultarles sobre una charla que hubo en las jornadas de cladistica de cordoba del 2003? Creo que la charla la dio J. Wenzel, no me acuerdo bien, y era sobre usar proteinas y filogenia. Saben si alguna vez publico algo sobre eso?

 

Ademas creo que  hubo una persona que en Salta presento una filogenia que que incluia en un mismo analisis AA y nucleotidos. Se acuerdan o yo estaba tan en pedo que estoy hablando boludeces? De ser cierta la primer opcion, saben el mail de esa persona? De ser cierta la segunda, disculpen el vino de Cafayate estaba barbaro!

 

Por ultimo les pido por favor que si saben de alguna discusion reciente sobre analisis de parsimonia y proteinas  que me avisen.

 

bye y chas gracias

 

Santiago Catalano

 

 

 

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Hola, miren qué interesante este trabajo.  Martín

What determines the citation frequency of ecological papers?

Roosa Leimu and Julia Koricheva

Section of Ecology, Department of Biology, University of Turku,
FIN-20014, Turku, Finland

Trends in Ecology & Evolution
Volume 20, Issue 1 , January 2005, Pages 28-32
Available online 17 November 2004.


Citation frequencies of scientific articles are increasingly used for
academic evaluation in various disciplines, including ecology.
However, the factors affecting citation rates have not been
extensively studied. Here, we examine the association between the
citation frequency of ecological articles and various characteristics
of journals, articles and authors. Our analysis shows that the annual
citation rates of ecological papers are affected by the direction of
the study outcome with respect to the hypothesis tested (supportive
versus unsupportive evidence), by article length, by the number of
authors, and by their country and university of affiliation. These
results cast doubt on the validity of using citation counts as an
objective and unbiased tool for academic evaluation in ecology.

Theory and Practice of Direct Optimization using POY

American Museum of Natural History
New York, NY
May 16-18, 2005

Instructors:

Gonzalo Giribet
Associate Professor of Biology and Associate Curator of Invertebrates
Museum of Comparative Zoology, Department of Organismic & Evolutionary
Biology
Harvard University

Ward Wheeler
Curator of Invertebrates
Division of Invertebrate Zoology
American Museum of Natural History

This three-day course is intended (but not restricted) for graduate
students and postdoctoral fellows.  It will include systematic theory,
tree search and character optimization techniques under parsimony and
maximum likelihood, use of parallelism in POY, and hands-on use of POY
including example data sets.

Graduate Students and postdocs are eligible for a US$500 travel grant
(consideration may be given to the number of labs/universities
represented).

To apply, please send the following materials to Tanya Das
(tdas@...), Government Relations, American Museum of Natural
History, Central Park West at 79th St, New York, NY 10024-5192:

               1. Curriculum vitae
               2.  500 word statement of current research
               3.  Letter from advisor (if student or postdoc)

Deadline for applications is March 1st, 2005. Admissions and travel
awards will be announced by March 31st.

This course is supported by a grant from the National Aeronautics and
Space Administration.

tienen idea si existe alguna pagina donde esten
colgados los trabajos de las Cladistics viejas (las
que no estan en la biblioteca electronica de la
Secyt)???


Pancho

=====
Francisco Juan Prevosti
Departamento Científico
Paleontología Vetebrados,
Museo de La Plata,
Paseo del Bosque S/Nº,
1900 La Plata,
Buenos Aires - Argentina



__________________________________
Do you Yahoo!?
Yahoo! Mail - Find what you need with new enhanced search.
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gracias julian me voy a fijar

bye

 

santiago

Julian Faivovich <julian@...> wrote:

Hola Santiago,
Creo que salio en Cladistics 19 (4): 333-347.
Y en Salta, creo lo utilizo Adriana Marvaldi en su presentacion.

Saludos

julian



At 11:17 AM 1/7/05, you wrote:
>Hola a todos, como va?
>Queria consultarles sobre una charla que hubo en las jornadas de
>cladistica de cordoba del 2003? Creo que la charla la dio J. Wenzel, no me
>acuerdo bien, y era sobre usar proteinas y filogenia. Saben si alguna vez
>publico algo sobre eso?
>
>Ademas creo que  hubo una persona que en Salta presento una filogenia que
>que incluia en un mismo analisis AA y nucleotidos. Se acuerdan o yo estaba
>tan en pedo que estoy hablando boludeces? De ser cierta la primer opcion,
>saben el mail de esa persona? De ser cierta la segunda, disculpen el vino
>de Cafayate estaba barbaro!
>
>Por ultimo les pido por favor que si saben de alguna discusion reciente
>sobre analisis de parsimonia y proteinas  que me avisen.
>
>bye y chas gracias
>
>Santiago Catalano
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1200 Amsterdam Avenue
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Hola Santiago,
Creo que salio en Cladistics 19 (4): 333-347.
Y en Salta, creo lo utilizo Adriana Marvaldi en su presentacion.

Saludos

julian



At 11:17 AM 1/7/05, you wrote:
>Hola a todos, como va?
>Queria consultarles sobre una charla que hubo en las jornadas de
>cladistica de cordoba del 2003? Creo que la charla la dio J. Wenzel, no me
>acuerdo bien, y era sobre usar proteinas y filogenia. Saben si alguna vez
>publico algo sobre eso?
>
>Ademas creo que  hubo una persona que en Salta presento una filogenia que
>que incluia en un mismo analisis AA y nucleotidos. Se acuerdan o yo estaba
>tan en pedo que estoy hablando boludeces? De ser cierta la primer opcion,
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Hola Santiago,
Creo que salio en Cladistics 19 (4): 333-347.
Y en Salta, creo lo utilizo Adriana Marvaldi en su presentacion.

Saludos

julian



At 11:17 AM 1/7/05, you wrote:
>Hola a todos, como va?
>Queria consultarles sobre una charla que hubo en las jornadas de
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Miembro de Clado
clado@...
Argentina*

Estimados familiares, amigos y colegas,
Chers membres de la famille, amis et collègues,
Dears friends and collegues,

Tenemos fé de que estén bien y planeando el 2005. Les deseamos un 2005 lleno de
logros y de felicidad.

Cette période de fêtes et de bilans est le moment de reprendre contact et de
vous souhaiter une année 2005 pleine de succès et de joie.

We take the opportunity of the end of the 2004 to wish you a successfull 2005,
full of joy and friendship.

Amigos nicaraguenses, nuestros mejores deseos de paz y prosperidad. Aprovechamos
la oportunidad para recordarles que tenemos un boletincito de anuncios
culturales donde Usted se puede informar de muchas actividades, pero también de
oportunidades de becas. También puede comunicar a los demas sus actividades.
Para recibir este boletincito se puede inscribir aenviando un correo a :
Museoentomologico-subscribe@...
O enviarme un correo a jmmaes@..., que con todo gusto los pongo en la
lista.

Comme chaque année, le Musée Entomológique organise des voyages d'étude des
insectes du Nicaragua. Cette année nous organiserons aussi un voyage d'étude des
oiseaux. Pour ne pas surcharger cette petite lettre, je vous invite a examiner
nos propositions sur notre site : http://www.ibw.com.ni/u/jmmaes/FieldTrips.htm

As a tradition, each year the Entomological Museum organise some Field Trips to
study the Nicaraguan insects (this year also birds). To avoid a too long letter,
I invite you to check our 2005 proposals on the web site at :
http://www.ibw.com.ni/u/jmmaes/FieldTrips.htm

Como cada año, el Museo Entomológico está organizando varias giras de campo de
estudio o observación de insectos de Nicaragua. Este año ademas estaremos
organizando una gira de observación de aves. Para no poner demasiado peso a este
correo, les invito a ver nuestras propuestas para 2005 en la pagina web :
http://www.ibw.com.ni/u/jmmaes/FieldTrips.htm

A tous nos amis francophones et francophiles, et spécialement au réseau des
Alliances Françaises, nous souhaitons, de la part de l'Alliance Française de
León (afleon@...) de joyeuses fêtes de fin d'année et une saison
culturelle 2005 pleine de nouveautés.

To all the birds and butterfly watchers we wish, in name of ALAS (Alianza para
las Areas Silvestres) (http://www.avesnicaragua.org/) and the Entomological
Museum of Leon, a lot of fun and nice observations for 2005.

A tous les naturalistes nous souhaitons, de la part de ALAS (Alianza para las
Areas Silvestres) (http://www.avesnicaragua.org/) et du Musée Entomologique de
Leon, bien de l'amusement et des découvertes interessantes.

A todos los naturalistas deseamos, a nombre de ALAS (Alianza para las Areas
Silvestres) (http://www.avesnicaragua.org/) y del Museo Entomológico de León,
mucho placer e interesantes descubrimientos para 2005.

Feliz año nuevo 2005.
Bonne Année 2005.
Happy New Year 2005.

				 Jean-Michel Maes
				 Juana Téllez
				 Anne Isabelle Maes Téllez



*Si los datos no son correctos, por favor actualizarlos.
* Si cette information est incorrecte, s'il vous plait, envoyez moi les données
actualizées.
* If this information is not correct, please send me actualized information.

MUSEO ENTOMOLOGICO
AP 527 / LEON / NICARAGUA
tel 505-3116586 / FAX 505-3110126
jmmaes@...
jmmaes@...
afleon@... (solo para emergencia, si jmmaes no responde)

http://www.ibw.com.ni/~jmmaes (pequeña pagina de contacto)
www.avesnicaragua.org (aves, oiseaux, birds)
http://www.insectariumvirtual.com/termitero/nicaragua/welcome.htm (Home page)
www.museum.unl.edu/research/entomology/database2/honduintro.htm Scarabaeidae)
www.windsofkansas.com/nicaragua.html (Odonata)
www.geocities.com/krislinde/pdf/JMMAES.pdf (bibliografia)
www.estasemanatv.com/05012003/04.asx (mariposas)
http://www.coleoptera.org/p1760.htm (Lucanidae genera)

The European Commission supports the Marie-Curie Early- Stage Training
programme "Systems Biology" for the coming four years.


Within this programme, five positions for Ph.D. students are available in
projects that combine experimental studies and mathematical modelling to
achieve a better understanding of cellular processes. Positions are
available in Göteborg, Sweden (two positions, group leaders Stefan Hohmann,
Olle Nerman), Berlin, Germany (two positions, group leaders Edda Klipp,
Reinhart Heinrich) and in Amsterdam, The Netherlands (one position, group
leader Roel van Driel). Individual projects will be performed in collabo

The programme also calls for fully supported short-term visits (typically
six months) of Ph.D. students at any of these locations during the coming
four years.


Students must not be nationals of the country where they will perform their
studies. For more details about conditions and procedures check at
http://www.gmm.gu.se/EST .


Deadline for applications is January 15, 2005, with possible starting dates
during 2005. Applications must be submitted in the format and according to
procedures described on the website above.


Dr. Stefan Hohmann, professor
Chief editor: Current Genetics
Department of Cell and Molecular Biology/Microbiology
Göteborg University
Box 462
S-405 30 Göteborg, Sweden

Para distribuír...



OFRECIMIENTO DE BECA

BECA de nivel inicial EN EL AREA BOTANICA para graduado universitario del
área Ciencias Biológicas, en el marco del proyecto de la Agencia Nacional
de Promoción Científica y Tecnológica, PICT-11739

Un año, renovable hasta tres años, con posibilidad de realizar un Doctorado-
40 horas semanales - Estipendio: $ 720 (básico) + 320 (incremento)

REQUISITOS: Licenciado en Biología, interesado en Sistemática Molecular,
menor de  35 años, con conocimiento de inglés y manejo de programas de
computación (procesador de textos, hoja de cálculo, con preferencia en
programas estadísticos y cladísticos).


TEMA: " Estudios de evolución en el género Urochloa (Paniceae: Poaceae):
una filogenia molecular utilizando marcadores genéticos del cloroplasto y
del núcleo."

Se realizará un estudio evolutivo en especies del género Urochloa y géneros
afines pertenecientes al clado PCK (Brachiaria, Eriochloa, Chaetium,
Urochloa y Melinis). Se buscará poner a prueba la monofilia del género y
establecer clados monofiléticos robustos en relación con caracteres
morfológicos diagnósticos.
El estudiante será entrenado en técnicas de secuenciación de ADN, técnicas
cladísticas, trabajo de campo y sistemática botánica.

DIRECTOR: Dr. Osvaldo Morrone

LUGAR DE TRABAJO: Instituto de Botánica Darwinion (IBODA).
Labardén 200, San Isidro, H1642HYD, Buenos Aires

FECHA LIMITE PARA LA INSCRIPCIÓN: 20 de Diciembre 2004.

COMIENZO DE LA BECA: 1º Febrero de 2005.

Enviar CV por correo electrónico a secretaria@..., o entregar el
mismo en la Secretaría de Instituto de Botánica Darwinion (IBODA).
Labardén 200, San Isidro, H1642HYD, Buenos Aires, en el horario 11-16 h.

INSTITUTO MULTIDISCIPLINARIO DE BIOLOGÍA VEGETAL

(IMBIV)

FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS, FÍSICAS Y NATURALES

UNIVERSIDAD  NACIONAL  DE  CÓRDOBA - CONICET

 

 

 

 

CURSO DE POSTGRADO

SISTEMÁTICA FILOGENÉTICA

 

 

Docentes

Dra. Helga Ochotarena (UNAM, México)

Dra. Victoria Sosa (Inst. de Ecología, Xalapa, Veracruz, México)

 

Fecha de realización: 31 de enero al 5 de febrero de 2005

 

Lugar de realización: IMVIB (instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal), Aula de cómputos del Departamento de Informática (UNC).

 

Carga horaria: 50 h

 

Metodología: teórico-práctica (computación)

 

Destinatarios: egresados, doctorandos o postdoctorandos en Ciencias Biológicas o afines. Alumnos avanzados en las carreras mencionadas.

 

Cupo: 30 alumnos.

 

Arancel: $120, con excepción de 5 alumnos del Doctorado en Ciencias Biológicas de esta Facultad, seleccionados por antecedentes, que pagarán 50 % del costo.

 

Inscripción: 1 al 30 de noviembre de 2004.

Enviar fundamento de la solicitud y curriculum vitae a Jimena Nores: Laboratorio de Biología Molecular. Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal (IMBIV), Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Universidad Nacional de Córdoba. Vélez Sársfield 299, 2do piso  o por mail: jnores@....

CURSO DE “SISTEMATICA FILOGENETICA”

 

 

            Dos razones actuales hacen importante un curso de Sistemática Filogenética para estudiantes latinoamericanos. Una es la acelerada destrucción de hábitats y el conocimiento no uniforme de la biodiversidad, menor aún en zonas de alta diversidad como Latinoamérica. La segunda, es la disminución alarmante de la matrícula de estudiantes de Sistemática a nivel de posgrado en muchas universidades del mundo. Varios países del llamado Primer Mundo han identificado esta situación como un problema de graves consecuencias en caso de no revertir su curso.  En el caso de Latinoamérica no es necesario dar mayores razones para entender la importancia de contar con más profesionales de esta rama de la biología.  No se requiere tampoco abundar demasiado en por qué es indispensable saber con qué recursos biológicos contamos antes de servirse de ellos. Por ello proponemos un curso de Sistemática Filogenética.

 

            En los últimos años la sistemática ha avanzado con la implementación de métodos cladísticos y el uso de caracteres moleculares. Estos cambios no llegarán a la mayoría de las universidades latinoamericanas hasta que se preparen textos en español que incorporen el nuevo conocimiento, lo cual demora bastante tiempo. Proponemos este curso para acelerar y facilitar la diseminación de estos conceptos y también para reclutar estudiantes interesados en la sistemática moderna.

 

Proponemos un curso en donde se cubran dos aspectos: el entendimiento de los conceptos teóricos más importantes de la Sistemática Filogenética y una práctica intensiva metodológica. El curso tiene dos componentes: conferencias y laboratorios computacionales.  En las conferencias cubriremos todos estos conceptos teóricos y los estudiantes tendrán una lista de referencias básicas sobre el tema. En la práctica los estudiantes podrán llevar a cabo análisis cladísticos, desde la construcción de una matriz de datos hasta la evaluación de cladogramas. El curso que se propone está enfocado hacia estudiantes que se encuentren cursando un posgrado o que sean profesores de licenciatura y que estén ubicados en cualquier lugar de Latinoamérica.

 

Profesores:

 

Dra. Victoria Sosa (Coordinadora del curso)

Instituto de Ecología, A.C. Xalapa, Veracruz, México

victoria@...

 

Dra. Helga Ochoterena

Instituto de Biología de la Universidad. Nacional Autónoma de México. Ciudad de México, México

helga@...

 

Objetivos:

 

1. Conocer los conceptos principales de la Sistemática Filogenética.

 

2. Comprender la metodología de los análisis cladísticos, desde la construcción de la matriz de datos hasta la evaluación de cladogramas

 

3. Conocer las diversas aplicaciones de los análisis filogenéticos (biogeografía, biología, comparada, conservación). 

 

Programa

 

Sección 1: Sistemática y Taxonomía

                        Conceptos Generales

                        El quehacer del taxónomo

                        Historia de la sistemática

                        Escuelas taxonómicas: evolutiva, fenética y filogenética.

 

Sección 2: Métodos de Reconstrucción Filogenética

                        Homología y parsimonia

                        Caracteres: tipos de caracteres, análisis de caracteres.

                        Construcción de árboles:

                                    Número de hipótesis por evaluar

                                    Arboles de Wagner

                                    Métodos heurísticos: NNI, SPR, TBR

                                    Optimización

                                    Grupo externo:

                                                Enraizamiento

                                                Monofilia, parafilia y polifilia

                                                Polaridad de caracteres

                                    Métodos alternativos

                                                Parsimonia de matraca

                                                Máxima probabilidad

 

Sección 3: Evaluación de resultados y estadísticas de los árboles

                        Índices de consistencia y retención

                        Árboles de consenso

                        Pesaje

                        Evidencia total o congruencia taxonómica

                        Medidas de soporte de ramas

 

Sección 4: Filogenia y clasificación.

                        Clasificaciones biológicas

                                    Clasificaciones tradicionales. El uso de la jerarquía linneana

                                    Clasificaciones filogenéticas: Principios y Convenciones

 

Sección 5: Sistemática y el método comparativo.

                        Estudios de adaptaciones y coevolución.

                        Relación forma-función, ciclos de vida, comportamiento, relaciones planta-animal y huésped-parásito.

 

Sección 6:  Sistemática y Biogeografia.

                        Historia de la ocupación de áreas, vicarianza y dispersión.

                        Especies ancestrales, centros de origen y de endemismo.

 

Sección 7: Sistemática y conservación.

 

Bibliografía y material didáctico: artículos científicos serán enviados por  mail a  los alumnos y se trabajará con programas de computación para análisis de datos.

BIBLIOGRAFÍA RELEVANTE

 

 

Bremer, K. 1994. Branch support and tree stability. Cladistics 10: 295-304.

Brooks, D.R. & D.A. McLennan.  1994.  Historical ecology as a research programme:  scope, limitations and the future.  Pp. 1-27 in P. Eggleton & R.I. Vane-Wright (eds.).  Phylogenetics and ecology.  Academic Press, London.   

Brummit, R.K.  2002.  How to chop up a tree.  Taxon 51: 31-41.

Carine, M. A. & R. W. Scotland. 1999. Taxic and transformational homology: different ways of seeing. Cladistics 15: 121-129.

Coddington, J.A.  1994.  The roles of homology and convergence in studies of adaptation.  Pp. 53-78 in P. Eggleton & R.I. Vane-Wright (eds.).  Phylogenetics and ecology.  Academic Press, London.   

De Queiroz, K. & J. Gauthier.  1992.  Phylogenetic taxonomy.  Annual Review of Ecology & Systematics 23: 449-480. 

Forey, P.L.  2002.  PhyloCode-pain, no gain.  Taxon 51: 43-54.

Hawkins, J. A., C. E. Hughes & R. W. Scotland. 1997. Primary homology assessment, chracters and character states. Cladistics 13: 275-283.

Huelsenbeck, J. P., J. J. Bull, & C. W. Cunningham. 1996. Combining data in phylogenetic analysis. Trends in Ecology and Systematics. Trends in Ecology and Systematics 11: 152-158.

Humphries, C. J. & P. H. Williams.  1994.  Cladograms and trees in biodiversity.  Pp. 335-352 in R.W. Scotland, D.J. Siebert & D.M. Williams (eds.), Models in Phylogeny Reconstruction.  The Systematics Association, Oxford. 

Judd, W. S., C. S. Campbell, E. A. Kellog & P. F. Stevens. 1999. Plant Systematics. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Kitching, I. J., P. L. Forey, C. J. Humphries & D. Williams. 1998. Cladistics. The Systematics Association Publication no. 11. Oxford

Kluge,  J. A. & Farris S. 1999. Taxic homology = overall similarity. Cladistics 15: 205-212.

Mabee, P.M. 2000. The usefulness of ontogeny in interpreting morphological characters. In: J. J. Wiens (ed.). Phylogenetic analysis of morphological data. Smithsonian Institution Press, Washington. pp. 84-114.

Maddison, D. R. 1991. The discovery and importance of multiple islands of most-parsimonious trees. Systematic Zoology 40: 315-328.

Maddison, W. P. 1993. Missing data versus missing characters in phylogenetic analysis. Systematic Zoology 33: 83-103.

Miller, J.S.  1987.  Host-plant relationships in the Papilionidae (Lepidoptera):  Parallel cladogenesis or colonization?  Cladistics 3: 105-120.

Miyamoto, M. M. and W. M. Fitch. 1995. Testing species phylogenies and phylogenetic methods with congruence. Systematic Biology 44: 127-137.

Morrone, J. J. & J.V. Crisci.  1995.  Historical biogeography:  Introduction to methods.  Annual Review of Ecology & Systematics 26: 373-401.   

Neff, N. 1986. A rational basis for a priori character weighting. Systematic Zoology: 35: 110-123.

Nixon, K. C. & J. M. Carpenter. 1993. On outgroups. Cladistics 9: 413-426.

Nixon, K. C. & J. M. Carpenter. 1996. On consensus, collapsibility, and clade concordance. Cladistics 7: 305-321.

Nixon, K.C. & J. M. Carpenter.  2000.  On the other “phylogenetic systematics”.  Cladistics 16: 298-318.

Page, R. D. M. 1993. On islands of trees and the efficacy of different methods of branch swapping in finding most-parsimonious trees. Systematic Biology 42: 200-210.

Patterson, C. 1982. Morphological characters and homology. In: Problems of phylogenetic reconstruction (K. A. Joysey and A. E. Friday (eds). Systematics Association Spetial volume no. 21: 21-74, Academic Press, London.

Pleijel, F. 1995. On character coding for phylogeny reconstruction. Cladistics 11: 309-315.

Poe, S. & J. J. Wiens. 2000. Character selection and the methodology of morphological phylogenetics. In: J.J. Wiens (ed.). Phylogenetic analysis of morphological data. Smithsonian Institution Press, Washington. pp. 20-36.

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Stevens, P. F. 1991. Character states, morphological variation, and phylogenetic analysis: a review. Systematic Botany 15: 553-583.

Stevens, P. F.  2002.  Why do we name organisms?  Some reminders from the past.  Taxon 51:11-26

Wiens, J. J. 1995. Polymorphic characters in phylogenetic systematics. Systematic Biology 44:482--500.

Wiens J. J. 1998. Does adding characters with missing data increase or decrease phylogenetic accuracy? Systematic Biolology 47:625-640.

Wiley, E. O.  1988.  Vicariance biogeography. Annual Review of Ecology & Systematics 19: 513-542. 

 

 

PROGRAMAS DE CÓMPUTO

 

Para preparar matrices de datos y mapear caracteres:

Mac

MacClade (se obtiene en la editorial Sinauer, disponible ya la versión 4.0)

Maddison, D. R. and W. P. Maddison. 1992. MacClade version 3.04. Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates (asociado a PAUP).

 

pc

WINCLADA (Kevin Nixon, L. H. Bailey Hortorium, Cornell University, Ithaca, New York (kcn2@...) version 0.9.99m24 (además de mapeo de caracteres, lee y edita árboles) (asociado a NONA).

 

Para reconstrucción:

Mac

PAUP: SWOFFORD, D. L. 2000. PAUP*. Phylogenetic analysis using parsimony (and other methods). Version 4.0. Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates.

PAUPrat (shareware) (funciona junto con PAUP) (parsimonia de matraca, para datasets muy grandes)

SIKES, D. S. and P. O. LEWIS. 2001. PAUPrat: a tool to implement Parsimony Ratchet searches using PAUP*. V 1. Computer program distributed by University of Connecticut, Storrs, Connecticut.

 

pc

NONA (Pablo Goloboff, INSUE, Fundación e Instituto Miguel Lilló 205, 4000 S. M. de Tucumán, Argentina (instlillo@...) (pago de cuota al autor)

 

Hennig86. Farris, J. S.  (distribuído por una cuota por Arnold Kluge, Amphibians and Reptiles, Museum of Zoology, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109-1079, U.S.A. (akluge@...) y por Diana Lipscomb, G. Washington University (biodl@...).

 

Para visualizar árboles:

Mac

TreeView (shareware). Page, R. D. M. 1997. Treeview. http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

 

Para calcular índice autodecaimiento (Bremer)

Mac

Autodecay 3.0. 1995. Eriksson, T. & N. Wikstrom (torsten@...) (en conjunto con PAUP) (shareware)

 

Sitios en internet donde se obtiene información sobre programas de filogenias:

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

http://www.cladistics.org/

si ni hablar. gracias nuevamente.

PAncho
--- Marcos Mirande <jmcmirande@...> wrote:

>
> En realidad no hay unos costos que sean
> objetivamente mejores que
> otros.
> Lo más usado es asignar costos de 1 a cada paso
> interno del árbol de
> estados. El caso más simple es un carácter aditivo
> de tres estados,
> en que (por lo general) se asigna un costo de 1 para
> pasos entre
> estados contiguos y de 2 para los estados extremos.
> El problema es que en general tenemos casos bastante
> más complicados
> que esto.
>
> Un saludo.
>
> Marcos.
>
>
> --- En clado@..., Francisco prevosti
> <protocyon@y...>
> escribi€ ¦ó:
> > Hola Marcos, gracias por la sugerencia. Que
> esquema de
> > costos usarias?.
> >
> > saludos,
> >
> > Pancho
> > --- Marcos Mirande <jmcmirande@y...> wrote:
> >
> > >
> > > Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una
> solución a
> > > eso.
> > >
> > > Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como
> > > caracteres
> > > independientes y usar inaplicables en los casos
> de
> > > "color de cola"
> > > en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los
> efectos
> > > negativos de la
> > > optimización de las ausencias, a cambio de que
> la
> > > aparición de cada
> > > estado apomórfico (como "color") quede en
> caracteres
> > > diferentes y
> > > tenga un peso (uso pesos implicados) determinado
> > > sólo por su
> > > aparición (y no por otros estados que podrías
> > > incluir en el mismo
> > > carácter).
> > >
> > > Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta
> > > ventaja ya no existe
> > > y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
> > >
> > > Espero que sirva para algo.
> > >
> > > Un saludo. Marcos.
> > >
> > >
> > > --- En clado@..., Francisco
> prevosti
> > > <protocyon@y...>
> > > escribi€ ¦ó:
> > > > Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como
> > > codificar
> > > > algunos caracteres. En mis datos hay
> caracteres
> > > con no
> > > > comparables del tipo Cola presente/ausente,
> color
> > > de
> > > > cola (y algunos algo mas complejos, pero de
> este
> > > > estilo).
> > > >
> > > > Como me conviene entrarlos???? (como dos
> > > caracteres
> > > > indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> > > > multiestado?. Mi idea es probar con matrices
> de
> > > costo
> > > > y entrandolos como caracteres indep.
> > > >
> > > > Que me sugieren????
> > > >
> > > > saludos,
> > > >
> > > >
> > > > Pancho
> > > >
> > > > =====
> > > > Francisco Juan Prevosti
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En realidad no hay unos costos que sean objetivamente mejores que
otros.
Lo más usado es asignar costos de 1 a cada paso interno del árbol de
estados. El caso más simple es un carácter aditivo de tres estados,
en que (por lo general) se asigna un costo de 1 para pasos entre
estados contiguos y de 2 para los estados extremos.
El problema es que en general tenemos casos bastante más complicados
que esto.

Un saludo.

Marcos.


--- En clado@..., Francisco prevosti <protocyon@y...>
escribi€ ¦ó:
> Hola Marcos, gracias por la sugerencia. Que esquema de
> costos usarias?.
>
> saludos,
>
> Pancho
> --- Marcos Mirande <jmcmirande@y...> wrote:
>
> >
> > Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una solución a
> > eso.
> >
> > Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como
> > caracteres
> > independientes y usar inaplicables en los casos de
> > "color de cola"
> > en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los efectos
> > negativos de la
> > optimización de las ausencias, a cambio de que la
> > aparición de cada
> > estado apomórfico (como "color") quede en caracteres
> > diferentes y
> > tenga un peso (uso pesos implicados) determinado
> > sólo por su
> > aparición (y no por otros estados que podrías
> > incluir en el mismo
> > carácter).
> >
> > Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta
> > ventaja ya no existe
> > y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
> >
> > Espero que sirva para algo.
> >
> > Un saludo. Marcos.
> >
> >
> > --- En clado@..., Francisco prevosti
> > <protocyon@y...>
> > escribi€ ¦ó:
> > > Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como
> > codificar
> > > algunos caracteres. En mis datos hay caracteres
> > con no
> > > comparables del tipo Cola presente/ausente, color
> > de
> > > cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
> > > estilo).
> > >
> > > Como me conviene entrarlos???? (como dos
> > caracteres
> > > indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> > > multiestado?. Mi idea es probar con matrices de
> > costo
> > > y entrandolos como caracteres indep.
> > >
> > > Que me sugieren????
> > >
> > > saludos,
> > >
> > >
> > > Pancho
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Hola Marcos, gracias por la sugerencia. Que esquema de
costos usarias?.

saludos,

Pancho
--- Marcos Mirande <jmcmirande@...> wrote:

>
> Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una solución a
> eso.
>
> Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como
> caracteres
> independientes y usar inaplicables en los casos de
> "color de cola"
> en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los efectos
> negativos de la
> optimización de las ausencias, a cambio de que la
> aparición de cada
> estado apomórfico (como "color") quede en caracteres
> diferentes y
> tenga un peso (uso pesos implicados) determinado
> sólo por su
> aparición (y no por otros estados que podrías
> incluir en el mismo
> carácter).
>
> Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta
> ventaja ya no existe
> y quizás sea mejor usar una matriz de costos.
>
> Espero que sirva para algo.
>
> Un saludo. Marcos.
>
>
> --- En clado@..., Francisco prevosti
> <protocyon@y...>
> escribi€ ¦ó:
> > Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como
> codificar
> > algunos caracteres. En mis datos hay caracteres
> con no
> > comparables del tipo Cola presente/ausente, color
> de
> > cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
> > estilo).
> >
> > Como me conviene entrarlos???? (como dos
> caracteres
> > indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> > multiestado?. Mi idea es probar con matrices de
> costo
> > y entrandolos como caracteres indep.
> >
> > Que me sugieren????
> >
> > saludos,
> >
> >
> > Pancho
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Hola Pancho. Hasta donde yo sé no hay una solución a eso.

Lo que yo estoy haciendo es ingresándolos como caracteres
independientes y usar inaplicables en los casos de "color de cola"
en bichos sin cola. Yo prefiero bancarme los efectos negativos de la
optimización de las ausencias, a cambio de que la aparición de cada
estado apomórfico (como "color") quede en caracteres diferentes y
tenga un peso (uso pesos implicados) determinado sólo por su
aparición (y no por otros estados que podrías incluir en el mismo
carácter).

Si vas a usar pesos iguales, sin embargo, esta ventaja ya no existe
y quizás sea mejor usar una matriz de costos.

Espero que sirva para algo.

Un saludo. Marcos.


--- En clado@..., Francisco prevosti <protocyon@y...>
escribi€ ¦ó:
> Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como codificar
> algunos caracteres. En mis datos hay caracteres con no
> comparables del tipo Cola presente/ausente, color de
> cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
> estilo).
>
> Como me conviene entrarlos???? (como dos caracteres
> indep.?, juntos con matrices de costos?, como
> multiestado?. Mi idea es probar con matrices de costo
> y entrandolos como caracteres indep.
>
> Que me sugieren????
>
> saludos,
>
>
> Pancho
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> =====
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El Word tambié te permite seleccionar columnas,
apretando la tecla Alt.

Saludos a todos
Shirley

  --- Julian Faivovich <julian@...> escribió:
> Con Textpad (disponible gratis www.textpad.com) es
> mucho mas facil, porque
> te permite seleccionar columnas.
>
> saludos
>
> julian
>
> At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:
>
>
> >Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero
> dividirlas en los
> >genes correspondientes (obviamente tengo los
> límites de cada una).
> >Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole.
> ¿alguien conoce
> >una forma más viable?.
> >
> >Muchas gracias.
> >
> >Marcos.
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
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> Herpetology
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> Central Park West at 79th Street
> New York, NY 10024-5192,
> Ph : (212) 769-5856
> FAX: (212) 769-5031
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>
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Hola a todos!!!! tengo algunas dudas de como codificar
algunos caracteres. En mis datos hay caracteres con no
comparables del tipo Cola presente/ausente, color de
cola (y algunos algo mas complejos, pero de este
estilo).

Como me conviene entrarlos???? (como dos caracteres
indep.?, juntos con matrices de costos?, como
multiestado?. Mi idea es probar con matrices de costo
y entrandolos como caracteres indep.

Que me sugieren????

saludos,


Pancho

=====
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Muchas gracias a ambos.

Un abrazo (dos abrazos, en realidad).

Marcos.

Muchas gracias a ambos.

Un abrazo (dos abrazos, en realidad).

Marcos.

BioEdit es el que iba a recomendar tambien
muy bueno, y gratis

Hola Marcos!

lara

--- En clado@..., Julian Faivovich <julian@a...> escribió:
> en realidad podrias probar con el Bioedit, que es un excelente editor de
> secuencias, tambien disponible gratis en varios sitios.
>
> julian
>
> At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:
>
>
> >Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
> >genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
> >Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
> >una forma más viable?.
> >
> >Muchas gracias.
> >
> >Marcos.
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >Enlaces de Yahoo! Grupos
> >
> >
> >
> >
>
>
> Julian Faivovich
>
> Herpetology
> Division of Vertebrate Zoology
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> Central Park West at 79th Street
> New York, NY 10024-5192,
> Ph : (212) 769-5856
> FAX: (212) 769-5031
> &
> Center for Environmental Research & Conservation
> Columbia University
> 10th Floor, Schermerhorn Ext, MC 5557
> 1200 Amsterdam Avenue
> New York, N.Y. 10027

en realidad podrias probar con el Bioedit, que es un excelente editor de
secuencias, tambien disponible gratis en varios sitios.

julian

At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:


>Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
>genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
>Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
>una forma más viable?.
>
>Muchas gracias.
>
>Marcos.
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
>
>
>
>


Julian Faivovich

Herpetology
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&
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1200 Amsterdam Avenue
New York, N.Y. 10027

Con Textpad (disponible gratis www.textpad.com) es mucho mas facil, porque
te permite seleccionar columnas.

saludos

julian

At 05:31 PM 11/19/04, you wrote:


>Bajé de genbank mitocondrias completas y quiero dividirlas en los
>genes correspondientes (obviamente tengo los límites de cada una).
>Estoy haciéndolo con el notepad, pero es un embole. ¿alguien conoce
>una forma más viable?.
>
>Muchas gracias.
>
>Marcos.
>
>
>
>
>
>
>Enlaces de Yahoo! Grupos
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