Por ese medio se enterarán de las novedades respecto al libro.
Gracias,
Ueso
-----------------------------------------
Ricardo Montero
Cátedra Vertebrados - Universidad Nacional de Tucumán
Instituto de Herpetología - Conicet - Fundación Miguel Lillo
Miguel Lillo 251
4000 - San Miguel de Tucumán
Argentina
14. Morfometría geométrica y taxonomía: Una introducción (22 Jun). Francisco Prevosti, investigador, CONICET, integrante de la División Mastozoología del MACN, presentará un seminario de introducción a las técnicas de morfometría geométrica y su aplicación en taxonomía y otras disciplinas.
Los trabajos recomendados son: Barciova, L. 2009. Advances in insectivore and rodent systematics due to geometric morphometrics. Mammal Rev. 2009, Volume 39, No. 2, 80–91.
Slice, D. 2007. Geometric Morphometrics. Annu. Rev. Anthropol. 2007. 36:261–81
González-José, R., Escapa, I., Neves, W., Cúmeo, R. y Pucciarelli, H. 2008. Cladistic analysis of continuous modularized traits provides phylogenetic signals in Homo evolution. Nature 453:775-778.
15. Filogenia de Marsupiales didélfidos: morfología, genes y la importancia de especimenes de museo (29 Jun).
David Flores, curador de la Colección Nacional de Mastozoología, del MACN disertará sobre su trabajo con marsupiales didélfidos y la construcción de filogenias a partir de datos morfológicos y moleculares.
El trabajo recomendado es:
Flores, D. 2009. Phylogenetic analyses of postcranial skeletal morphology in didelphid marsupials. Bulletin of the American Museum of Natural History, 320: 1-81. Disponible en: http://digitallibrary.amnh.org/dspace/handle/2246/5953
Martin J. Ramirez Curador General & División Aracnología Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET Av. Angel Gallardo 470 C1405DJR Buenos Aires Argentina tel +54 11 4982-8370 int. 169 fax +54 11 4982-4494
Hola gente del clado, esta vez les escribo para
consultarles sobre un problema que tengo con el TreeDyn, les comento:
Resulta que luego de editar los árboles a gusto, cuando
los quiero exportar como imagen no puedo guardar los árboles completos,
siempre aparecen cortados y por mas que cambie la extensión en que la
guardo sucede lo mismo.
Alguien podría decirme que puedo hacer?
Saludos.
Samuel
--- El mié 3-jun-09, Pablo Goloboff <pablogolo@csnat.unt.edu.ar>
escribió:
De: Pablo Goloboff <pablogolo@csnat.unt.edu.ar>
Asunto: [clado] Re: Consulta PAUP
Para: clado@gruposyahoo.com.ar
Fecha: miércoles, 3 de junio de 2009, 4:14 pm
Hola Samuel,
el comando que estás buscando es:
boot nreps=100 / start=nj noswap ;
Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego
pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de
distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por
parsimonia, incluso usando PAUP*. Fijate que al ser sólo un NJ, el
análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial.
Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de
(digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte
un montonón de tiempo-- deberías usar:
Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un
"rearrlimit" (de significados obvios). No sé cómo funcionan
exactamente cuando hacés bootstrapping, es decir, no sé si el limite se
aplica a cada pseudoreplica o al global. Si es lo primero (cosa que
suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo
de TBR pero que no necesariamente llegue al final...
Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho
más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún
usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et
al., en http://www.microbes online.org/ fasttree.
Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera:
porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia? De dónde
viene esa necesidad? Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo
también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho. Hay
alguna razón de tipo teórico/metodológico por la que quieras hacer
esto con distancias?
--Pablo Goloboff
On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote:
Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se
agradecerá muchisimo. El tema es que hice un análisis de Distancia
(GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el
manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo
método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es
que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda
eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis
que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con
distancia. ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda
en el bootstrap? Saludos Samuel
¡Viví la mejor experiencia en la web!
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Hola gente del clado, esta vez les escribo para consultarles sobre un problema que tengo con el TreeDyn, les comento:
Resulta que luego de editar los árboles a gusto, cuando los quiero exportar como imagen no puedo guardar los árboles completos, siempre aparecen cortados y por mas que cambie la extensión en que la guardo sucede lo mismo.
Alguien podría decirme que puedo hacer?
Saludos.
Samuel
--- El mié 3-jun-09, Pablo Goloboff <pablogolo@...> escribió:
De: Pablo Goloboff <pablogolo@...> Asunto: [clado] Re: Consulta PAUP Para: clado@... Fecha: miércoles, 3 de junio de 2009, 4:14 pm
Hola Samuel,
el comando que estás buscando es:
 boot nreps=100 / start=nj noswap ;
Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por parsimonia, incluso usando PAUP*. Fijate que al ser sólo un NJ, el análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial.
Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de (digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte un montonón de tiempo-- deberías usar:
Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un "rearrlimit" (de significados obvios). No sé cómo funcionan exactamente cuando hacés
bootstrapping, es decir, no sé si el limite se aplica a cada pseudoreplica o al global. Si es lo primero (cosa que suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo de TBR pero que no necesariamente llegue al final...
Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et al., en http://www.microbes online.org/ fasttree.
Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera: porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia? De dónde viene esa necesidad? Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho. Hay alguna razón de tipo teórico/metodológico por la
que quieras hacer esto con distancias?
--Pablo Goloboff
On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote:
Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo. El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia. ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap? Saludos Samuel
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Hola Alejandro
Tanto en PAUP como en TNT los no aplicables se tratan de la misma
manera que los desconocidos: como desconocidos, es decir, que no
influyen en el calculo final de la longitud del árbol: donde quiera
que estén en la topología el árbol mide igual...
La consecuencia de eso, es que muchos caracteres desconocidos (bien
sean no aplicables, o que no se pudieron examinar), puede aumentar la
ambigüedad.
La notación de "-" o "?" es más una ayuda visual para el que revisa la matriz!
El paper de DeLaet (2005) en el libro editado por Alberts
(Phylogenetics, Parsimony and genomics, o algo así) es un excelente
paper sobre inaplicables y su codificación,
Saludos
Salvador
2009/6/12 alejandro valerio <avalerio_13@...>:
>
>
> Hola, yo tengo la siguiente pregunta para Uds a ver ni me aclaran una duda
> que tengo
> Hasta donde yo se en PAUP cuando se utiliza el símbolo "-" en una matriz
> morfologica dada para determinar en ella la situacion de que el caracter
> usando no aplicable para un taxon dado al final de cuentas lo asume como "?"
> y asi lo equipara como caracter ausente paar efectos del analisis ... estoy
> en lo correcto o me la estoy pelado?
> Ademas, yo quisiera saber si en TNT hay algo paracesido para efectos de
> codificasion de ausente y no aplicable??
>
> Alejandro Valerio
>
J. Salvador Arias
Becario CONICET
INSUE, Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205
4000 San Miguel de Tucumán, Argentina
Hola, yo tengo la siguiente pregunta para Uds a ver ni me aclaran una duda que tengo Hasta donde yo se en PAUP cuando se utiliza el símbolo "-" en una matriz morfologica dada para determinar en ella la situacion de que el caracter usando no aplicable para un taxon dado al final de cuentas lo asume como "?" y asi lo equipara como caracter ausente paar efectos del analisis ... estoy en lo correcto o me la estoy pelado? Ademas, yo quisiera saber si en TNT hay algo paracesido para efectos de codificasion de ausente y no aplicable??
Alejandro Valerio
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Gracias Salvador, ...y tambien a Santi y Marcos
Saludos
JL
--- En clado@..., "J. Salvador Arias" <jsalarias@...> escribió:
>
> Te mande el de Sankoff 75, y el de pablo a tu correo personal :)
>
> Saludos!
> Salvador
>
> 2009/6/10 JONATHAN LIRIA <jliria2@...>:
> >
> >
> > Hola gente de Clado
> >
> > Alguien podria enviarme la version digital de:
> >
> > Sankoff D: Minimal Mutation Trees of Sequences. SIAM J Appl
> > Math 1975, 28:35–42.
> >
> > Sankoff D and Rousseau P: Locating the Vertices of a Steiner
> > Tree in an Arbitrary Metric Space. Math Program 1975,
> > 9:240–246.
> >
> > Goloboff PA: Tree Searches Under Sankoff Parsimony.
> > Cladistics 1998, 14(3):229–237.
> >
> > Es que ando con optimizacion de landmarks... y el metodo de Santi y Pablo. Y
> > deseo leer un poco mas... mientras sale publicado el metodo.
> >
> > Gracias... Jonathan
> >
> >
>
>
>
> --
> J. Salvador Arias
> Becario CONICET
> INSUE, Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205
> 4000 San Miguel de Tucumán, Argentina
>
Te mande el de Sankoff 75, y el de pablo a tu correo personal :)
Saludos!
Salvador
2009/6/10 JONATHAN LIRIA <jliria2@...>:
>
>
> Hola gente de Clado
>
> Alguien podria enviarme la version digital de:
>
> Sankoff D: Minimal Mutation Trees of Sequences. SIAM J Appl
> Math 1975, 28:35–42.
>
> Sankoff D and Rousseau P: Locating the Vertices of a Steiner
> Tree in an Arbitrary Metric Space. Math Program 1975,
> 9:240–246.
>
> Goloboff PA: Tree Searches Under Sankoff Parsimony.
> Cladistics 1998, 14(3):229–237.
>
> Es que ando con optimizacion de landmarks... y el metodo de Santi y Pablo. Y
> deseo leer un poco mas... mientras sale publicado el metodo.
>
> Gracias... Jonathan
>
>
--
J. Salvador Arias
Becario CONICET
INSUE, Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205
4000 San Miguel de Tucumán, Argentina
Hola gente de Clado
Alguien podria enviarme la version digital de:
Sankoff D: Minimal Mutation Trees of Sequences. SIAM J Appl
Math 1975, 28:35–42.
Sankoff D and Rousseau P: Locating the Vertices of a Steiner
Tree in an Arbitrary Metric Space. Math Program 1975,
9:240–246.
Goloboff PA: Tree Searches Under Sankoff Parsimony.
Cladistics 1998, 14(3):229–237.
Es que ando con optimizacion de landmarks... y el metodo de Santi y Pablo. Y
deseo leer un poco mas... mientras sale publicado el metodo.
Gracias... Jonathan
Hola Pablo, antes que nada muchisimas gracias por el soporte constante on line.
Bueno el tema de hacer distancias y bootstrap es por ahora una cuestion descriptiva.
Yo trabajo con Rotavirus, un virus de RNA, segmentado, con mecanismos de evolución similares a los de influenza. Para agrupar los nuevos aislamientos o las nuevas variantes se utiliza distancia porque lo unico que se busca es determinar con quien agrupa. Es más, mundialmente utilizan MEGA para todo esto. Bueno, nosotros nos propusimos empezar a realizar análisis un poco mas profundos, haciendo análisis por parsimonia, likelihood, bayesianos y distancia, comparar los resultados y discrutirlos.
Ahora me encuentro un poco apurado porque mi necesitamos mandar un poster a un congreso para proteger unas secuancias que las estamos usando para los análisis antes mensionados y no queremos hacer referencia a eso, es un trabajo epidemiológico y lo que aclaramos es que definimos el modelo usando ModelTest y realizamos las búsquedas con PAUP.
Una vez terminado esto, tengo que correr las matrices en PhyML, MrBayes, TNT y PAUP, y discutir los resultados, que tenemos la intención de enviar ese trabajo a una revista que no sea veterinaria sino más cladistica.
Espero responder tu inquietud y mil gracias de nuevo por la ayuda.
Un abrazo,
Samuel
--- El mié 3-jun-09, Pablo Goloboff <pablogolo@...> escribió:
De: Pablo Goloboff <pablogolo@...> Asunto: [clado] Re: Consulta PAUP Para: clado@... Fecha: miércoles, 3 de junio de 2009, 4:14 pm
Hola Samuel,
el comando que estás buscando es:
 boot nreps=100 / start=nj noswap ;
Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por parsimonia, incluso usando PAUP*. Fijate que al ser sólo un NJ, el análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial.
Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de (digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte un montonón de tiempo-- deberías usar:
Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un "rearrlimit" (de significados obvios). No sé cómo funcionan exactamente cuando hacés
bootstrapping, es decir, no sé si el limite se aplica a cada pseudoreplica o al global. Si es lo primero (cosa que suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo de TBR pero que no necesariamente llegue al final...
Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et al., en http://www.microbes online.org/ fasttree.
Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera: porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia? De dónde viene esa necesidad? Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho. Hay alguna razón de tipo teórico/metodológico por la
que quieras hacer esto con distancias?
--Pablo Goloboff
On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote:
Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo. El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia. ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap? Saludos Samuel
Yahoo! Cocina Recetas prácticas y comida saludable Visitá http://ar.mujer.yahoo.com/cocina/
Set criterion=distance antes
de pedirle que haga NJ y bootstrap. Fijate si eso soluciona todo. Te pego una
serie de secuencias para el Paup que suelo dar en un curso de postgrado.
Neighbor-joining y
UPGMA
(para datos de secuencias y RFLP)
1) Abrir
win-paup4b10.exe y ejecutar el archivo curso.nex
2)
Ejecutar: log file=curso-neigh.out append=yes
3)
Ejecutar: set criterion=distance
(es obligatorio, porque sino hace
parsimonia)
4) Ejecutar: Dset
distance=K2P
(esta etapa es para
elegir el tipo de distancia que queremos utilizar; en este caso es la distancia
de Kimura2 parámetros. Para RRLP tendría que ser Dset
distance=NeiLi)
5) Opcional: Ejecutar:
Showdist
(muestra las distancias
genéticas de a pares y dado que se guardan en el archivo curso-neigh.out,
después pueden servir para hacer promedios sobre las distancias genéticas entre
especies)
6) Ejecutar: Outgroup Tarsius
Lemur
7) Para
Neighbor-joining ejecutar Bootstrap nreps=10
search=nj;
(muestra características del árbol como ser el valor mínimo de evolución
y el largo de ramas)
9) Ejecutar: Quit y cuando el
programa advierte que hay cosas sin salvar, salen lo mismo, porque en realidad
todo se guardó en el archivo
curso-neigh.out
Espero que te
sirva.
Saludos
Raul -------------------------------------- Dr. Raúl E. González Ittig Cátedra de Genética de Poblaciones y
Evolución. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Universidad Nacional de Córdoba Av. Velez Sarsfield 299 Ciudad de
Córdoba. CP5000 Argentina TE: 54-351-433 2100 Int 234 Fax:
54-351-433 2097 www.efn.uncor.edu/departamentos/fisiologia/archivos/genpoblaciones.htm --------------------------------------------------------------------------------
Samuel Miÿfffff1o <pachulon@...> ha escrito:
> > Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da
una mano se > agradecerá muchisimo. > > El tema es
que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago > el
bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el >
comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el >
de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz >
que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me >
toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy >
haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia. >
> ¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el
bootstrap? > > Saludos > > Samuel >
> > --- El jue 28-may-09, Babot Judith
<jubabot@...> escribió: > > > De: Babot
Judith <jubabot@...> > Asunto: Re: [clado] Conferencias
Homenaje a Darwin (Tucuman) > Para: clado@... >
Fecha: jueves, 28 de mayo de 2009, 6:11 am > > > > > > > > > > > > > > Hola Sofía, respondo a tu correo particular. > > Judith Babot > Tucumán > > --- El mié
27-may-09, Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@yahoo. > com>
escribió: > > > De: Adriana Sofia Albesiano H.
<aalbesiano@yahoo. com> > Asunto: Re: [clado] Conferencias
Homenaje a Darwin (Tucuman) > Para: clado@gruposyahoo. com.ar >
Fecha: miércoles, 27 de mayo de 2009, 9:28 am > > > > > > > > > > Buen dia: > > Muchas gracias por la informacion. Queria preguntarles lo
siguiente, > que posibilidad habria de enviarnos los resumenes (de dos
o tres > paginas) de las conferencias, a los que por motivos
economicos no > podamos asistir a este evento? Se ha pensado en la
posibilidad de > hacer una video conferencia? > >
Cordialmente, > Sofia > > --- El mié 27-may-09, jubabot
<jubabot@yahoo. com.ar> escribió: > > > De:
jubabot <jubabot@yahoo. com.ar> > Asunto: [clado] Conferencias
Homenaje a Darwin (Tucuman) > A: clado@gruposyahoo. com.ar >
Fecha: miércoles, 27 mayo, 2009, 7:03 am > > > > > Con motivo de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y
los > 150 de la publicación del libro El origen de las especies, la
> Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Tucumán
> ha organizado un ciclo de conferencias para rendir un homenaje a > este científico que revolucionó la perspectiva de las ciencias > biológicas. Esperamos que estas conferencias, mostrando distintas > fronteras del conocimiento en las que investigadores jóvenes de > nuestro medio trabajan activamente, sirvan de estímulo para >
revalorizar y re-pensar la teoría evolutiva a la luz de los avances >
modernos de la ciencia. > > CRONOGRAMA > >
EVOLUCIÓN DEL VUELO > Norberto Giannini (PIDBA, CONICET) > Lunes
1 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales > >
EVOLUCIÓN EN UN MUTUALISMO: FRUTOS FRUGÍVOROS > Silvia Lomáscolo
(CRICYT-CONICET) > Martes 2 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs.
Naturales > > EL CONTROL GENÉTICO DEL DESARROLLO EMBRIONARIO
COMO MOTOR DE LA > BIODIVERSIDAD Y LA EVOLUCIÓN > Manuel Aybar
(INSIBIO, CONICET-UNT) > Miércoles 3 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro
Facultad Cs. Naturales > > MICROBIOLOGÍA DE HUMEDALES ANDINOS:
LAS BACTERIAS EXTREMÓFILAS NOS > HABLAN DE LOS ORÍGENES DE LA VIDA > María Eugenia Farías (PROIMI-CONICET) > Jueves 4 de junio. 12:00
hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales > > ÁRBOLES DE LA VIDA:
MATERIALIZANDO EL SUEÑO DE DARWIN > Pablo Goloboff (INSUE-CONICET) > Viernes 5 de junio 12:00 hs. MUNT (Museo de la UNT - San Martín 1545) > > > > > > ¡Obtén la mejor
experiencia en la web! > Descarga gratis el nuevo Internet Explorer 8 > http://downloads.
yahoo.com/ ieak8/?l= e1 > > > > > Yahoo!
Cocina > Recetas prácticas y comida saludable > Visitá http://ar.mujer. yahoo.com/
cocina/ > > > > > > > > > > > > > > > > > >
____________________________________________________________________________________ > ¡Viví la mejor experiencia en la web! > Descargá gratis el nuevo
Internet Explorer 8 > http://downloads.yahoo.com/ieak8/?l=ar
Si no le das el "noswap", PAUP* hace primero el árbol de NJ y luego pasa a hacer (por default) TBR --usando como criterio el ajuste de distancias, que es considerablemente más lento que el TBR por parsimonia, incluso usando PAUP*. Fijate que al ser sólo un NJ, el análisis de cada una de las pseudoréplicas va a ser muy superficial.
Si querés hacer algo un poquitín más polenta pero que salve no más de (digamos) 5 árboles por cada pseudoréplica --cosa que puede ahorrarte un montonón de tiempo-- deberías usar:
Otra opción que podrías quizás probar es la usar un "timelimit" y/o un "rearrlimit" (de significados obvios). No sé cómo funcionan exactamente cuando hacés bootstrapping, es decir, no sé si el limite se aplica a cada pseudoreplica o al global. Si es lo primero (cosa que suena lógica), podrías hacer un análisis de cada matriz que haga algo de TBR pero que no necesariamente llegue al final...
Por último, si estás dispuesto a hacer una aproximación --mucho mucho más rápida y mucho mucho mucho más imprecisa que la que obtienes aún usando sólo un NJ con PAUP*-- puedes probar con FastTree, de Price et al., en http://www.microbesonline.org/fasttree.
Ahora sí viene la pregunta que quizás esperabas que alguien te hiciera: porqué "necesitas" hacer el bootstrap con distancia? De dónde viene esa necesidad? Supongo que sabés que todo esto podés hacerlo también bajo parsimonia y te tomaría unos minutos cuanto mucho. Hay alguna razón de tipo teórico/metodológico por la que quieras hacer esto con distancias?
--Pablo Goloboff
On Wed, 2009-06-03 at 07:45 -0700, Samuel Miÿfffff1o wrote:
Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo.
El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia.
¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap?
Saludos
Samuel
Hola, tengo un problema con un el PAUP, si alguien me da una mano se agradecerá muchisimo.
El tema es que hice un análisis de Distancia (GTR) y NJ. Cuando hago el bootstrap hace la busqueda con TBR. Según el manual usando el comando search=nj, debería hacer la busqueda por mismo método que el de filogenia, pero no me responde. El gran problema es que la matriz que estoy probando tienen 200 seq y con una busqueda eurística me toma varios días para llegar al final, además el análisis que estoy haciendo es de distancia y necesito hacer el bootstrap con distancia.
¿Aguien me puede dicir como cambio el método de busqueda en el bootstrap?
Saludos
Samuel
--- El jue 28-may-09, Babot Judith <jubabot@...> escribió:
De: Babot Judith <jubabot@...> Asunto: Re: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman) Para: clado@... Fecha: jueves, 28 de mayo de 2009, 6:11 am
Hola Sofía, respondo a tu correo particular.
Judith Babot
Tucumán
--- El mié 27-may-09, Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@yahoo. com> escribió:
De: Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@yahoo. com> Asunto: Re: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman) Para: clado@gruposyahoo. com.ar Fecha: miércoles, 27 de mayo de 2009, 9:28 am
Buen dia:
Muchas gracias por la informacion. Queria preguntarles lo siguiente, que posibilidad habria de enviarnos los resumenes (de dos o tres paginas) de las conferencias, a los que por motivos economicos no podamos asistir a este evento? Se ha pensado en la posibilidad de hacer una video conferencia?
Cordialmente,
Sofia
--- El mié 27-may-09, jubabot <jubabot@yahoo. com.ar> escribió:
De: jubabot <jubabot@yahoo. com.ar> Asunto: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman) A: clado@gruposyahoo. com.ar Fecha: miércoles, 27 mayo, 2009, 7:03 am
Con motivo de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y los 150 de la publicación del libro El origen de las especies, la Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Tucumán ha organizado un ciclo de conferencias para rendir un homenaje a este científico que revolucionó la perspectiva de las ciencias biológicas. Esperamos que estas conferencias, mostrando distintas fronteras del conocimiento en las que investigadores jóvenes de nuestro medio trabajan activamente, sirvan de estímulo para revalorizar y re-pensar la teoría evolutiva a la luz de los avances modernos de la ciencia.
CRONOGRAMA
EVOLUCIÓN DEL VUELO Norberto Giannini (PIDBA, CONICET) Lunes 1 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EVOLUCIÓN EN UN MUTUALISMO: FRUTOS FRUGÍVOROS Silvia Lomáscolo (CRICYT-CONICET) Martes 2 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EL CONTROL GENÉTICO DEL
DESARROLLO EMBRIONARIO COMO MOTOR DE LA BIODIVERSIDAD Y LA EVOLUCIÓN Manuel Aybar (INSIBIO, CONICET-UNT) Miércoles 3 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
MICROBIOLOGÍA DE HUMEDALES ANDINOS: LAS BACTERIAS EXTREMÓFILAS NOS HABLAN DE LOS ORÍGENES DE LA VIDA María Eugenia Farías (PROIMI-CONICET) Jueves 4 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
ÁRBOLES DE LA VIDA: MATERIALIZANDO EL SUEÑO DE DARWIN Pablo Goloboff (INSUE-CONICET) Viernes 5 de junio 12:00 hs. MUNT (Museo de la UNT - San Martín 1545)
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Enviado: viernes 29 de mayo de 2009, 9:21:56 Asunto: beca doctoral en españa POR FAVOR, DIFUNDIR
Se buscan candidatos interesados en solicitar una beca doctoral del Ministerio de Educación y Ciencia (España) o una beca del Gobierno de Aragón (España) asociada al proyecto de investigación GENÉTICA DEL PAISAJE Y ECOLOGÍA DE LOS PASTOS SUBALPINOS (FESTUCA, GRAMINEAE): CONSERVACIÓN DE LA BIODIVERSIDAD Y RESTAURACIÓN VEGETAL financiado por el Gobierno de Aragón y la Fundación La Caixa al equipo de investigadores de la Universidad de Zaragoza y el Instituto Pirenaico de Ecología (CSIC).
Requisitos de los solicitantes:
-
Licenciados en Biología, Ciencias Ambientales, Ingeniería Agroforestal o titulaciones similares con formación en Botánica y Ecología, cuya titulación haya sido obtenida en el año 2007 o en fecha posterior.
-
Expediente académico con nota promedio igual o superior a Notable (8 sobre 10)
-
Dominio del castellano y del inglés
Méritos:
-
Experiencia en trabajos de campo (Botánica, Ecología vegetal) y de laboratorio (Biología molecular y Genética)
-
Autonomía en trabajos de campo
Se ruega a los interesados contacten con la Dra. Pilar Catalán (pcatalan @ unizar.es), Escuela Politécnica Superior de Huesca (Universidad de Zaragoza), Ctra. Cuarte km 1, 22071 Huesca (Spain) antes del 1 de Septiembre de 2009.
Características de la tesis doctoral:
Duración: 4 años (2009/10 - 2012/13)
Tesis doctoral: Genética del paisaje y ecología de los pastos subalpinos (Festuca, Gramineae): conservación de la biodiversidad y restauración vegetal. Incluye análisis genéticos con marcadores microsatélites, modelizaciones de nichos ecológicos y simulaciones de respuestas de los pastos a factores del cambio climático.
Centros de ejecución: Universidad de Zaragoza e Instituto Pirenaico de Ecología (España).
Directora: Dra. Pilar Catalán
Dotación económica: cuantía de la beca según la convocatoria
Zaragoza, 29 de mayo de 2009
We offer a grant for a graduate student connected to the project TRANSCONTINENTAL EVOLUTIONARY CONVERGENCE AND CONSERVATION GENETICS OF THE CRITICALLY ENDANGERED DWARF YAMS (BORDEREA, EPIPETRUM; DIOSCOREACEAE) funded by the Fundación BBVA to the University of Zaragoza, Pyrenean Institute of Ecology, Center for Investigation of Desertification, and University of El Comahue research team.
Characteristics of the doctorate grant:
Length: 3 years (1.October.2006 - 30.September.2009)
Funding: 36000 euros
Doctorate thesis: Evolutionary biology and conservation genetics of the Chilean endemic genus Epipetrum (Dioscoreaceae): analysis of molecular markers (isozymes, microsatellites) and of adaptive characters.
Doctorate: Cotutored doctorate at the Universities of Zaragoza (European doctorate) and El Comahue (Argentina).
Centers of research: University of Zaragoza and Center for Investigation of Desertification (Spain), University of El Comahue (Argentina).
Supervisors: Drs. Andrea Premoli and Jose Gabriel Segarra-Moragues
Tutorial supervision: Dr. Pilar Catalán
Requirements of applicants:
-
Degree in Biology, Environmental Sciences or equivalent with academic formation in Molecular Biology, Populations genetics, Ecology and Botany. Date of degree: 2003 or later.
-
Academic Curriculum of Grade A (average marks equal or above 7, over 10).
-
Fluid Spanish and English
Merits:
-
Expertise in laboratory work (Molecular Biology and Genetics) and in field work (Botany, Plant Ecology)
-
Autonomy in field works
-
Specialized publications
Interested applicants should send their Curriculum Vitae and a message/letter of application via e-mail or via air mail to: Dr. Pilar Catalán (pcatalan @ unizar.es), Escuela Politécnica Superior de Huesca (Universidad de Zaragoza), Ctra. Cuarte km 1, 22071 Huesca (Spain) before 15.September.2006
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Yahoo! Cocina Recetas prácticas y comida saludable Visitá http://ar.mujer.yahoo.com/cocina/
--- El mié 27-may-09, Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@...> escribió:
De: Adriana Sofia Albesiano H. <aalbesiano@...> Asunto: Re: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman) Para: clado@... Fecha: miércoles, 27 de mayo de 2009, 9:28 am
Buen dia:
Muchas gracias por la informacion. Queria preguntarles lo siguiente, que posibilidad habria de enviarnos los resumenes (de dos o tres paginas) de las conferencias, a los que por motivos economicos no podamos asistir a este evento? Se ha pensado en la posibilidad de hacer una video conferencia?
Cordialmente,
Sofia
--- El mié 27-may-09, jubabot <jubabot@yahoo. com.ar> escribió:
De: jubabot <jubabot@yahoo. com.ar> Asunto: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman) A: clado@gruposyahoo. com.ar Fecha: miércoles, 27 mayo, 2009, 7:03 am
Con motivo de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y los 150 de la publicación del libro El origen de las especies, la Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Tucumán ha organizado un ciclo de conferencias para rendir un homenaje a este científico que revolucionó la perspectiva de las ciencias biológicas. Esperamos que estas conferencias, mostrando distintas fronteras del conocimiento en las que investigadores jóvenes de nuestro medio trabajan activamente, sirvan de estímulo para revalorizar y re-pensar la teoría evolutiva a la luz de los avances modernos de la ciencia.
CRONOGRAMA
EVOLUCIÓN DEL VUELO Norberto Giannini (PIDBA, CONICET) Lunes 1 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EVOLUCIÓN EN UN MUTUALISMO: FRUTOS FRUGÍVOROS Silvia Lomáscolo (CRICYT-CONICET) Martes 2 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EL CONTROL GENÉTICO DEL
DESARROLLO EMBRIONARIO COMO MOTOR DE LA BIODIVERSIDAD Y LA EVOLUCIÓN Manuel Aybar (INSIBIO, CONICET-UNT) Miércoles 3 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
MICROBIOLOGÍA DE HUMEDALES ANDINOS: LAS BACTERIAS EXTREMÓFILAS NOS HABLAN DE LOS ORÍGENES DE LA VIDA María Eugenia Farías (PROIMI-CONICET) Jueves 4 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
ÁRBOLES DE LA VIDA: MATERIALIZANDO EL SUEÑO DE DARWIN Pablo Goloboff (INSUE-CONICET) Viernes 5 de junio 12:00 hs. MUNT (Museo de la UNT - San Martín 1545)
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Yahoo! Cocina Recetas prácticas y comida saludable Visitá http://ar.mujer.yahoo.com/cocina/
Muchas gracias por la informacion. Queria preguntarles lo siguiente, que posibilidad habria de enviarnos los resumenes (de dos o tres paginas) de las conferencias, a los que por motivos economicos no podamos asistir a este evento? Se ha pensado en la posibilidad de hacer una video conferencia?
Cordialmente,
Sofia
--- El mié 27-may-09, jubabot <jubabot@...> escribió:
De: jubabot <jubabot@...> Asunto: [clado] Conferencias Homenaje a Darwin (Tucuman) A: clado@... Fecha: miércoles, 27 mayo, 2009, 7:03 am
Con motivo de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y los 150 de la publicación del libro El origen de las especies, la Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Tucumán ha organizado un ciclo de conferencias para rendir un homenaje a este científico que revolucionó la perspectiva de las ciencias biológicas. Esperamos que estas conferencias, mostrando distintas fronteras del conocimiento en las que investigadores jóvenes de nuestro medio trabajan activamente, sirvan de estímulo para revalorizar y re-pensar la teoría evolutiva a la luz de los avances modernos de la ciencia.
CRONOGRAMA
EVOLUCIÓN DEL VUELO Norberto Giannini (PIDBA, CONICET) Lunes 1 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EVOLUCIÓN EN UN MUTUALISMO: FRUTOS FRUGÍVOROS Silvia Lomáscolo (CRICYT-CONICET) Martes 2 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EL CONTROL GENÉTICO DEL
DESARROLLO EMBRIONARIO COMO MOTOR DE LA BIODIVERSIDAD Y LA EVOLUCIÓN Manuel Aybar (INSIBIO, CONICET-UNT) Miércoles 3 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
MICROBIOLOGÍA DE HUMEDALES ANDINOS: LAS BACTERIAS EXTREMÓFILAS NOS HABLAN DE LOS ORÍGENES DE LA VIDA María Eugenia Farías (PROIMI-CONICET) Jueves 4 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
ÁRBOLES DE LA VIDA: MATERIALIZANDO EL SUEÑO DE DARWIN Pablo Goloboff (INSUE-CONICET) Viernes 5 de junio 12:00 hs. MUNT (Museo de la UNT - San Martín 1545)
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Con motivo de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y los 150 de la
publicación del libro El origen de las especies, la Facultad de Ciencias
Naturales de la Universidad Nacional de Tucumán ha organizado un ciclo de
conferencias para rendir un homenaje a este científico que revolucionó la
perspectiva de las ciencias biológicas. Esperamos que estas conferencias,
mostrando distintas fronteras del conocimiento en las que investigadores jóvenes
de nuestro medio trabajan activamente, sirvan de estímulo para revalorizar y
re-pensar la teoría evolutiva a la luz de los avances modernos de la ciencia.
CRONOGRAMA
EVOLUCIÓN DEL VUELO
Norberto Giannini (PIDBA, CONICET)
Lunes 1 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EVOLUCIÓN EN UN MUTUALISMO: FRUTOS FRUGÍVOROS
Silvia Lomáscolo (CRICYT-CONICET)
Martes 2 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
EL CONTROL GENÉTICO DEL DESARROLLO EMBRIONARIO COMO MOTOR DE LA BIODIVERSIDAD Y
LA EVOLUCIÓN
Manuel Aybar (INSIBIO, CONICET-UNT)
Miércoles 3 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
MICROBIOLOGÍA DE HUMEDALES ANDINOS: LAS BACTERIAS EXTREMÓFILAS NOS HABLAN DE LOS
ORÍGENES DE LA VIDA
María Eugenia Farías (PROIMI-CONICET)
Jueves 4 de junio. 12:00 hs. Anfiteatro Facultad Cs. Naturales
ÁRBOLES DE LA VIDA: MATERIALIZANDO EL SUEÑO DE DARWIN
Pablo Goloboff (INSUE-CONICET)
Viernes 5 de junio 12:00 hs. MUNT (Museo de la UNT - San Martín 1545)
------------------------------------------------------------------------------ Dr. Raúl E. González Ittig Cátedra de Genética de Poblaciones y
Evolución. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales. Universidad Nacional de Córdoba Av. Velez Sarsfield 299 Ciudad de
Córdoba. CP5000 Argentina TE: 54-351-433 2100 Int 234 Fax:
54-351-433 2097 www.efn.uncor.edu/departamentos/fisiologia/archivos/genpoblaciones.htm --------------------------------------------------------------------------------
----- Mensaje reenviado de sipnat@...
----- Fecha: Mon, 18 May 2009 08:44:39 -0300 De:
"Secretaría de Investigación y Postgrado C.N."
<sipnat@...> Responder-A: "Secretaría de Investigación
y Postgrado C.N." <sipnat@...> Asunto: curso
post-grado: técnicas moleculares Para: "Recipient list
suppressed"@, @MISSING_DOMAIN
> >Estimados
Doctorandos: > > >Tengo el agrado de dirigirme a Uds.
a fin de enviarles, en archivo adjunto, información referida a un Curso de
Posgrado, cuya difusión ha sido solicitada a este Doctorado > > > >Atentamente, > > > >Hernán Beccacece > >Secretario > > > >__________ Información de ESET NOD32 Antivirus, versión de la
base de firmas de virus 4054 (20090505) __________ > >ESET NOD32
Antivirus ha comprobado este mensaje. > ><http://www.eset.com>http://www.eset.com
Secretaría Académica de Investigación y Posgrado Área de Ciencias
Naturales Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales Te.:
4332102/03 - Fax.: 4332097
----- Terminar mensaje reenviado
-----
Estimados Doctorandos:
Tengo el agrado de dirigirme a Uds. a fin de enviarles, en archivo
adjunto, información referida a un Curso de Posgrado, cuya difusión ha
sido solicitada a este Doctorado
Atentamente,
Hernán Beccacece
Secretario
__________ Información de ESET NOD32 Antivirus, versión de la base de
firmas de virus 4054 (20090505) __________
Secretaría Académica de Investigación y Posgrado
Área de Ciencias Naturales
Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales
Te.: 4332102/03 - Fax.: 4332097
Curso Introduccion a la Filogeografia
Dictado por
Mariana Morando. CENPAT, Puerto Madryn, Chubut Argentina..
Jack W. Sites, Jr. BYU, Provo, Utah, EEUU.
Daniel Ruzzante. Dalhousie University, Halifax. Canadá.
Guillermo Ortí. Nebraska University. Nebraska,EEUU.
Arley Camargo. BYU, Provo, Utah, EEUU.
CURSO DE POSTGRADO
LUGAR: Academia Nacional de Ciencias - Córdoba.
FECHA: 18 al 22 de agosto 2009
Carga horaria: 40 horas
INSCRIPCIÒN: entre el 27 al 31 de julio 2009 Enviar CV a
Alicia Sérsic: asersic@com.uncor.edu
ARANCEL: general $200, alumnos del Doctorado en Ciencias
Biológicas UNC $120
Página Web: http://www.efn.uncor.edu/departamentos/divbioeco/otras/bioflor/
CUPO: 25
Curso Introduccion a la Filogeografia
Dictado por
Mariana Morando. CENPAT, Puerto Madryn, Chubut Argentina..
Jack W. Sites, Jr. BYU, Provo, Utah, EEUU.
Daniel Ruzzante. Dalhousie University, Halifax. Canadá.
Guillermo Ortí. Nebraska University. Nebraska,EEUU.
Arley Camargo. BYU, Provo, Utah, EEUU.
CURSO DE POSTGRADO
LUGAR: Academia Nacional de Ciencias - Córdoba.
FECHA: 18 al 22 de agosto 2009
Carga horaria: 40 horas
INSCRIPCIÒN: entre el 27 al 31 de julio 2009 Enviar CV a
Alicia Sérsic: asersic@...
ARANCEL: general $200, alumnos del Doctorado en Ciencias
Biológicas UNC $120
Página Web: http://www.efn.uncor.edu/departamentos/divbioeco/otras/bioflor/
CUPO: 25
Hola Mariano (y demás),
sí, lo de Martín (exportar a Excel) serviría, pero te va a dar bastante
trabajo.
Yo creo que funcionaría más fácil usar el reporte de la lista de pesos
relativos (que te da el comando "piwe[", o la expresion de macro
"impwtlist"). Cuando vos le seteás los valores con una función de
usuario, el primer paso (sin pasos extra -> 1 paso extra) cuesta siempre
1.
O sea, podés poner esto en un archivo (dale el nombre que quieras, pero
con extensión *.run, digamos, zopitranqui.run):
----------------------------------------------------
macro=; var: lista[50] ;
var : lista[ 100 ] ; /* aumentar tamaño
de array si hace falta */
piwe ] ;
piwe = %1 ;
set lista impwtlist ;
piwe [ 'impwtlist[ 0 - listsize ]' ;
proc/;
----------------------------------------------------
luego, desde tu línea de comandos, podés hacer:
zopitranqui N;
y esto te va a calcular una función rescalada para la concavidad N. Luego
hacés tus búsquedas, etc. No estoy seguro de que esto garantice
comparabilidad entre distintas K, pero a menos que hagas esto es _seguro_
que no la vas a tener.
Los que quieran empezar a aprender algo de macros de TNT, Salvador Arias
acaba de postear (en su blog de "Cladistica a la Lata") una mini-intro
(que supongo piensa continuar en el futuro). Y creo que algo también hay
en la wiki de TNT.
Saludos,
--Pablo
Hola, no sé si entendí bien tu pregunta, pero bueno...
los fits de diferentes valores de K no son ni comparables ni reescalables (si por reescalables nos referimos a convertibles en algún número que podamos comparar para ver cual de los árboles es "mejor"). La única "escala" que podemos considerar es el número de pasos de cada árbol (o sea su "fit" bajo pesos iguales)... pero los árboles obtenidos con valores más altos de k (con una pendiente más parecida a la de pesos iguales) tendrán lógicamente menos pasos... Además, si usamos pesos implicados es porque en realidad no nos importa cual árbol sea mejor bajo pesos iguales!, así que esto no sirve de mucho.
Lo que en la práctica se hace para comparar árboles bajo diferentes k de pesos implicados o autopesado es (en orden de frecuencia): 1) nada... elegir más o menos a ojímetro una k o rango de k y presentar un consenso de sus mejores árboles, 2) comparar (de alguna manera) los apoyos de los grupos que obtenés bajo cada k y quedarte con las k en las que los grupos estén mejor apoyados... o recuperes la mayor cantidad de nodos "correctos" cuando hagás un jackknife, 3) comparar cuan estables son tus resultados entre diferentes k y elegir un rango para hacer un consenso basándote en la estabilidad (en vez del apoyo).
Un saludo desde Tucma
Marcos.
El 15 de mayo de 2009 10:37, Martin Ramirez <ramirez@...> escribió:
Lo más directo es exportar los pasos/pasos extra/min/max como texto (todo
lo que necesites para las ecuaciones) y hacer las cuentas vos mismo en
excel.
martin
At 10:26 AM 5/15/2009, you wrote:
Hola a todos,
en un ir y venir de mails con Pablo Goloboff, me entere que los fits
obtenidos de analisis bajo distintas K no son comparables ya que el TNT
no los da rescalados. Mi pedido de ayuda es en relacion a esto. Como no
tengo ni idea de programacion y hacer macros, si alguien me puede
facilitar el como hacerlo o bien que me digan que es un kilombo y que no
joda mas (ambas opciones igualmente validas) se los agradecere.
Gracias por adelantado y saludos a todos
Mariano
Martin J. Ramirez
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494
-- Juan Marcos Mirande Fundación Miguel Lillo - CONICET Miguel Lillo 251 (4000) San Miguel de Tucumán Argentina
Lo más directo es exportar los pasos/pasos extra/min/max como texto (todo
lo que necesites para las ecuaciones) y hacer las cuentas vos mismo en
excel.
martin
At 10:26 AM 5/15/2009, you wrote:
Hola a todos,
en un ir y venir de mails con Pablo Goloboff, me entere que los fits
obtenidos de analisis bajo distintas K no son comparables ya que el TNT
no los da rescalados. Mi pedido de ayuda es en relacion a esto. Como no
tengo ni idea de programacion y hacer macros, si alguien me puede
facilitar el como hacerlo o bien que me digan que es un kilombo y que no
joda mas (ambas opciones igualmente validas) se los agradecere.
Gracias por adelantado y saludos a todos
Mariano
Martin J. Ramirez
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494
Hola a todos,
en un ir y venir de mails con Pablo Goloboff, me entere que los fits obtenidos
de analisis bajo distintas K no son comparables ya que el TNT no los da
rescalados. Mi pedido de ayuda es en relacion a esto. Como no tengo ni idea de
programacion y hacer macros, si alguien me puede facilitar el como hacerlo o
bien que me digan que es un kilombo y que no joda mas (ambas opciones igualmente
validas) se los agradecere.
Gracias por adelantado y saludos a todos
Mariano
Hola a todos!
Tengo el agrado de comunicarles que mañana a las 11 hs. tucumanas,
defiende su tesis doctoral Juan Manuel Diaz Gomez: un valiente
biogeografo.
FELICIDADES JUAN!
Salud a todos, desde Tuculandia: La maquina de hacer doctores :P
Loló.
Based on ongoing conversations within the phylogenetic tree building community regarding the use of TNT we felt it would be useful to develop a wiki that supports the software. Over that past several months the wiki has taken shape and been populated with introductory pages. We are now at a point where we feel that the wiki will most rapidly evolve via exposure to a larger number of users.
Contributions of any type are simple to make and are strongly encouraged. Anonymous edits are allowed. If at all possible please provide feedback pertaining to the wiki directly on the wiki, either
directly on the pertinent pages, or via the discussion tabs. In addition to the wiki feedback can be posted to a newly created Google group at:
Tengo este adjunto INCTST.RUN que en algún momento se distribuía con
TNT.
Saludos, Martín
At 02:03 PM 4/22/2009, you wrote:
Hola gente!
Alguien sabe/puede/quiere decirme cómo/con qué hacer un test de
congruencia entre dos data sets bajo pesos implícitos?
Gracias mil!
GHR
--
________________________
GABRIEL HUGO RUA
Cátedra de Botánica Agrícola,
Facultad de Agronomía,
Universidad de Buenos Aires.
Avenida San Martín 4453,
C1417DSE Buenos Aires,
ARGENTINA
Tel: +54-11-4524 8000 int. 8173
Email:
ruagabri@...
Martin J. Ramirez
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-4494
macro= ;
if(argnumber < 2 )
quote *
THIS PROGRAM PERFORMS A TEST FOR THE SIGNIFICANCE
OF INCONGRUENCE BETWEEN TWO DATA SETS. THE TEST
IS DESCRIBED BY FARRIS ET AL. (CLADISTICS 10:315-319).
THE TWO DATA SETS MUST BE GIVEN AS ONE, INDICATING
AS FIRST ARGUMENT THE NUMBER OF CHARACTERS THAT
CORRESPOND TO THE FIRST DATA SET.
OTHER ARGUMENTS ARE:
1) NUMBER OF CHARACTERS THAT CORRESPOND TO THE FIRST DATA SET.
2) the number of replications to do
3-9) the search algorithms to use when calculating
length for each partition in each replication
(default: 1 random addition sequence + SPR).
-- This version has some modifications by Martin Ramirez (2006),
added to the original version by Pablo Goloboff, distributed with TNT
;
p/;
end;
var =
0 nc_one
1 real_sum
2 part_one
3 part_two
4 this_sum
5 percentage
6 a
7 b
8 c
9 numreps
10 search
11 num_char
12 both_parts
13 size_a
14 size_b
;
if(ntax < 0)
quote * MUST READ DATA FIRST !
;
p/;
end
if(%1 > nchar)
set num_char nchar ;
quote * FIRST DATA SET CAN HAVE UP TO 'num_char' CHARS.!!
;
p/;
end;
watch-
report-
silent=all ;
if ( argnumber < 3 )
set search $ mu3=ho3., ;
else
set numreps %2 ;
if ( argnumber < 3 )
set search $ %3 %4 %5 %6 %7 %8 %9., ;
else set search $ mu3=ho3.,; end
end
end
loop 0 nchar
if ( !isact[#1] ) errmsg For ILD test, all characters must be active ; end
stop
set a %1 - 1 ;
set size_a 'a' + 1 ;
set size_b ( nchar - 'a' ) ;
ccode]. [ 0.'a';
$search ;
best ;
set real_sum score[0]; silent - buffer ; quote activate 0.'a' ... replicate
0, (size a = 'size_a'): , 'real_sum' ; silent = buffer ;
ccode]. [ %1.;
$search ;
best ;
set real_sum += score[0] ; silent - buffer ; quote activate %1. ... replicate
0, (size b = 'size_b'): , 'real_sum' ; silent = buffer ;
ccode[. ;
$search ;
best ;
set both_parts score[0] ;
sil - buffer ;
quote both_parts = 'both_parts' real_sum = 'real_sum' ;
sil = all ;
/*
if ( 'real_sum' == 'both_parts' )
sil - all ;
quote *
MATRICES ARE PERFECTLY CONGRUENT
NO NEED TO RUN REPLICATES (PARTITIONS SHARE OPTIMAL TREES)
;
set percentage 0 ;
p/;
end
*/
set percentage 0;
loop 1 %2
progress #1 %2 Doing ILD test... ;
keep 0 ;
rseed * ;
cc[.;
loop 1 %1
set b getrandom[0 nchar] ;
if(isact['b']) cc ] 'b';
else setloop #2; end;
stop;
$search ;
best ;
set part_one score[0] ;
loop 0 nchar
if(isact[#2]) cc] #2;
else cc[ #2; end
stop;
$search ;
best ;
set part_two score[0];
set this_sum 'part_one'+'part_two';
set percentage += ('this_sum' > 'real_sum') ;
silent - buffer ; quote replicate #1 , 'this_sum' , 'real_sum' ; silent =
buffer ;
stop
set percentage ( ( 'percentage' * 100 ) / ( %2 + 1 ) ) ;
progress/;
report= ;
macfloat 1 ;
sil - all ;
if('percentage' >= 95)
quote *
MATRICES ARE SIGNIFICANTLY INCONGRUENT
AT THE 'percentage' o/o CONFIDENCE LEVEL
;
else
quote *
INCONGRUENCE BETWEEN MATRICES NON-SIGNIFICANT
(AT THE 'percentage' o/o CONFIDENCE LEVEL)
;
end
cc[.;
proc/;
Sin conexión 
Enviar correo
![[]](http://us.i1.yimg.com/us.yimg.com/i/space.gif)
