Obviamente de japonés no entiendo nada, pero no sé de donde se me había ocurrido que la elección del uso de “ik” en lugar de “ichi” servía a fin de evitar el diptongo, en este caso “ie” (“ichientobi”), o puesto de otro modo, para evitar la aparición de dos vocales consecutivas que no formarán una diptongo.

Por lo poco de vi de la estructura del idioma japonés, se me antoja que hay una necesidad más fuerte de identificar claramente la separación en sílabas al no existir un separador lexicográfico explícito entre las partes que forman una palabra y hacen a la interpretación de su sentido, (...)

Esto no lo entiendo muy bien. ¿Cuál sería ese separador en el caso del español?

Hay dos lenguajes escritos que soportan al idioma, el original sería ideográfico donde a cada “parte” le correspondería un único ideograma (a menos que haya un ideograma para “ik” y otro distinto para “ichi” ¿es correcto?).

El ideograma es el mismo.

Según entiendo, el léxico estaría formado por ideogramas y espacios

Los espacios no son relevantes en la escritura japonesa; por lo general se prescinde absolutamente de ellos. Lo que sí existe en el japonés y no figura en tu enumeración son dos alfabetos fonéticos que se usan combinados con los ideogramas. Por ejemplo, el ideograma de "rapidez" dará lugar a la palabra "rápido", "rápidamente", "acelerar" o... "rapidez" según los caracteres fonéticos que lo acompañen. En esto, el japonés difiere del chino, que solo tiene ideogramas. Dicho sea de paso, también hay palabras que se escriben con puros signos fonéticos (sin ideogramas), de modo que estos alfabetos formarían también parte de lo que llamaste "primer nivel sintáctico".

 Por ejemplo, suponiendo que haya un único ideograma que se corresponde en el lenguaje hablado a los fonemas “ik” e “ichi”, al definirse el lenguaje escrito con el juego de caracteres latinos habían habido dos opciones: a) representar ideogramas

Esto es imposible. Cada ideograma tiene por lo general varias lecturas distintas, y en la mayoría de los casos no se puede decir que una sea la "original" y las demás "derivadas".

Eduardo