Puede ser que sí, ya que generalmente tienen en su interior una caja metálica. Al haber un campo B constante por el imán y al estar esa caja en movimiento, puede ser que se produzcan diferencias de potencial no deseadas que generen niveles de tensión no calibrados para el conversor A/D del piezoeléctrico.

¿Por qué no los probás en otro circuito en un protoboard? Hacé algún circuito que te permita, por ejemplo, prender un led rojo si se gira en un sentido y uno verde si se gira en el otro. O algo por el estilo. Lo bueno es asegurarse que el acelerómetro esté funcionando para algo sencillo y eliminando todos los componentes extra del circuito en el cual los vas a utilizar que no tienen que ver con su funcionamiento propiamente dicho (como el imán).

No tengo mucha idea si el campo magnético afecta la medición, pero también asegurate de estar trabajando en el bw del dispositivo y filtrar el ruido blanco a la salida