Hola, Walter!!!

W> Lo que vi es que carga un programa llamado BNU al principio (está en el
W> config.sys) y este tiene alguna relación con el impresor fiscal, al menos
W> configura el puerto serie.

Lo único que puedo decirte seguro es que el BNU es un FOSSIL (algo
parecido a un driver), que se usaba con algunos mailers o programas de
BBS que no podían acceder directamente a los puertos COM. Esto en
programas de DOS de hace muchos años atrás, seguramente el programa
que usan no tenga cosas como las funciones de las CA-Tools y necesitan
FOSSIL. Probablemente la impresora no responda por alguna limitación
del mismo BNU con máquinas más nuevas. Digo, es una idea nomás..

Te recomiendo http://www.pcmicro.com/bnu/bnu-faq.html

Yo que vos probaría algún reemplazo del BNU, si podés conseguirlo.
Quizás alguno de estos te pueda servir:
http://www.defsol.se/ffosdos.html (El primero de la lista dice poder
andar en W9x)

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Saludos
Dany