Hola.
Yo no se mucho de arcgis, deje ESRI en Arcview, tengo 5 años trabajando con manifold y considero que sus puntos fuertes son:

1. Integración de plataformas, como el IMS o los modulos de programación. En ESRI deberás comprar todo por separado.
2. La programación desde VB, C#
3. El IMS, es fabuloso puedes configurar muchas cosas con Javascript, y aspx (todo en la misma plataforma)
   
4. Utilizar bases de datos relacionales como MySQL o Posgresql, basado en el estándar OGC.
5. La cantidad de formatos que utiliza
6. El precio. Instrumentar un laboratorio o un proyecto con la tecnología ESRI, es muy costoso ARCIMS, ARCSDE, la base de datos en Oracle o SQLserver, mucho dinero.
   

Yo pienso que la tecnología de Manifold esta pensado en la 5ta generación de los SIG, mientras ARCGIS  viene evolucionando, pero parchado o forzado a esta visión de los sistemas. Es como autocad, mucho tiempo lo usaron para representar mapas digitales, cuando surgió Arcview, Autodesk creo Autocadmap, como parche, pero no es la mejor solución tiene una plataforma o una lógica que lo determina, así es ESRI.

Yo uso una base de datos en MySQL y guardo mi información allí, puedo verla donde este, conectandome con mi laptop, el precio de instrumentación de un pequeño laboratorio ha sido bajo. 4000 usd.
Teniendo en cuenta que se compraron dos estaciones de trabajo, 2500 usd, porque son armadas (amd 64 y 4GB en ram licencia windows XP profesional). 1 licencia universal de mainifold 600 usl 4 licencias profesionales de manifold 900 usd, y tenemos para un proyecto de 80 000 usd. Buena inversión.
Con esri, una sola licencia 3000 usd. (*5= 15000) luego el servidor de mapas 9000 usd, el SDE 4500 usd, la base de datos oracle 8000 usd..... Se va la mitad de mi proyecto....

Espero te sirvan mis comentarios, acá hay algo así http://www.manifold.net/info/testimonials.shtml
Si no te decides puedes adquirir una licencia profesional, 245 usd. Nada mal para un probar un software excelente, que en todo caso te servirá mucho, independientemente de tu decisión final.

Saludos.