Quizá la mayor ventaja de manifold es el precio, y la mayor ventaja de Esri es lo popular.
Sin embargo con manifold, se puede hacer casi todo lo que se hace con ArcDesktop (Arcview, Arcmap), Arceditor, ArcIMS, ArcSDE, Gis Server. Obviamente para hacer todo esto en Esri ocuparás más de 30,000 dolares, en tanto que Manifold con todas estas funcionalidades no pasarás de 1,000.
Todo depende de que quieres hacer, quizá no notes mucha diferencia en trabajo de escritorio (arcGIS 1,500 dolares) y manifold (450 dólares), pero si quieres hacer más cosas, notarás diferencias más grandes aunque con ambos se puede hacer las cosas que normalmente se requieren.
Una desventaja de manifold es no ser muy conocida, a mi me tocó aprender casi solo y luego capacitar a otros porque no encuentras operarios que lo dominen como en el caso de las herrameintas de esri.
Quizá te sirvan estos post relacionados con manifold
En este hay una comparación breve entre las plataformas, a nivel de precio e implementacion
plataformas-gis-quienes-toman-ventaja
Como hacer con manifold y arcgis los mismos procesos
saludos